LIKVOR - Påvisande av bakterie-DNA (PCR)
Bakgrund
Akut bakteriell meningit är ett påtagligt medicinskt problem, även om incidensen generellt är
låg. Diagnostiken baserar sig på klinik kombinerat med odlingar, främst av likvor, men också
av nasopharynx, svalg och blododlingar.
Bakteriefynden varierar något med ålder men hos små barn, inklusive nyfödda, är etiologin
oftast grupp B-streptokocker (GBS), E. coli, meningokocker, listeria, pneumokocker och
Haemophilus influenzae. Hos tonåringarna föreligger en viss översjuklighet för
meningokocksjukdom. Hos äldre och komprometterade finner man pneumokocker, listeria,
och efter skalltrauma, inklusive kirurgiska åtgärder, kan man få infektion med stafylokocker.
Indikation
Utredning avseende bakteriell meningit då odlingsproverna är negativa.
Odlingsnegativa prover kan bero på att antibiotika givits före provtagning eller att avdödning
av bakterier har skett under förvaring eller transport till laboratoriet. Odlingsnegativa prover
kan också förekomma vid mer avgränsade meningiter och då meningiten är ett mindre
fenomen i generell sepsis (typfall meningokocker).
Analys/metod
DNA-preparation av likvorprovet undersöks med PCR (Polymerase Chain Reaction) -teknik
avseende Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae,
Streptococcus agalactiae (GBS) och Listeria monocytogenes.
De specifika gener som påvisas är för: meningokocker ctrA, Haemophilus influenzae P6,
pneumokocker lytA, GBS cfb, och listeria hly.
16S rRNA-genen finns hos samtliga bakterier och används för att påvisa andra bakterier än
ovanstående. Bakterieart bestäms då genom sekvensering av PCR-produkten.
PCR-tekniken görs kapillärt i ett s.k. LightCycler system och tar mindre än en full arbetsdag.
Provmaterial
Likvor: Rekommenderad mängd 1 mL men analys kan utföras på mindre mängd.
Även blod och prov från förmodad ingångsport för infektion eller septisk metastas kan
undersökas.
Provtagningsmaterial
Sterilt, helst DNA-fritt, rör utan tillsatser.
Remiss
Ange relevanta kliniska data, eventuell antibiotikabehandling och om det finns något
epidemiologiskt samband med andra fall.
Ange på remissen om ni önskar direktsvar på telefon och i så fall telefonnummer och namn.
1 (1)
Svarsrutiner
Analysen utförs vardagar. Önskas optimal snabbhet i analysen var god kontakta laboratoriet.
Analysen besvaras som påvisande eller inte påvisande av respektive bakteriegen. En
bedömning görs om analysen varit tekniskt invändningsfri eller inte och vad resultatet kan
betyda. Här spelar remissuppgifterna en central roll.
Pris
Se prislistan.
Kontaktperson
Professor/Överläkare
Per Olcén
Tfn 019-602 15 20
Laboratoriemedicinska länskliniken
Mikrobiologi
Universitetssjukhuset Örebro
701 85 ÖREBRO
Referenser
Bäckman A, Lantz P, Rådström P, Olcén P. Evaluation of an extended diagnostic PCR assay
for detection and verification of the common causes of bacterial meningitis in CSF and other
biological samples. Mol Cell Probes. 1999 Feb;13(1):49-60.
Corless CE, Guiver M, Borrow R, Edwards-Jones V, Fox AJ, Kaczmarski EB. Simultaneous
detection of Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, and Streptococcus pneumoniae
in suspected cases of meningitis and septicemia using real-time PCR. J Clin Microbiol. 2001
Apr;39(4):1553-8.
Gharizadeh B, Ohlin A, Mölling P, Bäckman A, Amini B, Olcén P, Nyrén P. Multiple groupspecific sequencing primers for reliable and rapid DNA sequencing. Mol Cell Probes. 2003
Aug;17(4):203-10.
Sheppard CL, Harrison TG, Morris R, Hogan A, George RC. Autolysin-targeted LightCycler
assay including internal process control for detection of Streptococcus pneumoniae DNA in
clinical samples. J Med Microbiol. 2004 Mar;53(Pt 3):189-95.
2 (2)
