Diagnostik av luftvägsinfektioner i Umeå

Diagnostik av
luftvägsinfektioner i Umeå
Urban Kumlin
Klinisk mikrobiologi
Umeå 2016
Ökande behov av diagnostik vid
luftvägsinfektion





behandlingsmöjligheter ↑
ökande antibiotikaresistens
allt fler immunsupprimerade
ökad medvetenhet om dödlighet i
luftvägsinfektioner
cirka 450 miljoner fall av viral (200) och
bakteriell pneumoni (250) per år varav 4
miljoner dör
När utföra diagnostik för
luftvägsinfektion?




Svår sjukdom
Högriskpatient
Vid utbrott/epidemi
Förebygga nosokomial smitta
Att beakta vid diagnostik av luftvägsvirus




Ofta likartad klinik för olika luftvägsinfektioner
Prioritera agens med hög smittsamhet och
sjuklighet
Välj optimalt prov och provtagningskit
Remiss med relevanta data och
frågeställning
Diagnostik av luftvägsinfektioner


klinik, laboratoriefynd, ev röntgenfynd
analys av luftvägssekret: PCR, odling, IF, EIA




Nasopharynxsekret (aspirat eller pinne),
svalgsekret, sputum, trachealsekret,
bronksköljvätska, etc
Transportmedium
ev serum/plasma för serologi och/eller PCR
ev blododling, antigentest av urin
Uppskattad sensitivitet för olika metoder
att påvisa luftvägsvirus






Antigenpåvisning: 40 – 90 %
Virusodling: 0 – 90 %
PCR-metoder: 85 – 99 %
Akut serologi: Ofta nära 0 %
Akut och konvalescensserologi: 70 – 90 %
Påverkas av virusnivå, provmaterial,
provtagningsteknik, transport och
analysmetodens prestanda
LUFTVÄGSPANEL 1-4
Luftvägspanel 3
Luftvägspanel 1
Luftvägspanel 2
1. Influensa A
2. Influensa B
3. RS virus
4. Metapneumovirus
1. Mycoplasma
1. Adenovirus
pneumoniae
2. Enterovirus
3. Parainfluensavirus 1
2. Chlamydophila
4. Parainfluensavirus 2
pneumoniae
5. Parainfluensavirus 3
6. Parainfluensavirus 4
7. Coronavirus NL63
8. Coronavirus 229E
9. Coronavirus OC43/HKU1
10. Metapneumovirus
11. Rhinovirus
12. Bocavirus
Luftvägspanel 4
1. Mycoplasma pneumoniae
2. Chlamydophila pneumoniae
3. Legionella pneumophila
4. Bordetella pertussis
5. Bordetella Parapertussis
Varför paneler för PCR av luftvägsagens?





Svåra att särskilja kliniskt
Ofta mer än en infektion
Stigande efterfrågan
Övervakning/epidemiologi
Flödeseffektivare drift
Optimala provlokaler för att påvisa
luftvägsagens via PCR-paneler




Virus: alla OK men svalgsekret ofta sämre
Pertussis och parapertussis: övre
luftvägsprov
Legionella: nedre luftvägsprov
Mycoplasma och C pneumoniae/TWAR:
bakre svalgvägg
Provtagningsutrustning





Undvik bomullspinnar!
Flockade pinnar via eswab-kit är default för
nasopharynx- och svalgsekret
Aspirat eller pinne?
Om virusodling är önskvärd välj
virustransportmedium för panel 1-3
Följ provtagningsanvisningar
Varför flockade pinnar?



Upptag av sekret ↑ (borste och kapillärkraft)
Avgivning till transportmedium
Ökad känslighet enligt flera studier
Att överväga vid provtagning och
bedömning av panelresultat


Inkludera provmaterial som är optimalt för de
smittämnen som misstänks i första hand
Kännedom om klinik och övriga
laboratoriefynd blir viktigare för att bedöma
klinisk relevans av positiva PCR-fynd
Tolkning av resultat vid diagnostik av
luftvägsvirus





Är fyndet relevant för aktuell klinik?
Co-infektioner och subkliniska infektioner är
vanliga
Positiva fynd kan kvarstå länge efter
infektion/replikation
Alla metoder har falskt negativa och ibland
falskt positiva resultat
Upprepa och/eller utvidga
provtagning/analyser vid behov
LUFTVÄGSPANEL 1-4
Luftvägspanel 3
Luftvägspanel 1
Luftvägspanel 2
1. Influensa A
2. Influensa B
3. RS virus
4. Metapneumovirus
1. Mycoplasma
1. Adenovirus
pneumoniae
2. Enterovirus
3. Parainfluensavirus 1
2. Chlamydophila
4. Parainfluensavirus 2
pneumoniae
5. Parainfluensavirus 3
6. Parainfluensavirus 4
7. Coronavirus NL63
8. Coronavirus 229E
9. Coronavirus OC43/HKU1
10. Metapneumovirus
11. Rhinovirus
12. Bocavirus
Luftvägspanel 4
1. Mycoplasma pneumoniae
2. Chlamydophila pneumoniae
3. Legionella pneumophila
4. Bordetella pertussis
5. Bordetella Parapertussis
Mycoplasma pneumoniae och
Chlamydophilia pneumoniae (TWAR)



Om diagnostik: Svalgsekret (och sputum om
möjligt) något bättre än nasopharynxprov
PCR-analyser av större värde än
antikroppspåvisning
Cave misstolkning av serologi, kronisk
infektion och långvariga/upprepade
behandlingar
Luftvägspanelerna är inte heltäckande!



Pneumokocker, HI, etc
Ovanliga eller importerade virus
Svampinfektioner
Direkt-PCR på väg mot 24/7



Influensa A och B
RSV
Luftvägspanel
Tack för uppmärksamheten!