DNA-barcoding,
ett växande verktyg för
miljöövervakningen
Maria Kahlert,
Institutionen för vatten och miljö, SLU
”Working toward these goals will require careful and integrated
effort by researchers in collaboration with local, state, and federal
agencies but are more probably years (rather than decades)
away because of growing interest worldwide.”
Bild: M. Kahlert
Fragilaria rumpens (Kützing) G.W.F. Carlson
Min första streckkod:
TCTCATCCCTCGTGTCTCCACTCAGTCCTGAATCTCGATAGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTGAACGTTACTGCAGCTACTCAAG
Barcoding
•
•
•
•
•
DNA-streckkodning
Streckkod:
maskinellt läsbara data som identifierar
objektet de är fästa vid
DNA-streckkod:
kort genetisk markör i organismens DNA
(arvsmassa)
Markör:
art-typisk DNA avsnitt
OTU: operational taxonomic unit
generate interim names
Bergsten, J. (Naturhistoriska Riksmuseet)
Några andra definitioner…
•
eDNA: miljö-DNA, environmental DNA:
blandning av DNA från olika organismer som hittas när man
tar prover i mark, vatten, eller annan miljö
•
metabarcoding: kombination av eDNA och barcoding, analys
av alla DNA-streckkoder från ett prov taget ute i naturen
•
SNPs & mikrosatelliter: andra sätt att karakterisera DNA
SNP (Single Nucleotide Polymorphism): vanligt
förekommande punktmutation i en del av en population av
organismer
mikrosatellit: baspar som repeteras i en lång följd
används för att följa en population eller en individ
-> inte barcoding
Användning inom miljöövervakning
Fördelar med molekylära
metoder inom miljöövervakning
Historic cost of sequencing a human genome
Ben Moore
• kostnadseffektiva, snabba och
exakta*
• enda möjlighet för vissa
syften/organismer
• provtagningen påverkar inte
miljön
• organismer kan spåras även
när de inte finns på platsen
• objektiv identifiering, även av
museums-material
* åtminstone i teorin om några år…
Bild: Inst. Skoglig mykologi
och växtpatologi
Bild: Rocky Mountain
Laboratories, NIAID
Objektiv identifiering, även av museums-material
Ett exempel:
För 100 år sedan beskrevs en slemmask som ”lång” och ”röd” och med
utbredningsområdet ”Nordsjön”. Den fick namnet Lineus ruber och därmed var
en ny art beskriven.
Först 1930-talet rekommendationer för vad artbeskrivningar skulle innehålla.
Nordsjön är ett ganska stort område, väldigt många slemmaskar lever där,
många av dem är långa och röda…vilken är Lineus ruber och var lever den
mera exakt?
Museumsexemplar! Chansen att jämföra DNA från de djur vi hittar idag med
DNA från det ursprungliga djuret.
Om vi hittar en perfekt matchning kan vi fylla på beskrivningen med detaljer om
utbredningsområde och mera detaljerat information om masken.
Användning inom miljöövervakning
Identifiering och övervakning av
organismer, och deras aktivitet i
naturen
• bakterier till älgar,
enstaka individer till hela
mångfalden
• biologisk mångfald (naturvård,
bedömning av ekologisk status)
• sällsynta, invasiva eller patogena
arter
• ekosystemets processer
(dietanalyser)
Bild: Rocky Mountain
Laboratories, NIAID
Bild: M.Kahlert, Vatten & Miljö
Bild: Mia Valtonen
DNA-barcoding används redan
Övervakning av växtpatogena svampar i skog- och
åkermark
• Utvecklar och utvärdera metoder för provtagning och detektion av
befintliga och främmande svamparter
• Använder metabarcoding för att identifiera svamparter från biologiska
prov
• Bygger på lång erfarenhet av molekylär detektion och identifiering av
svampar
Alger (kiselalger och
växtplankton) som
miljöindikator i
sötvatten
utvecklar metoder för barcoding & eDNA i
sötvatten och hav (fisk, skaldjur, säl, mm)
• Sveriges alla arter av ryggradsdjur har fått
streckkoder
• Svenska artprojektets marina inventering
resulterade i data för både morfologisk
och barcoding identifiering
• 2015 testas möjligheten att övervaka
chironomider
Barcoding som ny metod –
men om det redan finns en
traditionell metod?
•
•
•
•
•
•
bra rykte att vara effektiva verktyg
för bedömningen av vattenkvalitet
tog 100 år att utveckla
kiselalgsindikatorer
ska vi göra om alla fel genom att
utveckla helt nya metoder som
baserar på barcoding?
är allt äldre arbete med index
bortkastat?
vi måste jämföra metoder
metoder kan kompletterar varandra
’We observed that … one species can be subsumed into the OTU of a
genetically related species with a very dissimilar ecology if that second
species had a higher abundance, leading to erroneus ecological
interpretations.’
Mahé et al. (2014), Swarm: robust and fast clustering method for ampliconbased studies. PeerJ 2:e593; DOI 10.7717/peerj.593
DNA-barcoding används redan
vattendrag 1
Kiselalger från Apmeljåkkå
Bild: Bart van de Vijver
VD 2
VD 3
VD 4
Standarder: CEN,
barcode deposit
Standarder: CEN,
barcode deposit
CEN votering 2015-07-02
Q.1 We agree that a European Standard on this
subject is feasible and therefore agree to activate the
preliminary Work Item and to add it in the active
program of work of the committee. (13 of 33 agreed,
rest did not cast vote)
But:
Q.4 We are committed to participate actively in the
development of the project, at least by commenting
on working
drafts. (only 3 MS (among them SE!) agreed to
actively work on these documents to turn it into a
CEN standard. At least 5 MS are necessary)
Now: Probably Technical Reports
Kvantitativ jämförelse
■
■
■
■
■
■
■
DNA
+
+
+
+++
+
+
+
+
+
taxonomiska osäkerheter
genus nivå
sällsynt art, bara hittat genom barcoding
problem med labormetoder
barcode fattas
taxonomiska osäkerheter
ok
Utmaningar
Johannes Bergsten, Naturhistoriska Riksmuseet
•
•
•
•
•
•
•
Luckor och fel i referensbiblioteken
Taxonomiska osäkerheter*
Streckkoder inte alltid optimalt
Kvantifiering
Bioinformatik för översättning av DNA-sekvenser till artlistor
Standardisering
Teknisk utveckling hypersnabb
•
• svårt att hänga med
• brist på experter
• metoder kan snabbt bli inaktuella
Användning av andra taxonomiska enheter än arter har blivit rutin (OTUs,
sammanslagning till högre taxonomiska nivå)
• tillåter inte användningen av etablerad kunskap om arter
Samarbete (nationellt & internationellt) behövs!
•
Utmaningar
’Big idea’ - Science
Många ’små’ problem att
lösa innan en metod kan
anses vara standard och
felmarginalerna ok
BARCODING!
’rutinforskning’
BLASTN 2.2.30+Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, AlejandroA. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, andDavid J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a newgeneration of protein database search programs", NucleicAcids Res. 25:3389-3402.RID:
5WRR0WJ501RDatabase: Nucleotide collection (nt)
29,053,639 sequences; 82,763,006,317 total lettersQuery= 2014-11-08 19:15:07.442Length=321
Score ESequences producing significant alignments:
(Bits) Valuegb|KF959647.1| Fragilaria
rumpens isolate TCC666 ribulose-1,5... 549 9e-153gb|KM084940.1| Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulos... 428 2e-116gb|KF959648.1| Encyonema silesacum isolate TCC678 ribulose-1,... 428 2e-116gb|KC736590.1| Amphora montana clone TCC477 ribulose-1,5-bisp... 428 2e116gb|JN975266.1| Rhabdonema arcuatum strain ECT3898-Rhabdo ribu... 428 2e-116gb|JN418674.1| Sellaphora blackfordensis strain (Bfp04)02 rib... 428 2e-116gb|JN418664.1| Pinnularia cf. isselana strain Cal 878 TM ribu... 428 2e-116gb|JN418638.1| Pinnularia cf. microstauron strain (B2)c
ribul... 428 2e-116gb|EF143321.1| Sellaphora pupula clone BLA15 ribulose-1,5-bis... 428 2e-116gb|EF143313.1| Sellaphora laevissima clone THR3 ribulose-1,5-... 428 2e-116gb|EF143309.1| Sellaphora laevissima clone THR4 ribulose-1,5-... 428 2e-116gb|EF143308.1| Sellaphora pupula clone
THR8 ribulose-1,5-bisp... 428 2e-116gb|EF143307.1| Sellaphora laevissima clone THR5 ribulose-1,5-... 428 2e-116gb|EF143294.1| Sellaphora pupula clone BLA14 ribulose-1,5-bis... 428 2e-116gb|EF143293.1| Sellaphora laevissima clone THR6 ribulose-1,5-... 428 2e-116gb|EF143271.1|
Sellaphora pupula clone RBG1 ribulose-1,5-bisp... 428 2e-116gb|AY571754.1| Encyonema cf. sinicum voucher E3457 ribulose-1... 428 2e-116gb|AY356332.1| Uncultured marine eukaryote ribulose-1,5-bisph... 428 2e-116gb|EF143318.1| Sellaphora pupula clone GER1 ribulose-1,5-bisp... 426
7e-116gb|KM084984.1| Pinnularia sp. JZ-2014 strain Navi2 ribulose-1... 423 9e-115gb|KM084955.1| Navicula radiosa strain D06_102 ribulose-1,5-b... 423 9e-115gb|KC509519.1| Asterionella formosa chloroplast, complete genome 423 9e-115gb|KC969796.1| Odontella sp. 1BOF voucher
UNBF_P3B6 ribulose-... 423 9e-115gb|KC969787.1| Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4B4 ribulose-... 423 9e-115gb|KC969786.1| Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4A5 ribulose-... 423 9e-115gb|KJ153398.1| Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 423 9e-115gb|KJ153330.1|
Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 423 9e-115gb|KJ153075.1| Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 423 9e-115gb|KC911813.1| Sellaphora pupula strain LE D35 ribulose-1,5-b... 423 9e-115gb|KC911812.1| Sellaphora pupula strain LE J9 ribulose-1,5-bi... 423 9e115dbj|AB430674.1| Diatoma moniliforme chloroplast rbcL gene for... 423 9e-115dbj|AB430671.1| Asterionella formosa chloroplast rbcL gene fo... 423 9e-115gb|JN418667.1| Pinnularia acuminata strain Pin 876 TM ribulos... 423 9e-115gb|HQ912497.1| Asterionella formosa strain UTCC605
ribulose-1... 423 9e-115gb|HQ912490.1| Lemnicola hungarica strain UTEX FD456 ribulose... 423 9e-115gb|HQ912486.1| Diatoma tenue strain UTCC62 ribulose-1,5-bisph... 423 9e-115gb|HQ912457.1| Diatoma tenue strain UTEX FD106 ribulose-1,5-b... 423 9e-115gb|HQ912441.1| Urosolenia
eriensis strain Y98-8 ribulose-1,5-... 423 9e-115gb|FJ002103.1| Amphora coffeaeformis isolate C107 ribulose-1,... 423 9e-115gb|KJ463458.1| Amphora caribaea isolate 7320-AMPH086 ribulose... 421 3e-114gb|KF536243.1| Uncultured phototrophic eukaryote clone Stn3_A... 421 3e114gb|HQ656822.1| Rhizosolenia setigera culture-collection PCC:6... 421 3e-114gb|FJ002102.1| Rhizosolenia cf. setigera isolate C65 ribulose... 421 3e-114gb|KM084989.1| Pinnularia neomajor strain PinnB ribulose-1,5-... 419 1e-113gb|KM084988.1| Pinnularia viridiformis strain Pinn2 ribulose-...
419 1e-113gb|KM084987.1| Pinnularia neomajor strain Pinn1 ribulose-1,5-... 419 1e-113gb|KM084981.1| Pinnularia viridiformis strain ElPin01 ribulos... 419 1e-113gb|KC969791.1| Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P11D6 ribulose... 419 1e-113gb|KC969784.1| Odontella sp. 1BOF voucher
UNBF_P28C3 ribulose... 419 1e-113gb|KJ463462.1| Amphora hyalina isolate 8571-AMPH136 ribulose-... 419 1e-113gb|KJ153409.1| Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 419 1e-113gb|KJ153401.1| Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 419 1e-113gb|KF137466.1|
Uncultured microorganism clone NA1R_21 ribulos... 419 1e-113gb|KF136445.1| Uncultured microorganism clone N422R_36 ribulo... 419 1e-113gb|JN418666.1| Pinnularia neglectiformis strain Pin 706 F rib... 419 1e-113gb|JN418662.1| Pinnularia borealis strain Alka 1 ribulose-1,5... 419 1e113gb|JN418660.1| Pinnularia sp. 10 CS-2011 ribulose-1,5-bisphos... 419 1e-113gb|JN418655.1| Pinnularia neomajor strain Corsea 2 ribulose-1... 419 1e-113gb|JN418645.1| Pinnularia borealis var. subislandica strain (... 419 1e-113gb|JN418641.1| Pinnularia neomajor strain (Tor1)a ribulose-1,...
419 1e-113gb|EF143314.1| Sellaphora pupula clone US1 ribulose-1,5-bisph... 419 1e-113ALIGNMENTS>gb|KF959647.1| Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcL) gene, partial cds; chloroplastLength=1401 Score = 549 bits (608), Expect
= 9e-153 Identities = 309/312 (99%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 633
AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 693
ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 753
TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 813
ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATCAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||Sbjct 873
AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTAGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321
||||||||||||Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb|KM084940.1| Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit
(rbcL) gene, partial cds; chloroplastLength=980 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69
|||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||
|||||||Sbjct 651 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCAGGTACTATGGAAGAAGTTTACAA 710Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129
||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||Sbjct 711
ACGTGCACAATACGCTAAATCAGTAGGTTCTGTTATCGTTATGATCGATTTAGTTATGGG 770Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||||||Sbjct 771
TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCAATCTGGGCTCGTGAAAACGATATGATTTTACACTT 830Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||Sbjct 831
ACACCGTGCAGGTAACTCAACATACGCTCGTCAAAAAAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 890Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309
|| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||Sbjct 891
TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGACCACATTCACGCTGGTACAGTAGTTGG 950Query 310 TAAATTAGAAGG 321
||||||||||||Sbjct 951 TAAATTAGAAGG 962>gb|KF959648.1| Encyonema silesacum isolate TCC678 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit
(rbcL) gene, partial cds; chloroplastLength=1401 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||
|||||||Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCTGGTACAATGGAAGAAGTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129
||||| || |||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| | ||Sbjct 693
ACGTGCTGAGTACGGTAAAGCTGTAGGTTCTGTAGTTGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189
||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | || ||||| ||Sbjct 753
TTACACAGCGATTCAAAGTGCTGCAATCTGGTCTCGTGAAAACGATATGGTTTTACATTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||Sbjct 813
ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTATGCACGTCAAAAAAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309
|||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||Sbjct 873
AATCTGTAAATGGATGCGTATGGCTGGTGTAGATCATATTCACGCAGGTACTGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321
||||||||||||Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb|KC736590.1| Amphora montana clone TCC477 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcL)
gene, partial cds; chloroplastLength=1497 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69
|||||||||||||||||| ||||| |||||||| | || ||| ||||||||| |||||||Sbjct
672 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGGTGGTACAATGGAAGAAGTTTACAA 731Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129
||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||Sbjct 732
ACGTGCTGAGTACGCAAAAGCAGTAGGTTCTGTAATTGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 791Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189
||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| | ||||||||||Sbjct 792
TTACACAGCAATTCAAAGTATTGCTCTTTGGGCTCGTGAAAACGATATGTTATTACACTT 851Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||Sbjct 852
ACACCGTGCAGGTAACTCTACATACGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATTAACTTCCGTGT 911Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||Sbjct 912
TATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTAGG 971Query 310 TAAATTAGAAGG 321
||||||||||||Sbjct 972 TAAATTAGAAGG 983>gb|JN975266.1| Rhabdonema arcuatum strain ECT3898-Rhabdo ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large
subunit (rbcL) gene, partial cds; chloroplastLength=1349 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69
|||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||
|||||||||||| |||||||Sbjct 672 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACAGCTGCAACTATGGAAGAAGTTTACAA 731Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129
||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||Sbjct 732
ACGTGGTATCTATGCTAAAGAAGTAGGTTCTGTCATCGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 791Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189
||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||Sbjct 792
TTATACAGCAATCCAAAGTGCTGCTATTTGGGCTCGTGAAAATGATTTAGTTTTACACTT 851Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||Sbjct 852
ACACCGTGCAGGTAACTCAACATATGCTCGTCAAAAAAATCATGGTATTAATTTCCGTGT 911Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||Sbjct 912
AATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCATATCCACGCTGGTACAGTTGTAGG 971Query 310 TAAATTAGAAGG 321
||||||||||||Sbjct 972 TAAATTAGAAGG 983>gb|JN418674.1| Sellaphora blackfordensis strain (Bfp04)02 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit
(rbcL) gene, partial cds; chloroplastLength=1386 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69
|||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||||||||
|||||||Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGGTACTATGGAAGAAGTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129
||||| | |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||Sbjct 693
ACGTGCAGAATACGGTAAAGCAGTTGGTTCTGTAATCGTTATGATCGACTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | ||||| ||Sbjct 753
TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCAATCTGGGCTCGTGAAAATGACATGCTTTTACATTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||Sbjct 813
ACACCGTGCAGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAGAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||Sbjct 873
AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCATATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321
||||||||||||Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb|JN418664.1| Pinnularia cf. isselana strain Cal 878 TM ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit
(rbcL) gene, partial cds; chloroplastLength=1386 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCTGCTACAATGGAAGAAGTTTACGC 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129
||||| | || |||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||Sbjct 693
ACGTGCAGACTATGCTAAATCAGTAGGTTCTATAATTGTTATGATCGATTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| | ||||||||Sbjct 753
TTATACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATTTGGGCTCGTAACAACGATTGTATTTTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||Sbjct 813
ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAGAATCACGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||Sbjct 873
TATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321
||||||||||||Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb|JN418638.1| Pinnularia cf. microstauron strain (B2)c ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit
(rbcL) gene, partial cds; chloroplastLength=1386 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| |
|||||Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCTGGTACAATGGAAGAAGTGTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129
||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||Sbjct 693
ACGTGCAGAATATGCTAAAGCAGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| | | ||||||||Sbjct 753
TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGTCTCGTAACAACGATATGATCTTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||Sbjct 813
ACACCGTGCGGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAAAACCATGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||Sbjct 873
TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCATATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321
||||||||||||Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb|EF143321.1| Sellaphora pupula clone BLA15 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcL)
gene, partial cds; chloroplastLength=1183 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69
|||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||Sbjct
584 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGGTACTATGGAAGAAGTTTACAA 643Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129
||||| | |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||Sbjct 644
ACGTGCAGAATACGGTAAAGCAGTTGGTTCTGTAATCGTTATGATCGACTTAGTTATGGG 703Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | ||||| ||Sbjct 704
TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCAATCTGGGCTCGTGAAAATGACATGCTTTTACATTT 763Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||Sbjct 764
ACACCGTGCAGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAGAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 823Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||Sbjct 824
AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCATATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 883Query 310 TAAATTAGAAGG 321
||||||||||||Sbjct 884 TAAATTAGAAGG 895>gb|EF143313.1| Sellaphora laevissima clone THR3 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcL)
gene, partial cds; chloroplastLength=1369 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69
|||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||Sbjct
634 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGCTACTATGGAAGAAGTTTACAA 693Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129
||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| |||||| | ||Sbjct 694
ACGTGCAAACTACGCTAAAGCTGTTGGTTCTATAGTCGTTATGATCGACTTAGTTATGGG 753Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||| ||Sbjct 754
TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAATGACATGCTTTTACATTT 813Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||Sbjct 814
ACACCGTGCAGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAAAACCATGGTATTAACTTCCGTGT 873Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||Sbjct 874
TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 933Query 310 TAAATTAGAAGG 321
||||||||||||Sbjct 934 TAAATTAGAAGG 945>gb|EF143309.1| Sellaphora laevissima clone THR4 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcL)
gene, partial cds; chloroplastLength=1321 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69
|||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||Sbjct
638 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGCTACTATGGAAGAAGTTTACAA 697Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129
||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| |||||| | ||Sbjct 698
ACGTGCAAACTACGCTAAAGCTGTTGGTTCTATAGTCGTTATGATCGACTTAGTTATGGG 757Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||| ||Sbjct 758
TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAATGACATGCTTTTACATTT 817Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||Sbjct 818
ACACCGTGCAGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAAAACCATGGTATTAACTTCCGTGT 877Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||Sbjct 878
TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 937Query 310 TAAATTAGAAGG 321
||||||||||||Sbjct 938 TAAATTAGAAGG 949>gb|EF143308.1| Sellaphora pupula clone THR8 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcL)
gene, partial cds; chloroplastLength=1346 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69
|||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||Sbjct
639 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGCTACTATGGAAGAAGTTTACAA 698Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129
||||| | |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||Sbjct 699
Tack till alla som har bidragit!
• SLU DNA-barcoding network
•
•
•
•
•
•
•
Akvatiska Resurser
ArtDatabanken
Ekologi
Mark & Miljö
Skoglig mykologi och växtpatologi
Vatten & Miljö
Vilt, fisk och miljö
• Tack också till
• Naturhistoriska riksmuseet
• SciLifeLab
• Internationala partners
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Kristy Deiner et al. Choice of capture and extraction methods affect detection of freshwater biodiversity from environmental
DNA. Biological Conservation (183) 2015. DOI: 10.1016/j.biocon.2014.11.018
Jeremy Biggs et al. Using eDNA to develop a national citizen science-based monitoring programme for the great crested
newt (Triturus cristatus). Biological Conservation (183) 2015. DOI: 10.1016/j.biocon.2014.11.029
Lori Lawson Handley. How will the "molecular revolution" contribute to biological recording? Biological Journal of the
Linnean Society 2015
Cameron R. Turner et al. Improved methods for capture, extraction and quantitative assay of environmental DNA from Asian
bigheaded carp (Hypophthalmicthys spp.) PLOS ONE 4 december 2014. DOI: 10.137/journal.pone.0114329
Helen C. Rees et al. The detection of aquatic animal species using environmental DNA - a review of eDNA as a survey tool
in ecology. Journal of Applied Ecology (51) 2014. DOI: 10.1111/1365-2664.12306
Ryan P. Kelly et al. Harnessing DNA to improve environmental management. Science 27 juni 2014. DOI:
10.1126/science.1251156
Philip F. Thomsen et al. Environmental DNA - An emerging tool in conservation for monitoring past and present biodiversity.
Biological Conservation (183) 2015. DOI: 10.1016/j.biocon.2014.11.019
Ida B. Schnell et al. Screening mammal biodiversity using DNA from leeches. Current Biology Vol 22 No 8 2012. DOI:
10.1016./j.cub.2012.02.058
Tony Dejean et al. Improved detection of an alien invasive species through environmental DNA barcoding: the example of
the American bullfrog Lithobates catesbeianus. Journal of Applied Ecology (49) 2012. DOI: 10.1111/j.13652664.2012.02171.x
