Utvärdering av snabb-PCR för
molekylärpatologiska analyserna KRAS,
BRAF och EGFR
Linda Lindh
Laboratoriemedicin, Gävle sjukhus
[email protected]
regiongavleborg.se
Molekylärpatologi för lantisar
Ett förbättringsarbete inom Region
Gävleborg
regiongavleborg.se
Möte laboratoriemedicin 2014, hemtagning av
analyser
Totalkostnad minst 1000 000 kr
regiongavleborg.se
Genetiska analyser på
tumörvävnad i form av
mutationsundersökningar
• KRAS
• BRAF
• EGFR
regiongavleborg.se
Fyra st förbättringsteam startades upp hösten 2015 på
laboratoriemedicin
Molekylärbiologiska processen laboratoriemedicin, molekylärpatologi.
Deltagare:
• Linda Lindh
• Ann-Louise Sundström
• Karolina Gullsby
• Jenny Gustafsson
• Evrim Inekci
regiongavleborg.se
Påverkansanalys
Kartläggning av påverkansfaktorer
Undersöka möjligheter att utföra molekylärpatologiska analyser vid
laboratoriemedicin i Gävle
Alla som på något sätt kan påverka detta och de som blir påverkade behöver vara
delaktiga i detta arbete….
P-ruta
Primär påverkan
(2-4)
Involvera patolog i processarbetet/metodiken
Kompetens
andel vårddygn <6, operationdag=dag1
2006 - 2010
90%
80%
70%
60%
40%
30%
20%
10%
0%
T1
T2
T3
T1
2006
T2
T3
T1
2007
T2
T3
jan
feb mar apr maj jun sep okt nov dec jan
2008
feb mar apr maj jun aug sep okt nov dec
2009
2010
Hur väl har vi rätt kompetens idag? Hur
vidmakthåller vi kompetensen idag och
framåt? Vilken kompetens behöver
kunderna?
Samarbete
Vårddygn i samband med primär/elektiv höft- och knäplastikkirurgi
andel vårddygn <6, operationdag=dag1
2006 - 2010
90%
80%
70%
60%
50%
40%
30%
20%
10%
0%
T1
T2
T3
T1
T2
2006
T3
T1
2007
T2
T3
2008
jan
feb mar apr maj jun sep okt nov dec jan
feb mar apr maj jun aug sep okt nov dec
2009
2010
Hur god samverkan (externa och inom
labmedicin) har ni idag. Hur upplever de ni
behöver samverka med att det är?
andel vårddygn <6, operationdag=dag1
2006 - 2010
60%
50%
40%
30%
20%
10%
0%
T1
T2
2006
T3
T1
T2
2007
T3
T1
T2
2008
T3
jan
feb mar apr maj jun sep okt nov dec jan
2009
feb mar apr maj jun aug sep okt nov dec
2010
Alla chefer skall vara väl insatta i förändringsarbetet
Skapa en bra dialog med klinikerna (onkologen och lungavdelningen)
Omvärldsbevakning av nya metoder och instrument
Validering/jämförelse olika analysmetoder
Vårddygn i samband med primär/elektiv höft- och knäplastikkirurgi
80%
En god dialog inom labmedicin över discipliner
100%
Metodik som uppnår kriterier
70%
Utbildning för alla i molekylärbiologi/molekylärpatologi
Alla våra externa kunder känner till oss och vet när och hur de ska
använda våra tjänster
Målområde/vision
90%
Behörighetsbevis för analys av metod-Metodstart
Vårddygn i samband med primär/elektiv höft- och knäplastikkirurgi
100%
50%
100%
”Hur?”
”Vad?”
Korta svarstiderna och minska
externa kostnader
Nya möjligheter skapas för
kommande diagnostik.
Att alla molekylärpatologiska
analyser som skulle kunna
genomföras hos oss ska
genomföras hos oss
Sekundär påverkan
Diagram-provantal
Framtid-Alla inkomna
prov/månad och antal av
dessa som vi tar hand om
själva.
Vårddygn i samband med primär/elektiv höft- och knäplastikkirurgi
andel vårddygn <6, operationdag=dag1
2006 - 2010
Hur väl uppnås kriterierna idag?
100%
90%
80%
70%
60%
50%
40%
30%
20%
10%
0%
T1
T2
T3
T1
2006
T2
T3
T1
2007
T2
T3
jan
2008
feb mar apr maj jun sep okt nov dec jan
2009
feb mar apr maj jun aug sep okt nov dec
2010
Diagram-kostnad per prov
Diagram-tidsåtgång
Tid, lokaler, utrustning, teknik
LIS-koppling som fungerar mellan apparat/datasystem samt
koppling mellan olika datasystemen inom laboratoriemedicin
Rätt utrustning
Tillgänglig utrustning
Vårddygn i samband med primär/elektiv höft- och knäplastikkirurgi
andel vårddygn <6, operationdag=dag1
2006 - 2010
100%
90%
80%
70%
60%
50%
40%
30%
20%
10%
Vad krävs för tid, lokaler och
utrustning och teknik
0%
T1
T2
2006
regiongavleborg.se
T3
T1
T2
2007
T3
T1
T2
2008
T3
jan
feb mar apr maj jun sep okt nov dec jan
2009
feb mar apr maj jun aug sep okt nov dec
2010
Diagram-svarstid
© ihi
Nulägesanalys
• Svarstid-från beställning av analys (patologen UAS), tills svar
skickades till klinikern.
• Antalet prov per år
regiongavleborg.se
Svarstider för molekylärpatologiska prover
som skickats till UAS - nuläge (medelvärde 18,6 dagar)
45
40
35
30
Antal dagar
till svar
25
20
15
10
5
0
0
1
2
3
4
5
6
Slumpmässigt prov
regiongavleborg.se
7
8
9
10
Antal skickade prover per år
90
80
70
60
50
Antal
prover
K-RAS
BRAF
40
EGFR
30
20
10
0
2013
2014
Provtagningsår
regiongavleborg.se
2015
Omvärldsanalys
Vi har jämfört metoder som finns på marknaden, gällande metodik,
kostnad per prov samt analystid.
Qiagen – Therascreen kit
Roche - cobas® Mutation Test
Biocartis- Idylla
regiongavleborg.se
Jämförelse av pris per prov för respektive analys och
leverantör
4500
4000
3500
3000
Kostnad (kr)
2500
KRAS
BRAF
EGFR
2000
1500
1000
500
0
Qiagen
Roche
BioCartis
Leverantör
regiongavleborg.se
OBS detta är priser som är räknade utifrån Gävles lab, gällande befintlig
maskinpark och antal prov.
Jämförelse av tidsåtgång för mutationsanalys
9
8
7
6
Analystid (h)
5
4
3
2
1
0
Qiagen
Roche
Leverantör
regiongavleborg.se
BioCartis
Qiagen/Roche
DNA-extraktion
regiongavleborg.se
PCR-setup
amplifiering
Idylla
• Sample-to-result platform with a single instrument and without requiring any manual sample pre-treatment
• Cartridge fully enclosed – no PCR lab infrastructure required
• All reagents placed on-board cartridge during manufacturing; cartridge stable at room temperature, no cold
chain required
Sample
liquefaction
regiongavleborg.se
Cell
lysis
DNA/RNA
extraction
Amplification/
detection
Data analysis
Idyllan teknologi
MNAzyme-Multicomponent Nucleotide acid Enzymes
PASS primers-Polynucleotide assisted sequence switching
regiongavleborg.se
Metodjämförelse mellan Idylla och tidigare resultat från Patologen
Uppsala
ID
Tumör
Resultat IDYLLA
Resultat Uppsala
T5973
Adenocarcinom från colon
Mutation i BRAF kodon 600
Mutation i BRAF kodon 600 och PIKA3CA
T4887-15
Adenocarcinom från rektum
Mutation i KRAS kodon 12
Mutation i KRAS kodon 12
T3681-15
Adenocarcinom från colon
Ej påvisbar mutation i KRAS kodon 12, 13, 59, 61, 117 146
Ej påvisbar mutation i KRAS, NRAS BRAF och PIK3CA
T784-15
Adenocarcinom från rektum
insufficient DNA input
Mutation i KRAS kodon 12, 13, 59, 61, 117 146
T14761-14
Malignt Melanom
Mutation i BRAF kodon 600
Mutation i BRAF kodon 600
T5755-15
Malignt Melanom
Mutation i BRAF kodon 600
Mutation i BRAF kodon 600
T5735-15
Adenocarcinom från rektum
Mutation i KRAS kodon 61
Mutation i KRAS kodon 61
T2407-15
Adenocarcinom
Mutation i KRAS kodon 12
Mutation i KRAS kodon 12
T1991-15
Adenocarcinom från colon
Mutation i KRAS kodon 61
Mutation i KRAS kodon 61
1317-15
Adenocarcinom från colon
Mutation i KRAS kodon 12
Mutation i KRAS kodon 12
regiongavleborg.se
Hur går vi vidare
• Dialog med klinikerna, inte alltid så lätt!
• KRAS, BRAF (NRAS)-utvärdering tillsammans med onkologen.
Tillräckligt med information från Idyllan eller krävs NGS för alla
patienter.
• EGFR, verifiering av ca 10 prover. Ett alternativ innan första
linjens behandling sätts in. Sedan skicka prov för NGS.
• Framtiden-Liquid biopsies ct DNA(circulating tumour DNA)resistensövervakning.
regiongavleborg.se
Tack!!
regiongavleborg.se
