Användning av terminologi i patientjournaler Mia Kvist Inst. för data- och systemvetenskap (DSV), Stockholms universitet, och Centrum för Hälsoinformatik, Karolinska Institutet [email protected] Användning av termer i patientjournaler Mia Kvist Inst. för data- och systemvetenskap (DSV), Stockholms universitet, och Centrum för Hälsoinformatik, Karolinska Institutet [email protected] Journalspråk Terminologi - Termer Jargong Terminologireformen till svenska Terminologi i patientjournaler Fasta fält Fri text • • • • • Ostrukturerat • Helt vilt språk • Borde kopplas till koder? Strukturerat Färdiga formuleringar Är kopplat till koder. Kan användas för att skapa statistik. 4 Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil. Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil. Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil. Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil. Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil. Terminologi i patientjournaler Fasta fält Fri text • Strukturerat • Färdiga formuleringar • Är/Kan kopplas till koder. • Kan användas för att skapa statistik. • Kan användas för att skapa ny text. • Ostrukturerat • Helt vilt språk • Borde kopplas till koder? • Borde användas för att skapa strukturerad information och statistik? 10 Proc. 13th Conf. on Artificial Intelligence in Medicine, pp. 348–352. 11 Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil. Rule-based Entity Recognition and Coverage of SNOMED CT in Swedish Clinical Text Maria Skeppstedt, Maria Kvist and Hercules Dalianis LREC2012 Visar hur bra terminologin avspeglar det naturliga språket i journaler. Precision Recall Kroppsdelar 0.74 0.80 Diagnoser 0.75 0.55 Symtom+fynd 0.57 0.30 • Förkortningar hittades inte med matchning mot terminologier ( 14% av diagnoserna stod i förkortad form) • Uttryck längre än 2 ord kändes inte igen 13 Machine learning with CRF++ Precision Recall Disorder 0.84 0.72 Finding 0.70 0.59 Disorder/Finding as one group 0.78 0.68 Stockholm EPR Corpus • Karolinska Universitetssjukhuset • 600 000 patienter • 2006-2010 • 900 vårdenheter • 23 000 författare Medicinskt journalspråk Journalstruktur • Semi-strukturerad text Grammatik • Ofullständiga meningar • Saknar subjekt • Verbformer 16 Medicinskt journalspråk Journalstruktur • Semi-strukturerad text Grammatik • Ofullständiga meningar • Saknar subjekt • Verbformer Passiva verb dubbelt så vanligt i röntgensvar som i vanlig svenska. 17 Medicinskt journalspråk Vanlig svenska Medicinsk terminologi Medicinsk jargong 18 Medicinskt journalspråk Vanlig svenska • Sammansatta ord strålbehandlingsplaneringsdatortomografi 19 Medicinskt journalspråk Vanlig svenska • Sammansatta ord • Negationer Inga säkra kliniska hållpunkter för… Lungemboli kan inte uteslutas. 20 Medicinskt journalspråk Vanlig svenska • Sammansatta ord • Negationer Använder olika termer vid affirmerad eller negerad diagnos. Pat har en fraktur i proximala humerus. Ingen skelettskada påvisas. 50 Annotations 40 ischemia heart attack angina pectoris 30 20 10 0 Certainly Probably Possibly Probably Possibly Certainly Pos Pos Pos Neg Neg Neg Medicinskt journalspråk Vanlig svenska • Sammansatta ord • Negationer • Läsa mellan raderna Står på insulin sedan 5 år. = Patienten har diabetes mellitus. Medicinskt journalspråk Vanlig svenska Medicinsk terminologi • latin, grekiska, engelska • förkortningar Medicinsk jargong 24 Förkortningar akutjournal Autentisk journal: Pat med bruten hö arm. Rtgjour tar över. EKG för säkerhets skull. I övrigt u a. 25 Abbreviations X-ray All words sentences 18 12 bigram 38 trigram 29 18 of the top 100 words were abbreviated • 7 common abbreviations (tel = telephone, cm =centimeter), • 10 domain specific (iv = intravenous) • 1 ambiguous (ca = cancer or circa). 26 Förkortningar olika termer förkortas i olika specialiteter VAD FÖRKORTNINGARNA HANDLADE OM Vanliga svenska förkortningar Diagnoser medicinering provtagning storlek metod/procedur kroppsdelar/position administration titlar/yrken "pat" Med Akuten (12%) 10 5 12 12 1 9 2 13 6 23 RTG (7%) 13 1 0 0 15 22 10 12 4 0,5 27 Medicinskt journalspråk Vanlig svenska Medicinsk terminologi Medicinsk jargong • ekonomiskt språk • udda verbformer 28 Medicinsk jargong Jargong: Pat infarcerar på akuten, t. HIA med mellanjouren. Vanlig svenska: Patienten utvecklar en hjärtinfarkt under tiden på akutvårdsmottagningen, varför han skyndsamt förflyttas till Hjärtintensiven av den jourhavande specialistläkaren. 29 Medicinskt journalspråk Septisk pat, oklart fokus, rundodlas före Zinacef. Patienten har sepsis med oklart ursprung, bakterieodling tas från samtliga möjliga infektionsfokus, inklusive blododling, innan behandling med Zinacef inleds. Varför jargong? •Produktionsvillkor. Ingen tid att fundera på syftningsregler. Semantisk ekonomi. •Vem man ser som mottagare av texten. Skriver för kollegor införstådda med syftet med texten samt produktionsvillkoren. •Identitet. Insocialiseringsprocess Medicinskt journalspråk Funktion: ekonomiskt, effektivt och exakt arbetsredskap. 32 Stava med c eller k? Cholecystitis -> kolecystit DAY RTG kolecystit 48 84 colecystit 1 8 cholecystit 88 1613 DAY – 0,1 milj daganteckningar, 4 milj ord RTG – 0,43 milj röntgensvar, 20 milj ord 33 Stava med c eller k? DAY RTG DAY RTG kolit 55 89 colit 57 273 koloncancer 23 3 coloncancer 39 76 kardiell 150 26 cardiell 15 28 kardiellt 94 56 cardiellt 12 6 supraklavikulär 1 7 supraclavikulär 0 5 supraklavikulärt 11 283 supraclavikulärt 4 302 34 DAY esofagus oesofagus oesophagus esophagus torax thorax pharynx farynx RTG 176 4 7 21 1339 35 77 243 13 230 1377 13784 0 4 10 46 35 FRÅGOR? 36