Rapsarealen i Sverige 2008
Bomullsmögel- ny metod ger ökad
precision och förbättrad
riskbedömning
1Ann-Charlotte Wallenhammar, 2Charlotta
1Anna Redner och3Anki Sjöberg
Almquist,
HS Konsult AB, Örebro
Food/ Agro Sweden AB, Lidköping
3Lovang Lantbrukskonsult, Vikingstad
2EuroFins
Winter Oilseed
Rape
2346
1
24586
922
Winter Oilseed
Turnip Rape
64470
Spring Oilseed
Rape
Spring Oilseed
Turnip Rape
Bakgrund
• Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år
orsakar stora skador i oljeväxter och i en rad
andra tvåhjärtbladiga växter (ärt, böna, melon,
squash, sallad mfl.
• Svampen kan överleva i jorden > 10 år som
sklerotier.
sklerotier
Askosporer produceras under fuktiga förhållanden från apothecier
som gror från sklerotier i jorden.
1
Skadebild
Infektion sker när askosporinfekterade kronblad fastnar i bladvecken
Bakgrund
Syfte
• Riskvärdering i våroljeväxter: regional riskvärdering
baserad p
på lokalt klimat och fältdata. Kunskap
p om
sjukdomsförekomst i föregående oljeväxtodling på
samma fält är viktig. (Twengström, 1999)
• Syftet med projektet är att öka precisionen i
riskbedömningen och identifiera fält där en
bekämpning är motiverad.
• Identifiering av sporer på kronblad i vårraps har
undersökts i ett tidigare projekt 1998 och 1999.
Serologiska kits vs. Agartest av kronblad.
(Wallenhammar and Sjöberg, 2000)
• Att utveckla en DNA-baserad metod för att
detektera förekomsten av ascosporer på
kronbladen snabbt och exakt; real-tids
real tids PCR
• Agartestet gav ett kvantitativt mått på risk för angrepp.
2
Provtagna fält
2006-2007
Fältprovtagning
•Örebro län
20 vårrapsfält årligen
20 toppskott klipptes i varje fält
•Östergötland
Östergötland
Sjukdomsangrepp
j
g pp bestämdes innan skörd
20 höstrapsfält (2006)
20 vårrapsfält (2007)
80 kronblad undersöktes från varje fält
Agarplattorna inkuberades i rums temperatur 5-6 dagar
3
Realtids- PCR
Polymerase chain reaction (PCR)- amplifiering av specifika nukleinsyra
sekvenser
• Kopieringen kan följas i realtid vid varje
cykel
– Fluorescerande färg
– Fluorescerande prob
– Gör det möjligt att kvantifiera
• Mindre arbetskrävande,
snabbare och känsligare
Realtids- PCR analys
• Primers SSFWD and SSREV
(Freeman et al. 2002)
• TaqMan-MGB probe
Flera kronblad eller ett
kronblad?
• Strategi 1: realtids-PCR på DNA extrakt
f å flflera kronblad
från
k bl d (8
(8-16
16 kkronblad)
bl d)
• Ingen korrelation mellan mängd DNA och
procent infekterade kronblad i agartestet
4
Flera kronblad eller ett
kronblad?
Real-time PCR vs Agar test
• Strategi 2 – bestämma frekvensen
i f kt d kkronblad
infekterade
bl d (%) genom att
tt
analysera enskilda kronblad
Real-tim
me PCR (infected petals)
100%
• För DNA extraktion användes en
kommersiell lysis buffer
80%
y = 0,6422x - 0,0643
R2 = 0,7526
60%
40%
20%
0%
0%
20%
40%
60%
80%
100%
Agar test (infected petals)
Fieldasses
ssment % infected plants
s
Infekterade kronblad i Agartest jämfört med
fältangrepp
35
Nederbörd, temperatur och medelvärde för
fältangrepp
Antal
regndagar
Nederbörd
mm
37
Örebro
30
2006 två veckor före blomning
6
25
2006 under blomning
3
11
20
2007 två veckor före blomning
4
26
15
2007 under blomning
10
67
Medelvärde
fältangrepp
procent
2,4
7
Östergötland
10
2006 två veckor före blomning
0
0
5
2006 under blomning
1
6
0
2007 två veckor före blomning
2
14
2007 under blomning
8
100
0
20
40
60
80
100
Inga angrepp
0,5
Agar test %infected petals
5
Utvärdering av riskbedömning i vårraps
Örebro län 2006 och 2007
År
2006
2007
Riskbedömning
nivå
Angrepp i fält
% infekterade
plantor
Procent infekterade
kronblad agartest
Låg
0
0
Utvärdering av riskbedömning i vårraps
Östergötland 2007
År
Angrepp i fält
% infekterade
plantor
Procent infekterade
kronblad agartest
Låg
g
0
3
Låg
0
10
Låg
0
0
Måttlig
0
30
Låg
0
5
Måttlig
0
16
Låg
0
8
Måttlig
0
21
Låg
1
19
Stor
0
6
Måttlig
5
32
Stor
0
14
Måttlig
9
9
Måttlig
13
30
Låg
0
34
Låg
0
9
Låg
0
16
Måttlig
2
4
Måttlig
7
13
Måttlig
8
69
Måttlig
12
34
Hög
30
31
Hög
32
36
Slutsatser
2007
Riskbedömning
nivå
Förhållandena som orsakar angrepp är komplexa.
-Vi konstaterar att
• Realtids- PCR analysen är snabb och
exakt
kt
• Ascosporer finns
allmänt i ”luftrummet”
luftrummet
• Vi har visat ett linjärt samband mellan
procent infekterade kronblad enligt
agartest och procent positiva PCR
analyser (R2= 0,75)
• Kronbladstest ger bra
vägledning
• Väderleken under
bl
blomning
i avgör
ö om
infektionen lyckas
6
•En viktig parameter för sjukdomsutveckling är
angreppsnivån i senaste oljeväxtgrödan
Nya undersökningar
• Infektionsförhållanden
under blomning
undersöks genom täta
provtagningar av olika
bladnivåer och kronblad
som undersöks med
realtids-PCR- 2008-09
• Burkard spore trap
Aerobiology- 2009
Tack
Projektet har finansierats av
Stiftelsen Lantbruksforskning (SLF)
7
