Inlämningsuppgift Projektkurs i Kemisk Biologi, TFKE39
Du har fått till uppgift att isolera någon av nedanstående 10 DNA sekvenser som kodar för ett
protein. Genen isoleras från ett cDNA bibliotek och klonas in i en expressionsvektor för att
uttrycka proteinet i E.coli.
Din uppgift blir att göra ett laborationsprotokoll där du beskriver:
Vilket protein kodar DNA sekvensen för?
Ange hur ni kommit fram till vilket protein som avses, vilken databas har ni använt?
Designa primers för amplifiering av genen mha PCR
Konstruera primers för att amplifiera genen utgående från ett cDNA bibliotek, notera 5’ resp
3’ änden samt forward- och reverse primer. Ange hur de ska binda till DNA:t (markera t.ex
med kursivt eller fetstil) Motivera ditt val av primerkonstruktion och hur du valt PCR cykel
för att amplifiera genen.
Isolering av PCR fragment
Ange hur du renar fram PCR fragmentet efter amplifiering.
Val av vektor för expression i E.coli
Motivera ditt val av vektor, utgående från den information du erhållet om proteinets
egenskaper (t.ex stort eller litet protein? , membranprotein eller cytosoliskt?
posttranslationellt modifierat?)
Strategi för kloning av genen in i vald vektor
Hur ska genen klonas in i den valda vektorn? Vilka restriktionsenzymer ska användas? Hur
ska genen uttryckas? Under vilka betingelser ska detta ske (odlingstemperatur,
antibiotikaresistens, induktion med vad?
Chansen att proteinet ska gå att uttrycka i E.coli
Utgående från egenskaper om proteinet (t.ex stort eller litet protein? , membranprotein eller
cytosoliskt? posttranslationellt modifierat?) spekulera om chansen att din konstruktion ska gå
att uttrycka i E.coli
Beskriva mätmetoder hur man karakteriserar proteinet
Utgående från proteinets egenskaper ge förslag på hur man kan karakterisera proteinet (t.ex
har proteinet enzymaktivitet? Kan man mäta proteinstabiliteten med någon spektroskopisk
metod? Har proteinet förmåga att binda ligander?)
Inlämningsuppgiften ska vara skickad till [email protected] senast Fredagen 22 oktober.
OBS! Inlämnad rapport ska vara i PDF format
För sent inlämnad uppgift utan motivering kommer inte att läsas.
De som lämnar in för sent får en ny uppgift av mig med ny deadline av mig.
Lasse Mårtensson
IFM-Kemi
[email protected]
Examination: Individuell projektplan omfattande 5-10 sidor som bedöms enligt bifogad
utvärderingsmall med betygsskala (U,3,4,5)
Referenser
Litteratur:
T.A Brown Gene Cloning and DNA analysis, An introduction
Databaser och molekylärbiologi företag:
Expasy proteomics server
http://www.expasy.ch/
Protein Data Bank (3d strukturer av proteiner)
http://www.rcsb.org
NEB cutter On-line program för kontroll av restriktionssites
http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php
Företag som säljer molekylärbiologiska produkter eller tjänster
Stratagene (bl.a. Quikchange för lägesspecifik mutagenes)
http://www.stratagene.com
New England biolabs (NEB) ( bl.a restriktionsenzymer)
http://www.neb.com
Qiagen (bl.a. produkter för rening av DNA, plasmidprep kit)
http://www.qiagen.com
Novagen (bl.a. vektorer för expression av proteiner)
http://www.novagen.com
GATC (utför bl.a. DNA sekvensning
http://www.gatc.de
Välj ett (1) av nedanstående DNA sekvens för kloning och expression i E.coli
A
atgagtaaaggagaagaacttttcactggagttgtcccaattcttgttgaattagatggt
gatgttaatgggcacaaattctctgtcagtggagagggtgaaggtgatgcaacatacgga
aaacttacccttaaatttatttgcactactggaaagctacctgttccatggccaacactt
gtcactactttctcttatggtgttcaatgcttttcaagatacccagatcatatgaaacag
catgactttttcaagagtgccatgcccgaaggttatgtacaggaaagaactatattttac
aaagatgacgggaactacaaatcacgtgctgaagtcaagtttgaaggtgataccctcgtt
aatagaattgagttaaaaggtattgattttaaagaagatggaaacattcttggacacaaa
atggaatacaactataactcacacaatgtatacatcatggcagacaaacaaaagaatgga
atcaaagttaacttcaaaattagacacaacattgaagatggaagcgttcaactagcagac
cattatcaacaaaatactccaattggcgatggccctgtccttttaccagacaaccattac
ctgtccacacaatctgccctttccaaagatcccaacgaaaagagagatcacatgatcctt
cttgagtttgtaacagctgctgggattacacatggcatggatgaactatacaaataa
B
atggcttctcatcgtctgctcctcctctgccttgctggactggtatttgtgtctgaggct
ggccctacgggcaccggtgaatccaagtgtcctctgatggtcaaagttctagatgctgtc
cgaggcagtcctgccatcaatgtggccgtgcatgtgttcagaaaggctgctgatgacacc
tgggagccatttgcctctgggaaaaccagtgagtctggagagctgcatgggctcacaact
gaggaggaatttgtagaagggatatacaaagtggaaatagacaccaaatcttactggaag
gcacttggcatctccccattccatgagcatgcagaggtggtattcacagccaacgactcc
ggcccccgccgctacaccattgccgccctgctgagcccctactcctattccaccacggct
gtcgtcaccaatcccaaggaatga
C
atgaactaccccgtgaatcccgacctgatgcccgcgctgatggcggtcttccagcatgtg
cggacgcgcatccagagcgagctcgattgccagcgactcgacctgaccccgcccgacgtc
catgtattgaagcttatcgacgaacaacgcgggctgaacctgcaggacctgggacgccag
atgtgccgcgacaaggcactgatcacccggaagatccgcgagctggagggaagaaacctg
gtccgccgcgagcgcaaccccagcgaccagcgcagcttccagctcttcctcaccgacgag
gggctggccatccaccagcatgcggaggccatcatgtcacgcgtgcatgacgagttgttt
gccccgctcaccccggtggaacaggccaccctggtgcatctcctcgaccagtgcctggcc
gcgcaaccgcttgaggatatttaa
D
atgccccggcgcagcctgcacgcggcggccgtgctcctgctggtgatcttaaaggaacag
ccttccagcccggccccagtgaacggttccaagtggacttattttggtcctgatggggag
aatagctggtccaagaagtacccgtcgtgtgggggcctgctgcagtcccccatagacctg
cacagtgacatcctccagtatgacgccagcctcacgcccctcgagttccaaggctacaat
ctgtctgccaacaagcagtttctcctgaccaacaatggccattcagtgaagctgaacctg
ccctcggacatgcacatccagggcctccagtctcgctacagtgccacgcagctgcacctg
cactgggggaacccgaatgacccgcacggctctgagcacaccgtcagcggacagcacttc
gccgccgagctgcacattgtccattataactcagacctttatcctgacgccagcactgcc
agcaacaagtcagaaggcctcgctgtcctggctgttctcattgagatgggctccttcaat
ccgtcctatgacaagatcttcagtcaccttcaacatgtaaagtacaaaggccaggaagca
ttcgtcccgggattcaacattgaagagctgcttccggagaggaccgctgaatattaccgc
taccgggggtccctgaccacacccccttgcaaccccactgtgctctggacagttttccga
aaccccgtgcaaatttcccaggagcagctgctggctttggagacagccctgtactgcaca
cacatggacgacccttcccccagagaaatgatcaacaacttccggcaggtccagaagttc
gatgagaggctggtatacacctccttctcccaagtgcaagtctgtactgcggcaggactg
agtctgggcatcatcctctcactggccctggctggcattcttggcatctgtattgtggtg
gtggtgtccatttggcttttcagaaggaagagtatcaaaaaaggtgataacaagggagtc
atttacaagccagccaccaagatggagactgaggcccacgcttga
E
atggatggtacaagaacttcacttgacattgaagagtactcggatactgaggtacagaaa
aaccaagtactaactctggaagaatggcaagacaagtgggtgaacggcaagactgctttt
catcaggaacaaggacatcagctattaaagaagcatttagatactttccttaaaggcaag
agtggactgagggtattttttcctctttgcggaaaagcggttgagatgaaatggtttgca
gaccggggacacagtgtagttggtgtggaaatcagtgaacttgggatacaagaatttttt
acagagcagaatctttcttactcagaagaaccaatcaccgaaattcctggaaccaaagta
tttaagagttcttcggggaacatttcattgtactgttgcagtatttttgatcttcccagg
acaaatattggcaaatttgacatgatttgggatagaggagcattagttgccattaatcca
ggtgatcgcaaatgctatgcagatacaatgttttccctcctgggaaagaagtttcagtat
ctcctgtgtgttctttcttatgatccaactaaacatccaggtccaccattttatgttcca
catgctgaaattgaaaggttgtttggtaaaatatgcaatatacgttgtcttgagaaggtt
gatgcttttgaagaacgacataaaagttggggaattgactgtctttttgaaaagttatat
ctacttacagaaaagtaa
F
atgagctcccagattcgtcagaattattccaccgacgtggaggcagccgtcaacagcctg
gtcaatttgtacctgcaggcctcctacacctacctctctctgggcttctatttcgaccgc
gatgatgtggctctggaaggcgtgagccacttcttccgcgaactggccgaggagaagcgc
gagggctacgagcgtctcctgaagatgcaaaaccagcgtggcggccgcgctctcttccag
gacatcaagaagccagctgaagatgagtggggtaaaaccccagacgccatgaaagctgcc
atggccctggagaaaaagctgaaccaggcccttttggatcttcatgccctgggttctgcc
cgcacggacccccatctctgtgacttcctggagactcacttcctagatgaggaagtgaag
cttatcaagaagatgggtgaccacctgaccaacctccacaggctgggtggcccggaggct
gggctgggcgagtatctcttcgaaaggctcactctcaagcacgactaa
G
atgacagcagacaaattggttttctttgtgaatggcagaaaggtggtggagaaaaatgca
gatccagagacaacccttttggcctacctgagaagaaagttggggctgagtggaaccaag
ctcggctgtggagaggggggctgcggggcttgcacagtgatgctctccaagtatgatcgt
ctgcagaacaagatcgtccacttttctgccaatgcctgcctggcccccatctgctccttg
caccatgttgcagtgacaactgtggaaggaataggaagcaccaagacgaggctgcatcct
gtgcaggagagaattgccaaaagccacggctcccagtgcgggttctgcacccctggcatc
gtcatgagtatgtacacactgctccggaatcagcccgagcccaccatggaggagattgag
aatgccttccaaggaaatctgtgccgctgcacaggctacagacccatcctccagggcttc
cggacctttgccagggatggtggatgctgtggaggagatgggaataatccaaattgctgc
atgaaccagaagaaagaccactcagtcagcctctcgccatctttattcaaaccagaggag
ttcacgcccctggatccaacccaggagcccatttttcccccagagttgctgaggctgaaa
gacactcctcggaagcagctgcgatttgaaggggagcgtgtgacgtggatacaggcctca
accctcaaggagctgctggacctcaaggctcagcaccctgacgccaagctggtcgtgggg
aacacggagattggcattgagatgaagttcaagaatatgctgtttcctatgattgtctgc
ccagcctggatccctgagctgaattcggtagaacatggacccgacggtatctcctttgga
gctgcttgccccctgagcattgtggaaaaaaccctggtggatgctgttgctaagcttcct
gcccaaaagacagaggtgttcagaggggtcctggagcagctgcgctggtttgctgggaag
caagtcaagtctgtggcgtccgttggagggaacatcatcactgccagccccatctccgac
ctcaaccccgtgttcatggccagtggggccaagctgacacttgtgtccagaggcaccagg
agaactgtccagatggaccacaccttcttccctggctacagaaagaccctgctgagcccg
gaggagatactgctctccatagagatcccctacagcagggagggggagtatttctcagca
ttcaagcaggcctcccggagagaagatgacattgccaaggtaaccagtggcatgagagtt
ttattcaagccaggaaccacagaggtacaggagctggccctttgctatggtggaatggcc
aacagaaccatctcagccctcaagaccactcagaggcagctttccaagctctggaaggag
gagctgctgcaggacgtgtgtgcaggactggcagaggagctgcatctgcctcccgatgcc
cctggtggcatggtggacttccggtgcaccctcaccctcagcttcttcttcaagttctac
ctgacagtccttcagaagctgggccaagagaacctggaagacaagtgtggtaaactggac
cccactttcgccagtgcaactttactgtttcagaaagaccccccagccgatgtccagctc
ttccaagaggtgcccaagggtcagtctgaggaggacatggtgggccggcccctgccccac
ctggcagcggacatgcaggcctctggtgaggccgtgtactgtgacgacattcctcgctac
gagaatgagctgtctctccggctggtcaccagcacccgggcccacgccaagatcaagtcc
atagatacatcagaagctaagaaggttccagggtttgtttgtttcatttccgctgatgat
gttcctgggagtaacataactggaatttgtaatgatgagacagtctttgcgaaggataag
gttacttgtgttgggcatatcattggtgctgtggttgctgacaccccggaacacacacag
agagctgcccaaggggtgaaaatcacctatgaagaactaccagccattatcacaattgag
gatgctataaagaacaactccttttatggacctgagctgaagatcgagaaaggggaccta
aagaaggggttttccgaagcagataatgttgtgtcaggggagatatacatcggtggccaa
gagcacttctacctggagactcactgcaccattgctgttccaaaaggcgaggcaggggag
atggagctctttgtgtctacacagaacaccatgaagacccagagctttgttgcaaaaatg
ttgggggttccagcaaaccggattgtggttcgagtgaagagaatgggaggaggctttgga
ggcaaggagacccggagcactgtggtgtccacggcagtggccctggctgcatataagacc
ggccgccctgtgcgatgcatgctggaccgtgatgaggacatgctgataactggtggcaga
catcccttcctggccagatacaaggttggcttcatgaagactgggacagttgtggctctt
gaggtggaccacttcagcaatgtggggaacacccaggatctctctcagagtattatggaa
cgagctttattccacatggacaactgctataaaatccccaacatccggggcactgggcgg
ctgtgcaaaaccaaccttccctccaacacggccttccggggctttggggggccccagggg
atgctcattgccgagtgctggatgagtgaagttgcagtgacctgtgggatgcctgcagag
gaggtgcggagaaaaaacctgtacaaagaaggggacctgacacacttcaaccagaagctt
gagggtttcaccttgcccagatgctgggaagaatgcctagcaagctctcagtatcatgct
cggaagagtgaggttgacaagttcaacaaggagaattgttggaaaaagagaggattgtgc
ataattcccaccaagtttggaataagcttcacagttccttttctgaatcaggcaggagcc
ctacttcatgtgtacacagatggctctgtgctgctgacccacggggggactgagatgggc
caaggccttcataccaaaatggtccaggtggccagtagagctctgaaaatccccacctct
aagatttatatcagcgagacaagcactaacactgtgcccaacacctctcccacggctgcc
tctgtcagcgctgacctcaatggacaggccgtctatgcggcttgtcagaccatcttgaaa
aggctggaaccctacaagaagaagaatcccagtggctcctgggaagactgggtcacagct
gcctacatggacacagtgagcttgtctgccactgggttttatagaacacccaatctgggc
tacagctttgagactaactcagggaaccccttccactacttcagctatggggtggcttgc
tctgaagtagaaatcgactgcctaacaggagatcataagaacctccgcacagatattgtc
atggatgttggctccagtctaaaccctgccattgatattggacaggtggaaggggcattt
gtccagggccttggcctcttcaccctagaggagctacactattcccccgaggggagcctg
cacacccgtggccctagcacctacaagatcccggcatttggcagcatccccattgagttc
agggtgtccctgctccgcgactgccccaacaagaaggccatctatgcatcgaaggctgtt
ggagagccgcccctcttcctggctgcttctatcttctttgccatcaaagatgccatccgt
gcagctcgagctcagcacacaggtaataacgtgaaggaactcttccggctagacagccct
gccaccccggagaagatccgcaatgcctgcgtggacaagttcaccaccctgtgtgtcact
ggtgtcccagaaaactgcaaaccctggtctgtgagggtctaa
H
atggtgaaggtcggtgtcaacggatttggccgtattggccgcctggtcaccagggctgcc
ttctcttgtgacaaagtggacattgttgccatcaacgaccccttcattgacctcaactac
atggtctacatgttccagtatgattctacccacggcaagttcaatggcacagtcaaggct
gagaatgggaagctggtcatcaatgggaaacccatcaccatcttccaggagcgcgatccc
gctaacatcaaatggggtgatgctggtgctgagtatgtcgtggagtctactggcgtcttc
accaccatggagaaggctggggctcacctgaagggtggtgccaaaagggtcatcatctcc
gccccttccgctgatgcccccatgtttgtgatgggtgtgaaccacgagaaatatgacaac
tccctcaagattgtcagcaatgcatcctgcaccaccaactgcttagcccccctggccaag
gtcatccatgacaactttggcatcgtggaagggctcatgaccacagtccatgccatcact
gccactcagaagactgtggatggcccctctggaaagctgtggcgtgatggccgtggggca
gcccagaacatcatccctgcatccactggtgctgccaaggctgtgggcaaggtcatccca
gagctgaacgggaagctcactggcatggccttccgtgttcctacccccaatgtatccgtt
gtggatctgacatgccgcctggagaaacctgccaagtatgatgacatcaagaaggtggtg
aagcaggcggccgagggcccactaaagggcatcctgggctacactgaggaccaggttgtc
tcctgtgacttcaacagcaactcccattcctccacctttgatgctggggctggcattgct
ctcaatgacaactttgtgaagctcatttcctggtatgacaatgaatatggctacagcaac
agggtggtggacctcatggcctacatggcctccaaggagtaa
I
atgttccgtttgccagtttcgcttgctcgctcctccattagccgccagttggccatgcgc
ggctatgccaaggatgtgcgtttcggacccgaggtgcgcgccatgatgctccagggcgtc
gatgtgctggccgatgctgtggcagtgaccatgggccccaagggtcgcaatgtgatcatt
gagcagtcgtggggctcgcccaaaatcaccaaggacggcgtcactgtggccaagtccatt
gagctgaaggacaagttccagaacatcggtgccaagctggtccaggatgtggccaacaat
accaacgaggaggccggtgatggcaccaccacggccaccgttctggctcgcgccattgcc
aaggagggcttcgagaagatctccaagggcgccaatcccgtcgagattcgtcgcggtgtc
atgctggccgttgagaccgtcaaggacaaccttaagaccatgtcgcgccccgttagcacg
cccgaggagatcgcccaggtggccaccatctcggccaacggtgatcaggccatcggcaat
ctcatcagcgaggccatgaagaaggtgggacgcgatggcgttatcaccgtcaaggatggc
aagaccctcaccgatgagttggaggttatcgagggcatgaagttcgatcgcggctacatc
tcgccgtacttcatcaactcctcgaagggcgccaaggtggagttccaagatgccctcctc
ctgctgtccgagaagaagatctcatcggtgcagagcatcattcccgctctggagctggcc
aagtcgcagcgcaagccgctggtcatcattgccgaggatatcgatggtgaggccctgagc
accctggtggtgaaccgcctcaagatcggccttcaggtggctgccgtcaaggcacccggc
ttcggcgacaaccgcaagagcaccctcaccgatatggccatcgcctccggcggcattgtc
ttcggcgatgatgctgatctcgtcaagctggaggacgtcaaggttagcgatttgggccag
gtcggcgaggtggtgatcaccaaggacgacaccctgctgctgaagggcaagggcaagaag
gacgatgtgctccgtcgcgccaatcagataaggaccaagatcgaggacaccacctccgag
tacgagaaggagaagctgcaggagcgtctggcccgcttggcctccggcgttgccctgctg
cgcgttggcggctccagcgaggtggaggtcaacgagaaggaggatcgcgtccacgatgcc
ctgaacgccacccgtgctgccgtcgaagagggaatcgttcccggaggcggcacccgtctc
gtccggttgattgagaagctcgagggtgtcgagaccaccaacgaggatcagaaactcggc
gtggagattgtgcgtcgtgcctcgcgaatgccatgcatgacgattgccaagaacgccggc
gttgatggcgccatggtggtggccaaggtggagaatcaggccggtgactacggctacgat
gcgctgaagggcgaatacggcaacctgatcgagaagggcatcatcgatcccaccaaggtg
gtgcgcaccgccatcacagacgcctccggtgtggcctcactgctgaccaccgccgaggct
gtcgtcaccgagatccccaaggaggatggcgctcctgccatgcccggcatgggtggtatg
ggcggcatgggaggcatgggcggcatgggtggcatgatgtaa
J
atggctatgataccttcaatttcaaagttgctttttgttgcaatatgtctttttgtttat
atgggtttgtcatttggtgatttttctattgtgggttattctcaaaatgacttgacatcc
actgaaagacttattcagctatttgaatcgtggatgttgaagcacaataagatttataag
aatattgatgaaaaaatctacagatttgaaatttttaaagataatcttaaatatattgat
gagacaaataagaaaaataacagttattggcttggattaaatgtgtttgctgatatgagc
aatgatgaattcaaagaaaagtatactggttctattgctggaaattatacaacaaccgaa
ctatcatacgaagaagtgcttaatgatggtgatgtaaatatcccggagtatgtcgattgg
agacaaaaaggagctgtcactcctgtaaaaaatcagggttcttgtggtagttgttgggca
ttctcagctgttgtaactatagagggaataattaagattagaactgggaacttaaatgaa
tactcagagcaagaactgcttgactgcgacagacgtagctacgggtgcaatggaggttac
ccttggagtgcacttcaattagtggctcaatatggtattcactacagaaatacttaccca
tatgagggagtgcaacgttattgtcgctcaagggagaaaggtccttatgcagccaaaacc
gatggggttcgacaagtgcaaccatataatgaaggggctctcttatattcaattgcaaac
caacctgtgagcgttgtccttgaagctgctggaaaagatttccaattatatagaggggga
atatttgtggggccatgcggaaacaaagtagatcatgcagtcgcagcagttgggtatgga
ccaaattacatactcataaagaattcatggggtacaggatggggtgaaaatggatatata
agaatcaaaagaggcactggaaactcctatggagtatgtggactttatacaagctcattc
tatcctgttaaaaactga
Utvärderingsmall för inlämningsuppgiften i projektkursen i Kemisk Biologi
Inlämningsuppgift
Projektkurs
Kemisk Biologi
Student:
Baskriterier
Medelpoäng:
Kriteriets innehåll
(Max: 32poäng)
1
Inlämningsuppgiften språkligt och grafiskt
sammanhängande.
2
Adekvat ämnesmässigt djup, lagom fackspråk
Syftet och
innehållet
Kriteriets innehåll
3
Tydlig och välmotiverad Specifik Målsättning
4
Adekvat bakgrundssammanfattning
5
Hypoteser uppsatta och adresserade i planen
6
Genomtänkt metodmässigt innehåll både vad
gäller experimentella och praktiska aspekter
7
Genomförbarhet – helhetsbedömning baserat på
hela ansökan
8
Nyskapande, nytänkande, kreativitet ?!
Feedback:
Utvärderare:
1
2
3
4
1
2
3
4
