ÖLL 2008
Torbjörn Nilsson, Bengt Sorbe
Sida 1
Torbjörn Nilsson, Bengt Sorbe
Bilaga 1: Forskningsprogram
DNA-metylering av cancersuppressorgener vid gynekologisk cancer
Figur 1. Metylering av cytosin. Reaktionen där cytosin metyleras katalyseras genom DNA-metyltransferas. Sadenosylmetionin (SAM) är metylgruppsdonator och S-adenosylmetionin är restprodukt i alla
metyleringsreaktioner (Singal et al, 1999).
Tabell I – De studerade cancersuppressorgenerna och deras funktioner
Gennamn
O6-MGMT
hMLH1
P14ARF
P16INK4a
RASSF1A
APC1A
Funktion inom:
Tumörcellsresistans
Rekrytering av proteiner till missmatchreparation
Reglering av cellcykeln
Reglering av cellcykeln
Mitos
Celladesion
Figur 3 (fortsätter på nästa sida!). Pyrogram över de studerade CpG-loci i de 6 cancer-relaterade generna O6MGMT, hMLH1, p14ARF, p16INK4a, RASSF1A och APC1A. Promotorregionerna på alla dessa gener var
ometylerade iDNA från normala leukocytersom användes vid metodutvecklingen.
O6-MGMT: site 1-7
O6-MGMT: site 11-14
ÖLL 2008
Torbjörn Nilsson, Bengt Sorbe
Sida 2
hMLH1: site 1-6
hMLH1: site 17-23
p14ARF: site 9-16
p14ARF : site 3-8
p16INK4a: site 9-13
p16INK4a: site 21-27
RASSF1A: site 1-4
RASSF1A: site 6-12
APC1A: site 7-10
APC1A: site 12-17
ÖLL 2008
Torbjörn Nilsson, Bengt Sorbe
Sida 3
Figur 2 (forts på nästa sida!). Pyrogram över de studerade CpG-loci i p16INK4a och APC1A generna där de
övre bilderna visar metylerade tumörmaterial medan de nedre visar ometylerade normalvävnader. De cytosiner
som är metylerade i tumörprovet är inringade i figuren. I de undre bilderna saknas de metylerings-signalerande
G-topparna på mptsvarande positioner.
ÖLL 2008
Torbjörn Nilsson, Bengt Sorbe
Sida 4
ÖLL 2008
Torbjörn Nilsson, Bengt Sorbe
Sida 5
Kostnadsberäkningar avseende molekylärgenetiska reagens
Reagenskostnaderna för de olika laborativa moment som ingår i projektplanen specificeras
här för att ge en så komplett redovisning som möjligt av vilka reagensen är och vad de kostar
per förpackning. För att bedöma totalkostnaderna per reagens har vi dessutom räknat ut hur
mkt reagens som behöver köpas för att köra 100 prover.
Metyleringsanalyser:
Qiagen
Extraktion:
EZ1 DNA Blood Kit 3085 kr/48 prov
QIAamp DNA mini kit
(färskfruset tumörmaterial) 1423 kr/50 prov
QIAamp DNA FFPE tissue kit
Qiagen
(formalinfixerat paraffininbäddat tumörmaterial) 2100 kr/50 prov
QIAamp DNA Blood mini kit (serum) 1423kr/50 prov
Qiagen
Qiagen
Zymo Research
Zymo Research
Sigma
6 400
2 850
4 200
DNA-fällning (EtOH, NaAc-buffert, TE-buffert)
2 850
50
Bisulfitbehandling:
EZ DNA methylation kit 4510kr/200 prov
EZ DNA methylation direct kit 5470 kr/200 prov
E.coli DNA 993 kr/5 mg (x1,2 omkörning)
Förbrukningsmaterial (1,5 ml-rör, pipettspetsar mm)
2 260
2 750
360
4 000
PCR:
3 130
Pyrosekvensering:
3 150
Övriga kostnader tas upp i blankettdelen.
