Projekt examensarbete BML VT11
(prel. titlar och projektbeskrivningar)
1.Förändras mängden kloratreduktas eller kloritdismutas under anaeroba jämfört med
aeroba odlingsförhållanden i bakterien Ideonella dechloratans?
Handledare: Maria Rova
Abdulle Abdirashid
2.Tillverkning av vektorer för att undersöka betydelsen av mRNA´ts 5´untranslated region
för post-transkriptionell reglering av kloratreduktas och/eller kloritdismutas i bakterien
Ideonella dechloratans
Proteinerna kloratreduktas och kloritdismutas är centrala för mikrobiell kloratnedbrytning
via anaerob respiration. Vi har tidigare visat att aktiviteten av dessa proteiner ökar under
anaeroba förhållanden samtidigt som deras mRNA-nivåerna är oförändrade. Det tyder på
att proteinerna regleras post-transkriptionellt. En hypotes är att små RNA´n sk sRNA´n
medverkar i regleringen. Det är känt från andra studier av prokaryot genreglering att
mRNA´ts 5´ände kan vara ett mål för bindning av sRNA. Konsekvensen av en sådan bindning
kan t ex bli att den ribosombindande sekvensen får en ökad eller minskad tillgänglighet så
att mRNA´t får lättare eller svårare att translateras.
Examensarbetet går ut på att tillverka vektorer som kan användas för analys av 5´
untranslated region (5´UTR´s) betydelse för post-transkriptionell reglering. Vektorerna
konstrueras med gensekvenser som motsvarar valda delar av 5´ UTR för kloratreduktas
och/eller kloritdismutas kopplade till en reportergen. Om tiden medger kommer vektorerna
också att testas in vivo i I. dechloratans.
Handledare Maria Rova
3. Kvalitetskontroll av blodkomponenter.
Detta arbete gäller framförallt "statistiska beräkningar". Som är känt görs kvalitetskontroller
på samtliga blodkomponenter och det gör vi på ett unikt sätt i Sverige så vi kan göra
sammanställningar på ”korsan och tvärsan”. De parametrar som vi matar in körs
tillsammans med de laboratorie-resultat som fås från klinisk kemi och sammanställs i
rapporter enligt en klar uppdelning.
Inom Värmland satsar vi mycket på att göra komponenter med aferes, både plasma
trombocyter och erytrocyter. Arbetet skulle då gå ut på att göra samlade beräkningar på hur
variablerna (antal, HB, EVF, mm) ändras beroende på produktions sätt. Vi har data i våra
burkar så det är tolkningen det är frågan om. Det kan bli en mycket bra poster på detta
också. Den som åtar sig jobbet kommer garanterat att få stöd av undertecknad.
Handledare: Per-Olof Forsberg Blodcentralen CSK
4.Trombocyträkning – när är det optimalt att kontrollera trombocytinnehållet i en enhet?
Handledare Per-Olof Forsberg, Med ansvarig Transfusionsmedicin
Laila Arnqvist, Driftsledare, Claratappen samt metodansvarig för komponenter.
Claratappen & Blodcentralen CSK
Mer info kan fås av Per-Olof Forsberg Tfn 070-6556900 E-post: [email protected]
Linda Ekelöf
5. Ex arbete i Göteborg
Analys av intracellulär Ca2+ med FURA2 teknik på colon cancer cell linjen HT29. Handledare
Dick Delbro
Liza Török
6. Analys av cytokinuttryck från makrofager.
Handledare Patrik Holm och Jonny Wijkander
Josefine Winter
7. Analys av mRNA uttryck för cell cykel reglerande protein i colon cancer cell linjen HT29.
HT29 celler kommer att odlas och behandlas (2- 24 timmar) med konditionerat medium från
makrofager. mRNA prepareras och uttrycket för CDKN11A, CDKN2A, CDKN2B och CDK2
analyseras med real tids PCR.
Handledare Ann Erlandsson och Jonny Wijkander
8. Analys av mRNA uttryck för BIRC2, HOXA1 och VEGF i colon cancer cell linjen HT29.
Handledare Ann Erlandsson och Jonny Wijkander
Line Denker
9. Studier av arakidonsyrametabolism i colon cancer cell linjen HT 29.
Tidigare resultat har visat att proliferationen av HT29 cellerna minskar vid behandling med
konditionerat medium från makrofager. Syftet med studien är att se om det finns någon
koppling mellan minskad proliferation och förändring i arakidonsyrametabolismen hos HT29
cellerna. Projektet omfattar analys av protein uttryck av cytosolärt fosfolipas A2 och
cyclooxygenaser med western blot samt analys av 3H arakidonsyrafrisättning från HT29
celler
Handledare Jonny Wijkander
10. Proliferationsstudier av colon cancer cell linjen CaCo2 vid behandling med
konditionerat medium från makrofager.
Handledare Jonny Wijkander
Tutonda Nsumbu Gloire
11. Cellulära förändringar av Colon cancer cell linjen HT29 vid behandling med
konditionerat medium från makrofager.
Handledare Patrik Holm/Ann Erlandsson/Jonny Wijkander
Anna Lindberg
12. Sox-11 i mantelcellslymfom
Ny markör för mantelcellslymfom, som också är positiv i en del andra lymfom, bl.a. Burkitt's
lymfom. Genom att undersöka förekomsten i en serie lymfom kan värdet av denna markör
bedömas.
Ref: Leuk Lymphoma. 2010 Nov;51(11):1962-7. Epub 2010 Oct 4
Handledare: Tomas Seidal Halmstad
13. CD 99 i malignt melanom.
Handledare: Tomas Seidal (Kerstin Malmsköld) (kan göras i Karlstad)
Jenny Anteryd
14. Molekylärbiologi (Halmstad)
Vår molekylärbiolog Annika Pontén utvecklar metoder som utgår från tumörmaterial från
Halmstad. En student kan vara med om detta och tillsammans med Annika skissera ett
projekt.
Handledare: Tomas Seidal Halmstad
15. Studier av eosinofil cell linjen Eol1 vid behandling med ftalater.
Handledare. Birgitta Sundström och Eewa Nånberg
Kim Fungula
16. Studier av eosinofil cell linjen Eol1 vid behandling med ftalater.
Handledare Birgitta Sundström och Eewa Nånberg
Sarah Fryxelius
17. Studier av monocyt cell linjen THP1.
Handledare. Birgitta Sundström och Eewa Nånberg
Maria Andersson
18. Patientnära analys på för tidigt födda.
Handledare Calmark/Patrik Holm
Bo Simmons
Val av examensarbete BML VT11
Namn ___________________________________
Förstahandsval projekt nr_________
Andrahandsval projekt nr_________
Tredjehandsval projekt nr__________
Lämnas in till Jonny (eller skickas till [email protected]) senast 21/2
