Nomenklatur för vanliga SNP analyser Camilla Valtonen André och Annica Pontén Tisdag den 10 november 2015 Nomenklaturregler SNP-analyser Exempel APOE DNA-Apolipoprotein E genotyp Allelvarianten E4 ger ökad risk för Alzheimers sjukdom, E3 är normal Fel enligt HGVS att använda trivialnamn. Hur ska E4 anges? 2 Nomenklaturregler SNP-analyser Exempel APOE DNA-Apolipoprotein E genotyp Allelvarianten E4 ger ökad risk för Alzheimers sjukdom, E3 är normal Fel enligt HGVS att använda trivialnamn. Hur ska E4 anges? p.Cys112Arg (C112R) Också fel, refererar till ett protein utan signalpeptid Variation på DNA-nivå skall anges 3 Nomenklaturregler SNP-analyser Exempel APOE DNA-Apolipoprotein E genotyp Allelvarianten E4 ger ökad risk för Alzheimers sjukdom, E3 är normal Fel enligt HGVS att använda trivialnamn. Hur ska E4 anges? Rätt: Med gensymbol: APOE: c.388T>C (p.Cys130Arg) Variationen angiven med RefSeq (kodande sekv): NM_000041.3:c.388T>C alt NM_000041.3(APOE):c.388T>C Variationen angiven med RefSeq (genomisk sekv): NG_007084.2:g.7903T>C 4 Nomenklaturregler SNP-analyser Exempel Laktasgenen (LCT) Kromosom 2 2q21.3 DNA Intron 13 LCT g.-13913T>C ............AAGATAATGTAGCCCCTG............ ” Rätt? ” LCT g.-13915T>G LCT g.-13910C>T LCT g.-13914G>A 5 LCT g.-13907C>G Nomenklaturregler SNP-analyser Exempel Laktasgenen (LCT) Fel! Det är svårt att matcha en korrekt HGVS-nomenklatur med den ”inarbetade” angivna positionen -13910! Variationen angiven med RefSeq LCT-genen (kodande sekv): NM_002299.2:c.-13907C>T alt NM_002299.2(LCT):c.-13907C>T Numreringen blir fel! Variationen angiven med RefSeq för MCM6 (kodande sekv): NM_005915.5:c.1917+326C>T alt NM_005915.5(MCM6):c.1917+326C>T Variationen angiven med RefSeq för MCM6 (genomisk sekv): NG_008958.1:g.30366C>T Med endast gensymbol: MCM6: c.1917+326C>T Mest ”fel”: LCT: g.-13910C>T 6 Nomenklatur somatiska mutationer Samma nomenklaturregler enligt HGVS Alla kända somatiska mutationer finns listade i en publik databas COSMIC = Catalogue of somatic mutations in cancer http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic 7 Nomenklatur somatiska mutationer Exempel JAK2 = Janus Kinase 2 Mutationer i exon 12 eller 14 vid myeloproliferativa sjukdomar Substitution (missense) exon 14, kodon 617 HGVS: JAK2: c.1849G>T (p.Val617Phe) Cosmic: JAK2 c.1849G>T (p.V617F) 8 Nomenklatur somatiska mutationer Exempel JAK2 = Janus Kinase 2 Mutationer i exon 12 eller 14 vid myeloproliferativa sjukdomar Substitution (missense) exon 14, kodon 617 HGVS: JAK2: c.1849G>T (p.Val617Phe) Cosmic: JAK2 c.1849G>T (p.V617F) EGFR = Epidermal Growth Factor Receptor Mutationer i exon 18-21 (tyrosinkinasdomänen) vid icke småcellig lungcancer Deletion (in frame) exon 19 HGVS: EGFR: c.2235_2249del (p.Glu746_Ala750del) Cosmic: EGFR c.2235_2249del15 (p.E746_A750delELREA) 9 Nomenklatur somatiska mutationer Exempel JAK2 = Janus Kinase 2 Mutationer i exon 12 eller 14 vid myeloproliferativa sjukdomar Substitution (missense) exon 14, kodon 617 HGVS: JAK2: c.1849G>T (p.Val617Phe) Cosmic: JAK2 c.1849G>T (p.V617F) EGFR = Epidermal Growth Factor Receptor Mutationer i exon 18-21 (tyrosinkinasdomänen) vid icke småcellig lungcancer Deletion (in frame) exon 19 HGVS: EGFR: c.2235_2249del (p.Glu746_Ala750del) Cosmic: EGFR c.2235_2249del15 (p.E746_A750delELREA) BRAF = v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1 Mutationer i exon 15 vid flera olika tumörsjukdomar Deletion/insertion (Indel) exon 15, kodon 600 HGVS: BRAF: c.1799_1800delinsAA (p.Val600Glu) Cosmic: BRAF c.1799_1800TG>AA (p.V600E) ”Trivialnamn” V600E komplex 10 TACK FÖR UPPMÄRKSAMHETEN! 11