2010-01-12
Schema Proteinkemi, NKED07 och NKED76
Vecka 3
Må 18/1
13-17 Fö: Introduktion proteiner, proteinstrukturmotiv (kap1-2)
(E330)*
(UC)
Ti 19/1
10-12 Fö: och -strukturer (Kap 3-4)
13-15 Fö: och -strukturer (Kap 3-4)
On 20/1
Fr 22/1
8-12 Fö: Proteinveckning (kap6)
8-10
(R18) (UC)
(R18) (UC)
(R18) (UC)
Fö: Röntgenkristallografi (Kap18 & Kap6 Creighton)
(BL32) (LGM)
Vecka 4
Må 25/1
8-10 Fö: -strukturer (Kap5)
(R18) (MS)
10-12 Grupp 1-5: Labintroduktion: Odling och rening (Svedberg)
(AA)
13-17 Grupp 1-5: Autoklavering, plattodling eller vätskeodling i liten
skala, mm (Egen mutant väljs om möjligt) (Dag 1) (Svedbergl) (AA)
**
Ti 26/1
10-17 Grupp 1-5: Ympning storodling, IPTG-tillsats.
Förberedelser inför affinitetskromatografin (Dag 2) (Svedberg)
(AA)
On 27/1
8-18 Grupp 1-5: Skörd, ”Bead-beat”-behandling,
affinitetskromatografi, dialys (Dag 3)
(Svedberg) (AA)
Fr 29/1
10-12 Fö: DNA strukturer, DNA bindande proteiner (Kap7,8)
(BL34) (MS)
15-17 Le: Demo av proteinstrukturer in silico, design av
proteinvarianter (BL32) (LGM)
Vecka 5
Må 1/2
(MS)
8-10
Fö: DNA bindande proteiner (Kap 9-10)
13-17 Grupp 1-6: Datalab
(Odén)
(Kiselhålan) (LGM)
Ti 2/2
10-17 LARM
On 3/2
8-10
To 4/2
Fö: Proteiner i immunsystemet, fibrösa proteiner (kap 14-15)
(Odén) (LGM)
10-13 LARM
10-12 Fö: Proteiner i immunsystemet, fibrösa proteiner,
virusstrukturer (kap14-16), forts
(Odén) (LGM)
Vecka 6
Må 8/2
Ti 9/2
10-12 Fö: Membranproteiner, signaltransduktion (Kap12-13) (BL31)
LGM)
13-15 Fö: Membranproteiner, signaltransduktion forts. (Kap12-13)
(Odén) (LGM)
10-12 Fö: Proteindesign och prediktion (Kap17) (S19) (LGM)
13-15 Forskningsinformation
(S19) (UC
+XX+YY)
On 10/ 2
8-10
Fö: Enzymkatalys, serinproteaser (Kap11)
To 11/2
13-14 Fö: Nedbrytning (Proteasomen)
14-15 Fö: Posttranslationella processer
Fr 12/2
8-10
(S19) (UC)
(Odén) (UC)
(Odén) (MS)
FRÅGESTUND (NKED 07 + 76) (Odén) (UC, MS, LGM)
Vecka 7
Må 15/2
Inläsning
Ti 16/2
8-13 Tentamen del 1 Mat-Nat (NKED 07 + 76)
On 17/2
8.30-10 Fö:Egenskaper hos proteiner (kap1)
10-12 Fö:Egenskaper hos proteiner (kap1) forts.
+Reflektorieintroduktion (utdelning av artiklar)
(BL32)(MS)
(BL32)(MS)
To 18/2
8-12 Lab: SDS-PAGE (Grupp 1-5) (Svedberg) (AA)
Koncentrationsbestämning.
OBS! Avfärgning nästa dag.
Fr 19/2
8-10
Fö: Interaktioner hos proteiner (Kap4)
(BL32) (UC)
15-17 Fö: Interaktioner hos proteiner forts. (Kap4) (BL32) (UC)
Vecka 8
Må 22/2
13-17 Fö: Proteiner i lösning (Kap 5)
Ti 23/2
8-10
(BL32) (MS)
Eget reflektorium (Grupp 1-3 (Dalton); Grupp 4-6 (Bikupan))
10-15 Fö: Hydrofobinteraktion (Kompendium) (BL32) (UC)
On 24/2
8-12
Fö: Folding av globulära proteiner (Kap 7) (BL32) (LGM)
To 25/2
8-10 Reflektorium: Storgruppsplanering av stabilitetsmätning
(Grupp 1-3 (Dalton) (UC); Grupp 3-6 (Bikupan) (MS))
Fr 26/2
8-10 Fö: Interaktion med andra molekyler (Kap 8) (BL32) (LGM)
15-17 Fö: Interaktion med andra molekyler forts. (Kap 8) (BL32)
(LGM)
Vecka 9
Må 1/3
8-10
Fö: Interaktion med andra molekyler (Kap 8) (BL32) (LGM)
forts,
10-12 Reflektorium: Godkännande av experimentella villkor (Grupp 13 (Dalton) (UC); Grupp 4-6 (Bikupan) (MS))
13-17 Fö: Enzymkatalys (Kap9) (BL32) (UC)
Ti 2/3
8-10 Lab: Provberedning (Grupp 1-3) (Svedberg) (AA)
10-12 Fö: Enzymkatalys forts. (Kap9) (BL32) (UC)
13-15 Lab: Provberedning forts. (Grupp 4-6) (Svedberg) (AA)
On 3/3
8-10 Fö: Reservtid (BL32)
(10-12 Frågestund del 1 (TFKE46) (Odén) (UC, MS, LGM) )
To 4/3
CD analys på konformationen i nära-UV (AA)
(Prep.lab 222:225, Curidoren)
Tid
8.15
9.00
10.00
11.00
13.00
14.00
Fr 5/3
1
X
2
3
Laborationsgrupper
4
5
6
X
X
X
X
X
8-12 Lab: Stabilitetsmätning med fluorescens (Grupp 1-2) (Prep.lab 2
(222:231) (AA)
13-17 Lab: Stabilitetsmätning med fluorescens (Grupp 3-4) (Prep.lab
(222:231) (AA)
Vecka 10
Må 8/3
8-12 Lab: Stabilitetsmätning med fluorescens (Grupp 5-6) (Prep.lab
2 (222:231) (AA)
Ti 9/3
10-12 Fö: Evolution av proteiner (NKED 07; Rep.Med Bio) (Kap. 3)
(Odén) (UC)
13-15 Problemlösningslektion (NKED 07) (Bikupan) (UC, LGM)
On 10/3
8-12 Lab: Bioinformatik (Grupp 1-6) (Kiselhålan) (LGM)
To 11/3
8-9
9-10
9-11
Fr 12/3
Reflektorium: Analys av resultat:
(Grupp 1(Dalton) (UC); Grupp 4 (Bikupan (MS))
(Grupp 2(Dalton) (UC); Grupp 5 (Bikupan (MS))
(Grupp 3(Dalton) (UC)); (Grupp 6 (Bikupan) (MS)
Inläsning
Vecka 11
Må 15/3
Ti 16/3
On 17/3
13-17 Frågestund (NKED 07) (Odén)(MS, UC, LGM)
Inläsning
14-19 Tentamen del 2 (NKED 07)
(14-19 Tentamen del 1 (TFKE 46))
Må 27/5
14-19 Tentamen del 2 (TFKE 46)
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
*Salar:
BL-salarna i B-huset ingång 23, R-salar i C-huset, E330 i Fysikhuset, Odén i Bhuset.
** Moment i kursiv stil avser labkursen TFKE49
Läroböcker: C. Branden & J. Tooze: Introduction to Protein Structure
T.E. Creighton: Proteins. Structure and molecular properties
Kompendium till Proteinkemi NKED07, NKED76, TFKE46.
Lärare: UC=Uno Carlsson [email protected] (kursansvarig), MS=Magdalena Svensson
[email protected], LGM=Lars-Göran Mårtensson [email protected], AA=Alexandra
Ahlner [email protected]
