2009-01-15
Schema Proteinkemi, NKED07 och NKED76
Vecka 4
Må 19/1
Ti 20/1
13-15 Fö: Introduktion proteiner, proteinstrukturmotiv (kap1-2)
(U11)* (UC)
15-17 Fö: Introduktion proteiner, proteinstrukturmotiv (kap1-2)
(U11) (UC)
8-10 Fö: och -strukturer (Kap 3-4)
(E330)
(UC)
On 21/1
8-10 Fö: och -strukturer (Kap 3-4)
10-12 Fö: Proteinveckning (kap6)
(E330) (UC)
(E330) (UC)
To 22/1
10-12 Fö: Proteinveckning (kap6), forts,
(E330) (UC)
Fr 23/1
8-10 Fö: Röntgenkristallografi (OBS! Ev. repetition för
vissa)(Kap18 & Kap6 Creighton)
(S15) (LGM)
10-12 Fö: -strukturer (Kap5)
(BL32)
(MS)
Vecka 5
Må 26/1
10-12 Fö: DNA strukturer, DNA bindande proteiner (Kap7,8)
(S15) (MS)
13-15 Le: Demo av proteinstrukturer in silico, design av
proteinvarianter (E330) (LGM)
On 28/1
8-10 Grupp 1-8: Labintroduktion: Odling och rening (BL34) (JH)
10-15 Grupp 1-4: Autoklavering, plattodling eller vätskeodling i liten
skala, mm (Egen mutant väljs om möjligt) (Dag 1) (Theorell) (JH) **
To 29/1
8-15 Grupp 1-4: Ympning storodling, IPTG-tillsats. Förberedelser
inför affinitetskromatografin (Dag 2)
(Svedberg)
(JH)
11-16 Grupp 5-8: Autoklavering, plattodling eller vätskeodling i liten
skala, mm (Egen mutant väljs om möjligt)(Dag 1)(Theorell ) (JH)
Fr 30/1
Grupp 1-4: Skörd, ”Bead-beat”-behandling,
affinitetskromatografi, dialys (Dag 3)
(Svedberg) (JH)
8-18
9-16
Grupp 5-8: Ympning storodling, IPTG-tillsats.Förberedelser
inför affinitetskromatografin (Dag 2) (Theorell) (JH)
Vecka 6
Må 2/2
8-12 Grupp 1-8: Datalab
13-15 DNA bindande proteiner (Kap 9-10)
Ti 3/2
8-10 Fö: DNA bindande proteiner (Kap 9-10)
10-17 LARM
On 4/2
8-10
To 5/2
Fr 6/2
(Kiselhålan) (LGM)
(BL31) (MS)
(BL31) (MS)
Fö: Proteiner i immunsystemet, fibrösa proteiner (kap 14-15)
(E330) (LGM)
10-17 LARM
10-12 Fö: Proteiner i immunsystemet, fibrösa proteiner,
virusstrukturer (kap14-16), forts
(BL31) (LGM)
13-15 Fö: Membranproteiner, signaltransduktion (Kap12-13) (BL31)
(LGM)
Vecka 7
Må 9/2
Ti 10/2
13-15 Fö: Membranproteiner, signaltransduktion forts. (Kap12-13)
(BL31) (LGM)
8-10 Fö: Proteindesign och prediktion (Kap17) (E330) (LGM)
On 11/ 2
8-10 Fö: Enzymkatalys, serinproteaser (Kap11)
10-12 Forskningsinformation
(BL31) (UC)
(BL31) (UC)
To 12/2
10-11 Fö: Nedbrytning (Proteasomen)
11-12 Fö: Posttranslationella processer
(BL31) (UC)
(BL31) (MS)
Fr 13/2
8-10
FRÅGESTUND (NKED 07 + 76) (BL31) (UC, MS, LGM)
Vecka 8
Må 16/2
Inläsning
Ti 17/2
8-13 Tentamen del 1 Mat-Nat (NKED 07 + 76)
On 18/2
8.30-10 Fö:Egenskaper hos proteiner (kap1)
10-12 Fö:Egenskaper hos proteiner (kap1) forts.
+Reflektorieintroduktion (utdelning av artiklar)
(E330)(MS)
(E330)(MS)
To 19/2
10-12 Fö: Interaktioner hos proteiner (Kap4)
(E330) (UC)
13-17 Lab: SDS-PAGE (Grupp 1-8) (Theorell+Svedberg) (JH)
OBS! Avfärgning nästa dag.
Fr 20/2
8-12
Fö: Interaktioner hos proteiner forts. (Kap4) (E330) (UC)
Vecka 9
Må 23/2
13-17 Fö: Proteiner i lösning (Kap 5)
(BL32) (MS)
Ti 24/2
8-10 Fö: Hydrofobinteraktion (Kompendium) (E330) (UC)
10-12 Eget reflektorium (Grupp 1-4 (BL34!!!); Grupp 5-8 (Dalton))
On 25/2
8-10 Fö: Hydrofobinteraktion forts. (Kompend.) (E330) (UC)
10-12 Fö: Folding av globulära proteiner (Kap 7) (E330) (LGM)
13-15 Fö: Folding av globulära proteiner forts. (Kap 7) (BL32)
(LGM)
To 26/2
8-10
Reflektorium: Storgruppsplanering av stabilitetsmätning
(Grupp 1-4 (Bikupan) (UC); Grupp 5-8 (Bolzmann) (MS))
10-12 Fö: Interaktion med andra molekyler (Kap 8) (E330) (LGM)
Fr 27/2
(LGM)
8-12
Fö: Interaktion med andra molekyler forts.(Kap 8) (BL32)
Vecka 10
Må 2/3
10-12 Reflektorium: Godkännande av experimentella villkor (Grupp 14 (Fick, 2B:688) (UC); Grupp 5-8 (Galaxen, E319)(MS))
13-17 Fö: Enzymkatalys (Kap9) (BL32) (UC)
Ti 3/3
8-10 Fö: Enzymkatalys forts. (Kap9) (E330) (UC)
10-15 Lab: Provberedning (Grupp 1-8) (Theorell+Svedberg) (KC)
On 4/3
8-10 Fö: Reservtid (E330)
10-12 Frågestund del 1 (TFKE46) (E330) (UC, MS, LGM)
To 5/3
CD analys på konformationen i nära-UV (JH)
(Lab: Struktur och växelverkan, Teknisk Biologikorridoren)
Tid
8.15
9.00
10.00
11.00
13.00
14.00
15.00
16.00
Fr 6/3
1
X
2
3
Laborationsgrupper
4
5
6
7
8
X
X
X
X
X
X
X
8-12 Lab: Stabilitetsmätning med fluorescens (Grupp 1-2) (Prep.lab 2
(222:231) (KC)
13-17 Lab: Stabilitetsmätning med fluorescens (Grupp 7-8) (Prep.lab
(222:231) (KC)
Vecka 11
Må 9/3
8-12 Lab: Stabilitetsmätning med fluorescens (Grupp 3-4) (Prep.lab
2 (222:231) (KC)
13-17 Lab: Stabilitetsmätning med fluorescens (Grupp 5-6)
(Prep.lab 2 (222:231) (KC)
Ti 10/3
3)
10-12 Fö: Evolution av proteiner (NKED 07; Rep.Med Bio) (Kap.
(BL31) (UC)
13-15 Problemlösningslektion (NKED 07) (BL31) (UC, LGM)
On 11/3
8-12 Lab: Bioinformatik (Grupp 1-8) (Kiselhålan) (LGM)
To 12/3
8-9
9-10
9-11
9-12
Fr 13/3
12/3
Reflektorium: Analys av resultat:
(Grupp 1(Fick) (UC); Grupp 5 (Myrstacken, 2D:615) (MS))
(Grupp 2(Fick) (UC); Grupp 6 (Myrstacken, 2D:615) (MS))
(Grupp 3(Fick) (UC); Grupp 7 (Myrstacken, 2D:615) (MS))
(Grupp 4(Fick) (UC); Grupp 8 (Myrstacken, 2D:615 )(MS))
Inläsning
8-13
Tentamen del 1 (TFKE 46)
Må 16/3
8-12
Frågestund (NKED 07) (BL31)(MS, UC, LGM)
Ti 17/3
8-13
Tentamen del 2 (NKED 07)
Vecka 12
4/6
8-13 Tentamen del 2 (TFKE 46)
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
*Salar: U11, S15 i C-huset, E330 = Kepler 1 i Fysikhuset,
BL-salarna i B-huset ingång 23, C- och S-salar i C-huset.
** Moment i kursiv stil avser labkursen TFKE49
Läroböcker: C. Branden & J. Tooze: Introduction to Protein Structure
T.E. Creighton: Proteins. Structure and molecular properties
Kompendium till Proteinkemi NKED07, NKED76, TFKE46.
Lärare: UC=Uno Carlsson [email protected] (kursansvarig), MS=Magdalena Svensson
[email protected], LGM=Lars-Göran Mårtensson [email protected], JH=Janosch Hennig
[email protected], KC=Karin Carlsson [email protected]
