Susanne Jacobsson
Datum: 2015-02-18
Sidan 1 av 7
Neisseria meningitidis 2014
Årsrapport avseende
serogruppering, genosubtypning och antibiotikakänslighet
hos svenska Neisseria meningitidis isolat samt direkt
PCR diagnostik vid bakteriell meningit
Totalt har 79 N. meningitidis (MC)-isolat från 76 patienter eller bärare sänts in från de kliniska
mikrobiologiska laboratorierna i landet och undersökts i Örebro under 2014. Invasiva isolat har
karakteriserats från totalt 45 patienter. Den samlade bilden av invasiv meningokocksjukdom i
Sverige för år 2014 fås genom sammanslagning av aktuell rapport med de obligatoriska kliniska
anmälningarna som går till Folkhälsomyndigheten. En totalbild publiceras från Folkhälsomyndigheten, Solna i samarbete med vårt referenslaboratorium där även mortalitet och åldersfördelning m.m.
redovisas
(http://www.folkhalsomyndigheten.se/amnesomraden/statistik-ochundersokningar/sjukdomsstatistik/meningokockinfektion-invasiv/).
MC-isolat från likvor/blod, punktat, svalg/luftvägar inklusive mellanöra och urogenitalt fördelade
på serogrupp presenteras i Tabell I. Ett isolat redovisas per patient.
Tabell II visar resultatet av genosubtypningen för de 45 invasiva isolaten, Tabell III resultaten av
MIC bestämningen för de 45 invasiva isolaten.
Tabell IV är en sammanställning av samtliga N. meningitidis isolat som skickats till laboratoriet
för karakterisering från 2000 till 2014.
Genetisk subtypning, s.k. genosubtypning, utförs med sekvensering av porA-genens tre mest
variabla regioner VR1, VR2 och VR3 (1). Även uttrycket av PorA-proteinet påvisas med hjälp av
co-agglutination med en monoklonal antikropp (4BG4-E7) som binder till en relativt konservativ
del av PorA-proteinet. Alla de 45 invasiva MC-isolaten var genosubtypningsbara medan uttryck
av PorA-proteinet påvisades hos 37/45 (82 %). I övrigt rapporteras årligen till European Centre
for Disease Prevention and Control (ECDC); sekvenstyp och klonalt komplex, vilka bestäms med
hjälp av multilocus sequence typing (MLST) samt varianterna hos fetA-genen. Detta utförs sedan
2013 med helgenomsekvensering av meningokock DNA på MiSeq (Illumina) och analyseras med
hjälp av Bacterial Isolate Genome Sequence Database (BIGSdb)
(http://pubmlst.org/software/database/bigsdb/).
PCR-diagnostik på likvor, blod och punktat har genomförts med påvisning av artspecifikt bakteriellt DNA, ctrA tillsammans med crgA för meningokocker, samt specifika gener för Streptococcus
pneumoniae, Haemophilus influenzae, Streptococcus agalactiae och Listeria monocytogenes, och
bakteriellt DNA generellt, genen för 16S rRNA (2, 3).
POSTADRESS
Laboratoriemedicinska länskliniken, Mikrobiologi
Universitetssjukhuset Örebro
701 85 Örebro
E-POST [email protected]
BESÖKSADRESS
Universitetssjukhuset
Gallerian, ingång F2
Örebro
TELEFON
019-602 35 41
TELEFAX
019-12 74 16
ORG.NR
232100-0164
INTERNET www.regionorebrolan.se/uso/labmed
Sidan 2 av 7
MC isolerade från likvor och blod (antal isolat = antal patienter)
De 45 invasiva MC-isolaten som karaktäriserades under 2014 bestod av:
6 serogrupp B MC-isolat (1 sulfaresistenta, d.v.s. MIC >10 mg/L) tillhörande
6 olika genosubtyper.
16 serogrupp C MC-isolat (12 sulfaresistenta) tillhörande 6 olika genosubtyper,
där P1.5,2,36-2 dominerade (n=9).
20 serogrupp Y MC-isolat (6 sulfaresistenta) tillhörande 5 olika genosubtyper,
där P1.5-2,10-1,36-2 dominerade (n=15).
2 serogrupp W MC-isolat (2 sulfaresistenta) tillhörande P1.5,2,36-2.
1 serogrupp 29E MC-isolat (sulfakänslig) tillhörande P1.5,2,36-2.
Alla genosubtyper uppdelade efter serogrupp presenteras i Tabell II.
MC DNA påvisat från normalt steril lokal
Under 2014 analyserades 89 prover med PCR-teknik avseende bakteriellt DNA (2). MC DNA
påvisades i 9 av dessa prover. Vidare genetisk karaktärisering, genogruppering samt genosubtypning,
utfördes direkt från 4 av dessa prov där odlingsprov saknades (1). Tre av dessa fyra prover var
fullt typningsbara; Y:P1.5-2,10-1,36-2; C:P1.5,2,36-2; och C:P1.5-1,10-8,36-2, medan ett prov
innehöll för liten provmängd så enbart genogruppering kunde utföras; B.
De flesta proverna kom från andra laboratorier i landet. I dessa fall är det önskvärt att erhålla
likvor/blodprov i första hand och färdiga DNA-prepationer, minimivolym 50 µL, i andra hand då
reagens inte alltid är kompatibla med varandra och problem kan uppstå vid analysering av dessa
prover. Isolerade MC-isolat bör alltid bifogas om tillgängliga.
Antibiotikakänslighet
Alla MC-isolat testades med Etest (Biomerieux) avseende MIC för bensylpenicillin (PcG),
cefotaxim, kloramfenikol, ciprofloxacin, rifampicin och meropenem på Mueller-Hinton (BD) med
blod (MH-F), se tabell III. Behandlas patienten med annat antibiotikum görs alltid test även mot
detta. Dessutom testas sulfakänslighet (sulfametoxazol) med Etest (Biomerieux), vilket är en
epidemiologisk markör som kompletterar den övriga karakteriseringen, se ovan.
Av de invasiva isolaten hade 10/45 (22 %) nedsatt känslighet för PcG (MIC >0,064 mg/L).
Tidigare andel från 2000 och framåt ses i Figur 1 nedan. Samtliga invasiva isolat var känsliga för
cefotaxim, kloramfenikol, ciprofloxacin, rifampicin och meropenem (Tabell III).
Inget β-laktamas producerande MC-isolat har ännu identifierats i Sverige.
Sidan 3 av 7
40
35
30
25
20
15
10
5
0
2000
2002
2004
2006
2008
2010
2012
2014
Figur 1. Proportionen (%) MC med nedsatt känslighet för PcG från 2000 tom 2014 (MIC >0,064
mg/L).
Sammanfattningsvis
Under 2014 analyserades 45 invasiva MC-isolat i Sverige, Y:P1.5-2,10-1,36-2 dominerade med
15 isolat följt av C:P1.5,2,36-2 (n=9).
Dessutom diagnostiserades meningokocksjukdom i ytterligare 4 fall via fynd av meningokockspecifikt
DNA med PCR teknik.
Den ökning vi såg från år 2010 och framåt av det totala antalet MC-isolat i Sverige avstannade
2013, och förekomsten fortsatte att minska 2014. Det totala antalet MC-isolat ligger på en relativt
låg nivå igen, Tabell IV.
Antalet MC serogrupp B (n=6) har aldrig tidigare varit så lågt. MC serogrupp B har de sista åren
legat på en låg nivå. Medeltal 13 likvor/blod isolat av MC serogrupp B per år, range 6-19, från år
2010 och framåt, jämfört med 22 fall/år, range 14-33, under 2000-talet och 40 fall/år, range 25-66,
under 1990-talet.
MC serogrupp C identifierades från 16 patienter, vilket är i mitten av intervallet 10-22 fall/år
som registrerats sedan 2000, och en liten ökning sedan 2013 (n=13).
MC serogrupp Y ökningen som pågått sedan 2009 som avstannnade 2013, har nu återgått till
2009-2010 års siffror. McY-isolaten dominerar dock fortfarande och motsvarade 44 % av de
invasiva isolaten i Sverige under 2014 (2013, 51 %; 2012, 49 %; respektive 2011, 51 %). Det är
fortfarande den tidigare identifierade stammen Y:P1.5-2,10-1,36-2:F4-1:ST23(cc23), som klart
dominerar bland de invasiva isolaten i Sverige (8, 13). Av MC serogrupp Y-isolaten 2014 hade
75 % (15/20) genosubtyp P1.5-2,10-1,36-2 jämfört med 68 % 2013, 52 % 2012, och 87 % 2011.
Inga kopplade fall inom Sverige har rapporterats under året.
Slutligen är det viktigt att fortsätta följa antibiotikakänsligheten men ännu krävs ingen ändring av
antibiotikapolicy utifrån laboratoriets horisont.
Liksom tidigare ges ett första svar (s.k. prelsvar) på misstänkta MC-isolat, oftast inom
2 arbetsdagar, med serogrupp och antibiogram. Den genetiska karaktäriseringen tar rutinmässigt
ca 1 månad om inte epidemiologi eller andra faktorer gör att den bör påskyndas.
Sidan 4 av 7
Publikationer
1.
Mölling P, Jacobsson S, Bäckman A, Olcén P.
Direct and rapid identification and genogrouping of meningococci and porA amplication by LightCycler PCR.
J Clin Microbiol 40:4531-4535, 2002.
2.
Thulin Hedberg S, Olcén P, Fredlund H, Mölling P.
Real-time PCR detection of five prevalent bacteria causing acute meningitis.
APMIS 117:856-860, 2009.
3.
Cavrini F, Liguori G, Andreoli A, Sambri V.
Multiple nucleotide substitutions in the Neisseria meningitidis serogroup C ctrA gene cause false-negative detection
by real-time PCR.
J Clin Microbiol 48:3016-3018, 2010.
4.
Susanne Jacobsson.
Doctoral dissertation. Characterization of Neisseria meningitidis from a virulence and immunogenic perspective that
includes variations in novel vaccine antigens.
Örebro Studies in Medicine 31, Örebro 2009.
5.
Sara Thulin Hedberg.
Doctoral dissertation. Antibiotic susceptibility and resistance in Neisseria meningitidis – phenotypic and genotypic
characteristics.
Örebro Studies in Medicine 38, Örebro 2009.
6.
Jacobsson S, Wedege E.
A review of vaccines against group B meningococcal disease.
European Infectious Disease 4:50-53, 2010.
7.
Thulin Hedberg S, Olcén P, Fredlund H, Unemo M.
Antibiotic susceptibility of invasive Neisseria meningitidis isolates from 1995 to 2008 in Sweden – the meningococcal
population remains susceptible.
Scand J Infect Dis 42:61-64, 2010.
8.
Thulin Hedberg S, Törös B, Fredlund H, Olcén P, Mölling P.
Genetic characterisation of the emerging invasive Neisseria meningitidis serogroup Y in Sweden 2000 to 2011.
Euro Surveill 16:1-7, 2011.
9.
Kelly A, Jacobsson S, Hussain S, Olcén P, Mölling P.
Gene variability and degree of expression of vaccine candidate factor H binding protein in clinical isolates of Neisseria
meningitidis.
APMIS 121:56-63, 2013.
10. Törös B, Hedberg ST, Jacobsson S, Fredlund H, Olcén P, Mölling P.
Evaluation of molecular typing methods for identification of outbreak-associated Neisseria meningitidis isolates.
APMIS 121:503-510, 2013.
11. Bröker M, Bukovski S, Culic D, Jacobsson S, Koliou M, Simões MJ, Skoczynska A, Toropainen M, Taha MK,
Tzanakaki G.
Meningococcal serogroup Y emergence in Europe: High importance in some European regions in 2012.
Hum Vaccin Immunother 10:1725-1728, 2014.
12. Bianca Törös.
Doctoral dissertation. Genome-based characterization of Neisseria meningitidis with focus on the emergent serogroup
Y disease.
Örebro Studies in Medicine 109, Örebro 2014.
13. Törös B, Hedberg ST, Jacobsson S, Fredlund H, Olcén P, Mölling P.
Surveillance of invasive Neisseria meningitidis with a serogroup Y update, Sweden 2010 to 2012.
Euro Surveill 19:1-9, 2014
Sändlista:
Samtliga svenska Kliniskt Mikrobiologiska laboratorier, Infektionskliniker och Smittskyddsenheter
Folkhälsomyndigheten, ECDC, SoS
Folkhälsomyndigheten´s motsvarigheter i Norden
Örebro 2015-02-18
Susanne Jacobsson, Hans Fredlund, Paula Mölling, Sara Thulin Hedberg, Bianca Törös,
Martin Sundqvist, Magnus Unemo
Sidan 5 av 7
Tabell I. Serogruppmönster hos samtliga N. meningitidis isolat (n=76) insända under 2014.
Ett isolat per patient redovisas.
Serogrupp
likvor/blod
svalg/luftvägar
inkl. öron
urogenitalt
Totalt
B
6
1
11
C
16
1
-
17
Y
20
15
1
36
W
2
-
-
2
29E
1
-
-
1
ej grupperbar
(ng)
-
6
c)
3
9
Totalt
45
26
5
76
4
a) 2 sputum b) 4 sputum, 1 mellanöra c) 4 sputum, 1 BAL
a)
b)
Sidan 6 av 7
Tabell II. Genosubtypmönster för de tre variabla regionerna VR1, VR2 och VR3 av porA
genen hos samtliga invasiva N. meningitidis isolat (n=45) uppdelat i serogrupp.
Genosubtyp
MCY
P1.5-2,10-1,36-2
MCB
MC29E
P1.5-1,10-8,36-2
9
1
2
13
3
3
2
2
P1.5,2-1,36-2
1
1
P1.5-1,2-2,36-2
Totalt
15
1
P1.5-1,10-8,xx
MCW
15
P1.5,2,36-2
P1.5-1,10-1,36-2
MCC
1
1
a)
1
1
P1.5-2,2-2,36-2
1
1
P1.5-2,10-12,36-2
1
1
P1.18-1,3,38
1
1
P1.22,9,35-1
1
1
P1.7,16,35
1
1
P1.7,16-29,35
1
1
P1.17-1,23-3,37
1
1
P1.19,13-1,35-1
1
1
P1.19-1,15-11,36
1
1
Totalt
20
6
16
2
1
a) VR3 icke typbar
Tabell III. MIC range för samtliga invasiva N. meningitidis isolat (n=45) för samtliga testade
antibiotikum, samt brytpunkter för meningokocker inom SIR-sytemet.
a)
Antibiotika
MIC range (mg/L)
S≤
≤/R>
Penicillin G
0,023 – 0,38
0,06/0,25
Cefotaxim
<0,002 – 0,016
0,12/0,12
Kloramfenikol
0,25 – 1,5
2/4
Ciprofloxacin
0,002 – 0,006
0,03/0,03
Rifampicin
0,003 – 0,032
0,25/0,25
Meropenem
0,003 – 0,047
0,25/0,25
a) S – känslig, R – resistent. Brytpunkter för MC fastlagda av EUCAST/NordicAST
45
Susanne Jacobsson
Datum: 2015-02-18
Sidan 7 av 7
Tabell IV. Samtliga N. meningitidis isolat som skickats till laboratoriet för karakterisering från 2000 till 2014.
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
Totalt antal MC-isolat
(ett per patient)
102
116
83
74
73
70
75
81
76
79
94
99
130
89
76
MC från CSF/blod
44
58
36
41
47
48
44
43
38
45
56
61
85
66
45
MC från luftvägar
56
55
43
27
24
19
28
34
35
24
35
33
35
22
26
MC från genitaltrakt
1
2
3
4
-
1
3
3
2
9
2
5
5
-
5
Andra invasiva MC
1
1
1
2
2
2
-
1
1
1
1
-
5
1
-
A
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
B
23
33
20
27
24
25
21
16
14
16
11
14
19
17
6
C
15
14
10
11
11
15
15
15
16
10
19
15
22
13
16
Y
1
8
4
2
6
4
5
9
7
16
22
31
39
33
20
W
5
2
1
1
5
1
2
2
1
2
2
1
5
3
2
annan
-
1
-
-
-
1
-
-
-
-
1
-
-
-
1
ng
-
-
1
-
1
2
1
1
-
1
-
-
-
-
-
MC från CSF/blod
serogrupp
