KEMM03
Kursplan för
Mass spektrometrisk protein karaktärisering 7.5 högskolepoäng,
Mass spectrometric protein characterization 7.5 ECTS credits
Fastställd av naturvetenskapliga fakultetens utbildningsnämnd 2006- . Planen träder i kraft
2007-07-01. Kursen är på avancerad nivå.
A. Allmänna uppgifter
Kursen ingår i ämnet kemi vid den naturvetenskapliga fakulteten. Kursen är en obligatorisk
kurs på avancerad nivå för en masterexamen med inriktning mot Molekylär proteinvetenskap.
Kursen ges även som fristående kurs. Kursen ges på engelska.
B. Kursens syfte
Kursen syfte är att låta studenterna förvärva kunskaper om och färdigheter i mass
spektrometri för analys och karaktärisering av proteiner. Kursen erbjuds även till studenter på
andra mastersprogram som t.ex. molekylärbiologi, biomedicin, eller läkemedelsdesign.
C. Lärandemål
Kursens mål är att studenter efter avslutad kurs skall ha förvärvat följande kunskaper och
färdigheter: Kunskaper om olika sätt att karaktärisera proteiner genom att identifiera,
kvantifiera, DeNovo-sekvensera och detektera olika typer av posttranslationell modifiering
(PTM) med mass spektrometri. Färdighet i att designa, välja och utföra provpreparation och
derivatisering och i att applicera MS och LC-MS/MS med databassökning för protein
identifiering.
D. Kursinnehåll
Kemisk och enzymatisk hydrolys av protein. Reduktion av provkomplexitet med olika typer
av prefraktionering. MALDI-MS med olika matriser. LC-MS/MS med olika kemiska
derivatiseringar för att förbättra sekvenstäckning och fragmentering. DeNovo-sekvensering.
Manuell och automatiserad protein identifiering genom databassökning. Analys av
fosforylering, glukosylering och andra posttranslationella modifieringar. Olika sätt att
kvantifiera protein. Mot slutet av kursen får studenterna karaktärisera ett okänt protein.
E. Undervisning och examination
Undervisningen utgörs av föreläsningar, laborationer och datorövningar med
inlämningsuppgifter.
Examination sker skriftligt och datorbaserat i form av tentamen vid kursens slut.
För studerande som ej godkänts vid ordinarie tentamen erbjuds ytterligare tentamenstillfälle i
nära anslutning härtill.
F. Betyg
Betygsgraderna på kursen är väl godkänd, godkänd och underkänd.
För godkänt betyg på hela kursen krävs godkänd tentamen och godkända inlämningsuppgifter
Slutbetyget avgörs genom en sammanvägning av resultaten på tentamen och
inlämningsuppgifterna (75%, 25%).
Student som önskar få det ordinarie betyget kompletterat med ECTS-betyg skall till kursens
huvudlärare lämna in en begäran härom vid kursstarten.
G. Förkunskapskrav
För tillträde till kursen krävs grundläggande behörighet och kursen BBI071.
H. Litteratur
Enligt fastställd litteraturlista, vilken skall finnas tillgänglig senast fem veckor före kursstart.
I. Övriga anvisningar
