DNA-sekvenserings
utskick 2013
Carola Andersson
KMP-lab
Sahlgrenska Universitetssjukhuset
Meningen med utskicket
• Längd läsbar sekvens
• Detektion av mutationer/variationer
• Namngivning med rätt nomenklatur
Carola Andersson, 141110
Kvalitets kontroll av:
2
Utskickat material
B
Prov
Forward
Reverse
Prov
Forward
Reverse
10µl
32pmol
32pmol
10µl
32pmol
32pmol
Carola Andersson, 141110
A
3
Efterfrågas
• Editerad raw data
• Rapportera variationer i kodande DNA sekvens enligt:
• c.76A>T och p.Lys25Ala
• Rapportera i tid
Carola Andersson, 141110
• Presentera längsta läsbar editerad sekvens
4
Del A - mutationsdetektion
• 251bp långt fragment
• Heterozygot substitution av 1 nukleotid:
• c.2525A>T
• p.D842V
Carola Andersson, 141110
• del av PDGFRA-genen (exon 18)
5
Carola Andersson, 141110
Del A - mutationsdetektion
6
Carola Andersson, 141110
Del A - mutationsdetektion
7
Poängsystem – Del A
1
Detekterad
i sekvens
Ja
Det. i sekvens
ger 1p
Rätt position
ger 1p
Variation beskriven som
kodande DNA
Protein
c.2525A>T
p.D842V
Rätt förändring
ger 1p
Rätt position
ger 1p
Poäng
1+2+2=5
Rätt aminosyror
(båda) ger 1p
Del A
Max 5p
Carola Andersson, 141110
Lab
8
Del A – max 5 poäng
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
Detekterad
i sekvens
Ja
Ja
Variation beskriven som
kodande DNA
Protein
c.2525A>T
p.Asp842Val
c.2525 A>T
p.D842V
Ja
Ja
Ja
Ja
c.2440-50_2440-49insA
c.2856A>T
c.2525A>T
c.2525T>A
c.2525A>T
Ja
Ja
Ja
c.2440-50_2440-49insA
c.2525A>T
c.2525A>T
c.2856A>T
Ja
Ja
c.2771-49_2771-50insA
c.2525A>T
c.2525A>T
Poäng
Kommentar
1+2+2=5
1+2+2=5
intron-bör därför inte rapporteras
p.D842V
p.D842V
p.Asp842Val
p.D842V
1+1+2=4
1+2+2=5
1+2+2=5
1+2+2=5
intron-bör därför inte rapporteras
p.D842V
p.D842V
p.D842V
1+2+2=5
1+2+2=5
1+1+2=4
intron-bör därför inte rapporteras
p.Asp842Val
p.D842V
Carola Andersson, 141110
Lab
1+2+2=5
1+2+2=5
9
Del B - Läslängd
• 468bp långt fragment
• Inga variationer
Carola Andersson, 141110
• del av RET -genen (exon 11)
10
Carola Andersson, 141110
Del B - Läslängd
11
Carola Andersson, 141110
Del B - Läslängd
12
Carola Andersson, 141110
Del B - Läslängd
13
Poängsystem – Del B
F-PRIMER
< 60%= 0p
60-80%=1p
80-100%= 2p
Del B
Max 2 p
Carola Andersson, 141110
R-PRIMER
14
Del B – max 2 poäng
Läslängd (bp)
%
Poäng
Kommentar
1
407
87
2
2
461
99
2
3
405
87
2
Mycket bakgrund i R, bara F
4
463
99
2
PCR-produkt renas för att kunna läsa R
5
416
89
2
Dålig R, bara F
6
394
84
2
Dålig R, bara F
7
320
68
1
Vill ha primer info för att kunna välja rätt PCR annealing temp
8
434
93
2
9
464
99
2
Bara använt R som stöd
10
424
91
2
Dålig R, bara F
11
440
94
2
Carola Andersson, 141110
Lab
15
Total bedömning
Poäng
Totalt
1
5+2
7
2
5+2
7
3
4+2
6
4
5+2
7
5
5+2
7
6
5+2
7
7
5+1
6
8
5+2
7
9
4+2
6
10
5+2
7
11
5+2
7
• 7-5p = Grönt -> Godkänt
• 4p= Orange -> Godkänt m förbehåll
• Två orange i rad t ex 2013/14 ->
Underkänt
• 0-3 = Rött -> Underkänt
(Även om missat grundkraven; svarsformulär,
datum, e-svar)
Carola Andersson, 141110
Lab
16
Total bedömning
Poäng
Totalt
1
5+2
7
2
5+2
7
3
4+2
6
4
5+2
7
5
5+2
7
6
5+2
7
7
5+1
6
8
5+2
7
9
4+2
6
10
5+2
7
11
5+2
7
• 7-5p = Grönt -> Godkänt
• 4p= Orange -> Godkänt m förbehåll
• Två orange i rad t ex 2013/14 ->
Underkänt
• 0-3 = Rött -> Underkänt
(Även om missat grundkraven; svarsformulär,
datum, e-svar)
Carola Andersson, 141110
Lab
17
Frågor?
