Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Gör vi rätt?

Nomenklatur för vanliga SNP-analyser
Gör vi rätt?
Camilla Valtonen-André
Tisdagen den 10 nov 2015
Nomenklatur för vanliga SNP-analyser
 Nomenklatur – vad är det?
 Vad är rätt nomenklatur? Guidelines
 Varför är det viktigt med standardiserad
nomenklatur?
 Exempel
2
Nomenklatur (DNA) – vad är det?
 Standardiserad benämning av våra fynd
 Så enkel som möjligt och otvetydig!
 Alla skall göra lika
 3 000 000 000 baspar
 Ca 25 000 gener
3
Nomenklatur genom hela kedjan!
ÖVERGRIPANDE KVALITETSPARAMETRAR
Ex. NPU-koder, gemensamma riktlinjer för nomenklatur, enhetliga enhetssystem osv
PREANALYS
ANALYS
POSTANALYS
ANALYS
SVAR
BESTÄLLARE OCH LAB
LAB
LAB
SVARSMOTTAGARE
Provtagningsanvisning
Externkontroller
Svar som följer internationella
guidelines
Uppfattar beställaren
svaret rätt?
Internkontroller
Svarslogistik
NPU-koder
Metodbeskrivning och övrig
kvalitetsdokumentation
Kompetensutveckling
Remissuppgifter (anamnes)
IT-system för kvalitativa svar och textsvar
Nomenklatur
Nomenklatur
Provhantering
Equalis kontrollprogram
Logistik och beställningsrutiner
Nomenklatur
NPU-kod
Spårbarhet
Nomenklatur
IT-system för kvalitativa svar
och textsvar
IT-system
GRANSKNING AV VERKSAMHETEN
Ex. Swedac, annan extern granskning
4
NPU-kod
Nomenklatur – vad vill vi beskriva?




Art
Vilken gen?
Vilken isoform?
Vilken referenssekvens?
 NP_000121.2 (protein)
 NM_000130.4 (coding DNA)
 NG_011806.1 (genomisk sekvens)





5
Vilken allel?
Var i genen?
Vilka basförändring ex A>G?
Vilken typ av förändring? Deletion? Insertion?
Heterozygot eller homozygot?
HGVS - Human Genome Variation Society
http://www.hgvs.org/
6
HGVS - Human Genome Variation Society
http://www.hgvs.org/
“Members of the Society have formulated
Guidelines & Recommendations on a number
of topics, but especiailly for nomenclature of
gene variations and guidelines on variation
databases”
7
Guidelines
 Innehåll, nomenklatur och dispositionen i
det genetiska svaret bör i görligaste mån
styras av rådande guidelines
 Tre exempel på nationella och
internationella guidelines



8
Best practice guidelines on reporting in molecular
genetic diagnostic laboratories in Switzerland 2003
(http://www.sgmg.ch/user_files/images/SGMG_Repo
rting_Guidelines.pdf).
OECD guidelines for quality assuarance in molecular
genetic testing 2007
(http://www.oecd.org/science/biotech/38839788.pdf)
Riktlinjer för kvalitetssäkring i klinisk genetisk
verksamhet, Svensk förening för klinisk genetik
2011-01-27
Nomenklatur – vad beskriver HGVS?
Beskriver
DNA
RNA
Protein
9
Nomenklatur (DNA) – hur vill HGVS ha det?
Mutationer i HBB-genen
NM_000518.4
1. Heterozygot-exempel 1 SNP
NM_000518:c.[1A>G];[=]
NP_000509.1:p.[Met1Val];[=]
2. Homozygot-exempel 1 SNP
NM_000518:c.[1A>G];[1A>G]
3. Heterozygot-exempel 2 SNP på samma allel
NM_000518:c.[1A>G;2T>C];[=]
4. Heterozygot-exempel 1 bp del
NM_000518:c.[1delA];[=]
5. Heterozygot-exempel 1 bp del 5 ´UTR
NM_000518:c.[-1delC;[=]
6. Heterozygot-exempel 1 SNP 3 ´UTR
NM_000518:c.[*1G>C];[=]
10
7. Heterozygot-exempel 1 SNP intron2
NM_000518:c.[316-1G>C];[=]
*
 Vilken gen?
 Vilken isoform?
 Vilken referenssekvens?
 NP_000509.1 (protein)
 NM_000518.4 (coding DNA)
 NG_000007.3 (genomisk sekvens)
 Vilken allel?
 Var i genen?
 Vilka basförändring ex A>G?
 Vilken typ av förändring?
 Deletion? Insertion?
 Heterozygot eller homozygot?
Exempel på behovet av standardisering – F5
Remissförfrågan!





APC-resistens?
Faktor-V-Leiden-mutationen?
DNA-FV?
Faktor V 1691G>A?
Arg506Gln?
c.1691G>A, finns inte i denna refseq, (A i exon 11)
Protein
Gen
Spårbarhet?
Referenssekvens HGVS
Faktor V
F5
c.1691G>A
p.Arg506Gln
Ej HGVS!
Oklart vilken refseq
denna numrering är
baserad på
HGVS
c.1601G>A
NM_000130.4
NM_000130.4:c.[1601G>A];[=]
g.41721G>A
NG_011806.1
NG_011806.1:g.[41721G>A];[=]
p.Arg534Gln
NP_000121.2
NP_000121.2:p.[Arg534Gln];[=]
11
??
Exempel på behovet av standardisering – F2
Remissförfrågan!
 Protrombingen-mutationen?
 DNA-FII?
 Faktor II c.20210G>A ?
c.20210G>A, finns inte i dessa refseq
 Två isoformer NM_000506.3 samt NM_001311257.1
Protein
Gen Spårbarhet? Referenssekvens
Faktor II
F2
12
HGVS
c.20210G>A
Ej HVGS!
Oklart vilken refseq denna
numrering är baserad på
??
HGVS
c.*97G>A
NM_000506.3
NM_000506.3:c.[*97G>A];[=]
g.25313G>A
NG_008953.1
NG_008953.1:g.[25313G>A];[=]
NP_000497.1
_
Isoform - varför är det viktigt?
 Samma gen kan tex ha olika långa exon i de olika isoformerna.
 Påverkar c-nomenklaturen
 Olika isoformer i olika organ
 Ex MODY1 (HNF4A-genen)
 Olika former i pancreas och lever
 Pancreas-formen viktigt vid dibetesdiagnostik
 Förskjuter aminosyranumreringen 22 nummer.
 Fel i rapportering
 Fel om man letar i litteratur och databaser
13
VAD SVARAR VI?
Väljer vi rätt nomenklatur?
Enkel anlagsbärare för APC-resistens
eller
NM_000130.4:c.[1601G>A];[=]
Alla lab gör nog ”lite fel”
 Vi känner inte till HGVS
 Pedagogiska skäl - klinikerna skall ”känna igen sig”
 IT-mässiga skäl - våra eller beställarens IT-system stödjer
inte nomenklaturen
14
Hur arbetar vi vidare?
Kontinuerligt kvalitetsarbete gällande
standardisering av nomenklatur!



15
Lokalt
Nationellt
Internationellt