Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Gör vi rätt? Camilla Valtonen-André Tisdagen den 10 nov 2015 Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Nomenklatur – vad är det? Vad är rätt nomenklatur? Guidelines Varför är det viktigt med standardiserad nomenklatur? Exempel 2 Nomenklatur (DNA) – vad är det? Standardiserad benämning av våra fynd Så enkel som möjligt och otvetydig! Alla skall göra lika 3 000 000 000 baspar Ca 25 000 gener 3 Nomenklatur genom hela kedjan! ÖVERGRIPANDE KVALITETSPARAMETRAR Ex. NPU-koder, gemensamma riktlinjer för nomenklatur, enhetliga enhetssystem osv PREANALYS ANALYS POSTANALYS ANALYS SVAR BESTÄLLARE OCH LAB LAB LAB SVARSMOTTAGARE Provtagningsanvisning Externkontroller Svar som följer internationella guidelines Uppfattar beställaren svaret rätt? Internkontroller Svarslogistik NPU-koder Metodbeskrivning och övrig kvalitetsdokumentation Kompetensutveckling Remissuppgifter (anamnes) IT-system för kvalitativa svar och textsvar Nomenklatur Nomenklatur Provhantering Equalis kontrollprogram Logistik och beställningsrutiner Nomenklatur NPU-kod Spårbarhet Nomenklatur IT-system för kvalitativa svar och textsvar IT-system GRANSKNING AV VERKSAMHETEN Ex. Swedac, annan extern granskning 4 NPU-kod Nomenklatur – vad vill vi beskriva? Art Vilken gen? Vilken isoform? Vilken referenssekvens? NP_000121.2 (protein) NM_000130.4 (coding DNA) NG_011806.1 (genomisk sekvens) 5 Vilken allel? Var i genen? Vilka basförändring ex A>G? Vilken typ av förändring? Deletion? Insertion? Heterozygot eller homozygot? HGVS - Human Genome Variation Society http://www.hgvs.org/ 6 HGVS - Human Genome Variation Society http://www.hgvs.org/ “Members of the Society have formulated Guidelines & Recommendations on a number of topics, but especiailly for nomenclature of gene variations and guidelines on variation databases” 7 Guidelines Innehåll, nomenklatur och dispositionen i det genetiska svaret bör i görligaste mån styras av rådande guidelines Tre exempel på nationella och internationella guidelines 8 Best practice guidelines on reporting in molecular genetic diagnostic laboratories in Switzerland 2003 (http://www.sgmg.ch/user_files/images/SGMG_Repo rting_Guidelines.pdf). OECD guidelines for quality assuarance in molecular genetic testing 2007 (http://www.oecd.org/science/biotech/38839788.pdf) Riktlinjer för kvalitetssäkring i klinisk genetisk verksamhet, Svensk förening för klinisk genetik 2011-01-27 Nomenklatur – vad beskriver HGVS? Beskriver DNA RNA Protein 9 Nomenklatur (DNA) – hur vill HGVS ha det? Mutationer i HBB-genen NM_000518.4 1. Heterozygot-exempel 1 SNP NM_000518:c.[1A>G];[=] NP_000509.1:p.[Met1Val];[=] 2. Homozygot-exempel 1 SNP NM_000518:c.[1A>G];[1A>G] 3. Heterozygot-exempel 2 SNP på samma allel NM_000518:c.[1A>G;2T>C];[=] 4. Heterozygot-exempel 1 bp del NM_000518:c.[1delA];[=] 5. Heterozygot-exempel 1 bp del 5 ´UTR NM_000518:c.[-1delC;[=] 6. Heterozygot-exempel 1 SNP 3 ´UTR NM_000518:c.[*1G>C];[=] 10 7. Heterozygot-exempel 1 SNP intron2 NM_000518:c.[316-1G>C];[=] * Vilken gen? Vilken isoform? Vilken referenssekvens? NP_000509.1 (protein) NM_000518.4 (coding DNA) NG_000007.3 (genomisk sekvens) Vilken allel? Var i genen? Vilka basförändring ex A>G? Vilken typ av förändring? Deletion? Insertion? Heterozygot eller homozygot? Exempel på behovet av standardisering – F5 Remissförfrågan! APC-resistens? Faktor-V-Leiden-mutationen? DNA-FV? Faktor V 1691G>A? Arg506Gln? c.1691G>A, finns inte i denna refseq, (A i exon 11) Protein Gen Spårbarhet? Referenssekvens HGVS Faktor V F5 c.1691G>A p.Arg506Gln Ej HGVS! Oklart vilken refseq denna numrering är baserad på HGVS c.1601G>A NM_000130.4 NM_000130.4:c.[1601G>A];[=] g.41721G>A NG_011806.1 NG_011806.1:g.[41721G>A];[=] p.Arg534Gln NP_000121.2 NP_000121.2:p.[Arg534Gln];[=] 11 ?? Exempel på behovet av standardisering – F2 Remissförfrågan! Protrombingen-mutationen? DNA-FII? Faktor II c.20210G>A ? c.20210G>A, finns inte i dessa refseq Två isoformer NM_000506.3 samt NM_001311257.1 Protein Gen Spårbarhet? Referenssekvens Faktor II F2 12 HGVS c.20210G>A Ej HVGS! Oklart vilken refseq denna numrering är baserad på ?? HGVS c.*97G>A NM_000506.3 NM_000506.3:c.[*97G>A];[=] g.25313G>A NG_008953.1 NG_008953.1:g.[25313G>A];[=] NP_000497.1 _ Isoform - varför är det viktigt? Samma gen kan tex ha olika långa exon i de olika isoformerna. Påverkar c-nomenklaturen Olika isoformer i olika organ Ex MODY1 (HNF4A-genen) Olika former i pancreas och lever Pancreas-formen viktigt vid dibetesdiagnostik Förskjuter aminosyranumreringen 22 nummer. Fel i rapportering Fel om man letar i litteratur och databaser 13 VAD SVARAR VI? Väljer vi rätt nomenklatur? Enkel anlagsbärare för APC-resistens eller NM_000130.4:c.[1601G>A];[=] Alla lab gör nog ”lite fel” Vi känner inte till HGVS Pedagogiska skäl - klinikerna skall ”känna igen sig” IT-mässiga skäl - våra eller beställarens IT-system stödjer inte nomenklaturen 14 Hur arbetar vi vidare? Kontinuerligt kvalitetsarbete gällande standardisering av nomenklatur! 15 Lokalt Nationellt Internationellt