Urvalsprovet 19.5.2015 Personbeteckning _________________-______ Helsingfors universitets Efternamn ________________________________________ utbildningsprogram för Förnamn _________________________________________ molekylära biovetenskaper Uppgift 1 Poäng ________/ 30 Uppgift 1. Genens struktur och funktion. ( 30 p) Ett viktigt mål inom molekylbiovetenskaplig forskning är förståelse för hur gener fungerar. Generna styr cellens funktion och störningar i genernas uppbyggnad eller funktion påverkar uppkomsten av flera sjukdomar. 1A. Generna är uppbyggda av DNA. Hur ser DNA:s struktur ut och på vilka egenskaper baserar sig DNA:s förmåga att lagra och överföra genetisk information? Beskriv DNA:s kemiska egenskaper och du kan också bifoga bilder till ditt svar. (10 p) Modellsvar: DNA är uppbyggt av grundenheter s.k. nukleotider, som består av deoxsyribos, fosfat och en (kväve-)bas. Baserna i DNA är guanin, tymin, cytosin och adenin. En DNA-sträng består av en kedja av nukleotider, där de kovalenta bindningarna (fosfodiesterbindningarna) mellan deoxyribos och fosfat bildar en kedjelik struktur (polymer) (detta kan vara som en bild). DNA består av två strängar och strängarna löper antiparallellt. DNA-strängarna länkas samman via baserna, så att adenin och tymin bildar ett par och guanin och cytosin bildar ett annat par. Baserna länkas samman genom icke-kovalenta vätebindningar. Dubbelsträngat DNA bildar en dubbelhelix. Den biologiska informationen i DNA återfinns i basernas ordningsföljd. DNA:s uppbyggnad som en dubbelhelix möjliggör DNA:s duplicering, vilket leder till att cellens genetiska information kan överföras till dottercellerna vid celldelning. Då DNA dupliceras syntetiseras vardera strängen genom att använda den motsatta strängen som mall. Poängsättning: 1 p: deoxyribos, fosfat och bas (a) 1 p: guanin, tymin, cytosin och adenin (b) 1 p: kovalenta bindningar mellan deoxyribos och fosfat bildar en kedja (c) 1p: DNA är dubbelsträngat (d) 1 p: DNA-strängarna är antiparallella (e) 1 p: basernas parning A+T och G+C (f) 1 p: basparen länkas samman via vätebindningar (g) 1 p: DNA är en dubbelhelix (h) 1 p: DNA:s uppbyggnad som en dubbelhelix möjliggör DNA:s duplicering (i) 1 p: vardera strängen syntetiseras genom att använda den motsatta strängen som mall (j) 1 p: annan relevant korrekt information (max. totala poäng ändå 10) (k) Uppgift 1. Sida 2. Namn______________________________ 1B. Hur är en typisk gen konstruerad och hur regleras genen? Hur skiljer sig en karakteristiskt uppbyggd gen i bakterier och eukaryota organismer, i fråga om genens uppbyggnad och reglering? Du kan bifoga bilder till ditt svar. (10 p) Modellsvar: Genen består av en reglerdel och ett område som kodar för RNA. Genens transkription till RNA sker med hjälp av RNA-polymeras. Då transkriptionen startar binds RNA-polymeraset framför det kodande området. Reglerdelen avgör hur ofta RNA-polymeraset transkriberar genen. Reglerdelar återfinns nära startområdet för RNA-syntesen (promotor) eller mer distalt från RNA-syntesens startområde (enhancer regioner). Genen regleras av regulatoriska proteiner som binds till DNA (bl.a. repressorn som är en transkriptionsfaktor). En del av generna transkriberas i alla förhållanden (basgener/essentiella/konstitutiva gener), andra gener transkriberas endast vid speciella förhållanden eller i specifika celltyper. Bakterier har specifika gengrupperingar, s.k. operoner, där flera gener är grupperade under samma reglerdel. Eukaryota organismers gener består av flera delar, exoner, som skiljs åt av icke-kodande introner. Efter RNAsyntesen klyvs intronerna bort och exonerna sätts ihop. Detta möjliggör alternativ gensplitsning, d.v.s. en gen kan producera flera olika proteiner. Bakteriers DNA och ribosomer finns fritt i cytosolen och proteinsyntesen kan därmed börja redan under transkriptionen. Hos eukaryota organismer sker budbärar-RNA:s transkription och splitsning i cellkärnan, varefter budbärar-RNA transporteras till cytosolen för proteinsyntes. Poängsättning: 1 p: Genen består av en reglerdel och en del som kodar för RNA (a) 1 p: Genen transkriberas till RNA m.h.a. RNA-polymeras (b) 1 p: Reglerdelen styr hur ofta RNA-polymeraset omskriver genen. (c) 1 p: Reglerdelar finns nära startområdet för RNA-syntes (promotor) eller mer distalt från startområdet för RNA-syntes (enhancerregioner). (d) 1 p: Genen regleras av regulatoriska proteiner som binds till DNA (e) 1 p: En del av generna omskrivs under alla förhållanden (essentiella gener/basgener), andra endast under speciella förhållanden eller i specifika celler. (f) 1 p: Bakterier har specifika gengrupperingar, s.k. operoner, där flera gener är grupperade under en och samma reglerdel. (g) 1 p: Eukaryota organismers gener består av flera delar, exoner. Mellan exonerna finns ickekodande introner (h) 1 p: Detta möjliggör alternativ splitsning, d.v.s. en gen kan producera flera olika proteiner. (i) 1 p: Hos bakterier befinner sig DNA och ribosomerna i cytosolen vilket möjliggör proteinsyntes samtidigt med transkriptionen. Eukaryoters transkription av budbärar-RNA och därpåföljande splitsning sker i cellkärnan, varefter budbärar-RNA transporteras till cytosolen för proteinsyntes. (j) 1 p: annan relevant korrekt information (max. totala poäng ändå 10) (k) Uppgift 1. Sida 3. Namn______________________________ 1 C. Vilka är de eventuella följderna för proteinet som produceras av genen, om det på det kodande området sker en/ett: i) punktmutation (en kvävebas utbyts mot en annan) ii) bortfall av två kvävebaser iii) bortfall av tre kvävebaser ( 10 p) Modellsvar: i) En punktmutation betyder att en kvävebas byts ut mot en annan. En punktmutation kan således vara en tyst mutation (förändrar inte aminosyran), den kan förändra en aminosyra till en annan eller den kan förändra en aminosyra till ett stoppkodon varvid det syntetiserade proteinet blir kortare än i normala fall. En tyst mutation förändrar inte proteinets funktion, en aminosyras förändring kan leda till att proteinets funktion förblir oförändrat eller så kan det förhindra proteinets normala funktion. Om det i den kodande regionen för proteinet bildas ett stoppkodon, förhindras proteinets normala funktion sannolikt. ii) Eftersom budbärar-RNA:s bassekvens läses som bastripletter, s.k. kodon, vid aminosyrasyntesen förändrar ett bortfall av två kvävebaser alltid läsramen. Som en följd av detta förändras aminosyrornas ordningsföljd fullständigt i sekvensen som följer efter mutationen. Detta leder sannolikt till uppkomsten av ett funktionellt odugligt protein eller till ett protein vars normala funktion är störd. iii) Om de bortfallande tre kvävebaserna bildar ett kodon, faller en aminosyra bort från proteinet. Ett bortfall av tre kvävebaser kan också påverka två kodon. Härvid bildas av de återstående kvävebaserna i de två kodonen ett nytt kodon. Detta nya kodon kan koda för en annan aminosyra än de ursprungliga kodonen eller också kan det nybildade kodonet vara ett stoppkodon, som leder till att det producerade proteinet blir kortare än normalt. Ett bortfall av en aminosyra eller ersättandet av två aminosyror med en ny kan förhindra proteinets normala aktivitet eller förändringarna kan sakna verkan. Ett tidigt stoppkodon förorsakar troligen en störning i proteinets normala funktion. Poängsättning: i) 1 p: tyst mutation (a) 1 p: omvandlar en aminosyra till en annan (b) 1 p: förvandlar en aminosyra till ett stoppkodon (c) ii) 1 p: förändrar läsramen (d) 1 p: förändrar aminosyrornas ordning i sekvensen som följer efter mutationen (e) iii) 1 p: en aminosyra försvinner (f) 1 p: två aminosyror bildar en ny aminosyraenhet (g) 1 p: två aminosyror bildar ett stoppkodon (h) Alla punkter tillsammans: 2 p: En förnuftig värdering över sannolikheten för att ett proteins funktion störs i de olika scenarierna, eller att en tyst mutation inte påverkar proteinets funktion, en tidig stoppkodon eller förändring av läsramen leder troligen till att proteinets normala funktion förhindras, en eller två aminosyrors ändring eller en aminosyras bortfall kan i vissa fall förhindra proteinets aktivitet, men dessa förändringar har inte alltid någon anmärkningsvärd effekt. (i)