BASÅRET KEMI B – BIOKEMI VT 2012 Introduktion till cellens och organismers metabolism 211-223 (sid. 178-191) Kemi B, Biokemi, VT 2012 VAD HÄNDER i EN CELL ? Metabolism - för att uppehålla liv Kemi B, Biokemi, VT 2012 Metabolism - ämnesomsättning i en cell pågår tusentals reaktioner - tillsammans ger dessa cellen förmåga att växa, föröka sig och att utföra sina uppgifter Alla dessa reaktioner tillsammans kallas cellens metabolism Fyra huvudsyften ? 1. skaffa energi 3. bygga cellspecifika molekyler 2. skaffa utgångsmaterial att tillverka cellbeståndsdelar 4. utföra annat arbete Kemi B, Biokemi, VT 2012 METABOLISM! “Föda”! Kolhydrater! Proteiner! Lipider! Ljus! CO2! LAGRING! glukos! amino-! syror! Glykogen! Energi! “byggstenar”! Arbete! Neutral-! lipider ! Stärkelse! Sucros! Biosyntes, mekaniskt ! arbete m.m! Kemi B, Biokemi, VT 2012 LIPIDER OCH BIOLOGISKA MEMBRANER 214-217 (sid. 181-186) Kemi B, Biokemi, VT 2012 Lipider - fettlösliga föreningar Fettsyraestrar (förtvålningsbara)! Neutral lipider! (triacylglyceroler)! Vaxer! Energilager! isolering m.m.! Icke fettsyraestrar ! (ej förtvålningsbara)! Fosfolipider Glykolipider! Kolesterol, östradiol mfl! Membrankomponenter! Membran, hormoner m.m.! Lipider är en viktig energi och kolkälla - men de ! utgör också en viktig beståndsdel i membraner! (och har diverse udda funktioner)! Kemi B, Biokemi, VT 2012 Neutral lipid Biologiskt förekommande fettsyror innehåller ofta ett jämnt antal kolatomer, från C12 till C24, vanligast är 16 eller 18 Glycerol + 3 fettsyror Glycerol Opolär molekyl Kemi B, Biokemi, VT 2012 Fosfolipid Fosfat har negativ laddning och alkoholen ofta positiv laddning eller är polär. polärt “huvud” Glycerol opolär “svans” Fettsyra alkohol eller kolin Fettsyra Fosfat Alkohol Glycerol förestrad med två fettsyror, en fosfatgrupp, som i sin tur binder en alkoholgrupp. Fosfatidat är den enklaste fosfoglyceriden och ett mellansteg för att göra andra fosfoglycerider. Kemi B, Biokemi, VT 2012 Fosfolipider har ett polärt huvud och en opolär svans Andra membranlipider med likartad uppbyggnad Hydrofoba “opolära“ svansar Polärt huvud Amfipatisk molekyl Arkéer kännetecknas ofta av att de trivs i extrema miljöer, såsom varma källor eller miljöer med höga halter av något ämne. Dock har man på senare tid hittat arkéer i alla sorters miljöer. Membranet hos arkéer är uppbyggda av eterlipider med förgrenade kolkedjor, som ger motståndskraft vid hydrolys och oxidation. Kemi B, Biokemi, VT 2012 Såväl mättade, som omättade fettsyror förekommer i växt- och djurceller överväger de omättade en eller flera dubbelbindningar som finns efter kolatom 9 de omättade fettsyrorna ingår i membraner mättad fettsyra omättad fettsyra Palmitat 16C, mättad fettsyra Oleat, omättad 18C fettsyra. En dubbelbindning gör en böj på fettsyran Kemi B, Biokemi, VT 2012 Membranrörligheten (fluiditeten) påverkas av A. Temperaturen Solid (fast) Fluid (flytande) B. Lipidsammansättningen Packning av fettsyror värme kyla Tm = den temperatur när membranet går från fast “solid” till flytande “fluid”, smälttemperaturen “melting temperatur”. Endast mättade fettsyror En blandning av mättade och omättade fettsyror Fosfolipider med långa fettsyror packas starkare än lipider med korta fettsyror. En dubbelbindning ger en böj på fettsyran och då kan lipiden inte packas lika effektivt. Kemi B, Biokemi, VT 2012 Fler omättade fettsyror ger större “fluiditet” hos lipiderna pga mindre tät packning “Moby Dick”, den vita valen Vad är “noskudden” till för, flytkropp ? ljudinsamlare-ljudriktare ? krockskydd ? Ett par tusen liter olja och fett, ca 90 % av huvudets vikt, ca 4 ton. En blandning av triacylglyceroler och vax, som ansågs vara den finaste “lampoljan” Lipider ändrar täthet när de fryser detta utnyttjar spermaceti-valen (kaskeloten) för att hålla sig kvar i djupet. 37°C - flytande, 31°C - kristaller bildas, lägre gradtal - fast form En seriös teori !!! Är att valen värmer eller kyler oljan i sitt spermacetiorgan aktivt för att ge sig själv ökad eller minskad flytkraft. Kemi B, Biokemi, VT 2012 Steroiden kolesterol membranlipid i eukaryota celler Kolesterol har en steroid (kärna), en kolvätekedja (svans) och en polär hydroxylgrupp. Hydrofob del, ungefär lika lång, som en fettsyra Orienteras parallellt med fosfolipider med den polära OH-gruppen intill fosfolipidernas polära huvud. I vissa nervceller utgör kolesterol ca 25%, men väldigt litet i intracellulära membraner. Kolesterol är utgångssubstans för syntes av steroidhormoner. Kemi B, Biokemi, VT 2012 Minskad syntes av prostaglandiner (hormoner) Sänkt feber och minskad smärta. smärta, feber Hämmas av tex. aspirin och ibuprofen. Blockerar den hydrofoba kanalen i prostaglandin H2 syntas-1 NSAIDs = nonsteroidal anti inflammatory drugs Kemi B, Biokemi, VT 2012 Vitaminbrist leder till bristsjukdomar Föreningar, som vår kropp inte kan producera i tillräcklig mängd eller inte alls - måste fås med födan. Vitamin D Brist på vitamin D kan orsaka engelska sjukan “rickets”, förändringar i skelettet, väldigt vanlig i 1600-talets England. Denna förening “calcitriol” reglerar kalcium upptaget. “fiskleverolja” Kemi B, Biokemi, VT 2012 Två sätt för lipider att skydda sig mot vatten Fosfolipider bildar dubbelt lipidlager Fettsyror bildar miceller “hydrofoba effekten” Kemi B, Biokemi, VT 2012 Lipidkompositionen varierar mellan plasma membranet och olika organeller Kemi B, Biokemi, VT 2012 Även mellan det yttre och det inre lipidlagret finns det olikheter Typ av fosfolipid varierar Utsidan av cellen Yttre och inre lager Insidan av cellen, cytoplasman Kemi B, Biokemi, VT 2012 Membranet är en barriär, medans proteinerna i membranet står för membranets funktion Membranproteiner Perifera; vattenlösliga bundna med elektrostatisk bindning eller vätebindning till integrala 30 Å proteiner, kan frigöras genom tex ändring i pH eller jonstyrka (tillsätta salt). Integrala; vattenOlösliga, löses ut med detergent eller en organisk lösning. Integrala membranproteiner spänner oftast över hela membranet. a, b, c = integrala membranproteiner d, e = perifera membranproteiner En del perifera membranproteiner binder till fosfolipider, ej så vanligt (visas ej) Kemi B, Biokemi, VT 2012 Integrala membranproteiner Den del av proteinet, som befinner sig i membranet består övervägande av aminosyror med hydrofoba R-grupper. Undantag: om proteinet bildar en kanal. α-helixar och β-struktur I membrandelen bildar polypeptidkedjan antingen α-helixar eller β-struktiur, för att få maximalt med vätebindningar mellan peptidbindningarna. Kemi B, Biokemi, VT 2012 KOLHYDRATER (polysackarider) 211-213 (sid. 178-180) Kemi B, Biokemi, VT 2012 Kolhydraternas viktigaste funktioner i cellen Polyhydroxy aldehyder och ketoner. viktig energi - energibärare och energilager kolkälla - för syntes av biomolekyler men också del i cellväggar, som stöd- och strukturelement Minsta monosackariderna. cellulosa Kemi B, Biokemi, VT 2012 Vanliga monosackarider Ringsluten D-Ribos Glukos är den vanligaste monosackariden i biologiska system eftersom den transporterar energi α-D-glukos (druvsocker) Ringsluten 2-Deoxy-D-Ribos Andra viktiga monosackarider är pentoserna, eftersom ribos ingår i RNA och deoxyribos i DNA Kemi B, Biokemi, VT 2012 Flera monosackarider kan kopplas samman genom en glykosid-bindning. + 2 st Glukos Maltose Kemi B, Biokemi, VT 2012 Vanliga disackarider Laktos (galaktos+glukos) (mjölksocker) Sukros, sackaros (glukos+fruktos) (strösocker) Trehalos (glukos+glukos) (insekter) Kemi B, Biokemi, VT 2012 Polysackarider är långa kedjor, som är sammankopplade på olika sätt De kan bestå av bara samma monosackarid eller olika monosackarider. De kan ha olika längd, olika typ av bindning och grad av förgrening. Kemi B, Biokemi, VT 2012 De tre vanligaste polysackariderna är 1. Stärkelse 2. Glykogen 3. Cellulosa Alla tre är polymerer av glukos, men skiljer sig med avseende på 1. Antalet glykosmolekyler 2. Kedjans uppbyggnad 3. Bindningen mellan glykosmolekylerna Kemi B, Biokemi, VT 2012 Stärkelse - lagringsform Stärkelse består av två typer av glukos-polymerer. Amylopektin: 10 000 – 100 000 glukos molekyler förgrenad efter ca 20 –25 glukos, innehåller både α1 4 och α1 6 bindingar. Amylos: ca: 1000 glukos molekyler en ogrenad kedja, innehåller endast α1 4 bindingar. Kemi B, Biokemi, VT 2012 Stärkelse - finns i växtceller A Kloroplast A) Schematisk bild B) Elektronmikroskop Stärkelse korn 3-10µm B Stärkelse lagras i kloroplasterna. Kemi B, Biokemi, VT 2012 Cellulosa - finns i växtcellväggen Vanligaste polysackariden Kemi B, Biokemi, VT 2012 Cellulosa En vattenolöslig fiber, som finns speciellt i stam, stjälkar och i de träiga delarna. Näst vanligaste polysackariden är troligast kitin, som är en del i ryggradslösa djurs skal. β-Glukos Kemi B, Biokemi, VT 2012 Precis som stärkelse är cellulosa långa polymerer av glukos, ca 10 000 st Det som skiljer cellulosa från stärkelse är att glukoset i cellulosa har en β-struktur och i stärkelse en α-struktur. α-Glukos β-Glukos cellulosa β-konformationen hos glukos molekylerna i cellulosa, ger cellulosa en annorlunda 3D struktur och också andra fysiska egenskaper än stärkelse och glykogen. stärkelse Kemi B, Biokemi, VT 2012 Glykogen - finns i djurceller Glykogen består bara av amylopektin dvs glukosmolekyler, som sätts samman av glykosid α1 4 och α1 6 bindingar. Glykogen är en mer förgrenad molekyl än stärkelse (en förgrening var 8-12 glk molekyl jmf med stärkelse, som har en förgrening var 24-30 glk molekyl). Den är också mer kompakt. glykogen granules i en rödblodkropp Riklig i leverceller och i skelettmuskler. Både stärkelse och glykogen är energilager, medan cellulosa är stödelement. Stärkelse och glykogen spjälkas av α-amylas (saliv och tarm) och cellulosa av cellulas (utsöndras av bakterier i kons mage). Dextran är polysackarider från bakterier och jäst. Kemi B, Biokemi, VT 2012 Grenade oligosackarider av “ovanliga” monosackarider kan ha många viktiga signalfunktioner Ex. blodgrupp A, B och 0 Kemi B, Biokemi, VT 2012 PENICILLIN OCH ANTIBIOTIKA RESISTENS (in World War II) β-lactam ring R gruppen varierar Normalt fungerande penicillin Icke fungerande penicillin blockeras av penicillin Bakteriens cellvägg består bla av peptidoglykan (sockermolekyler ihopkopplade med peptidkedjor) en blandning av L- och D-aminosyror Antibiotika resistens Kemi B, Biokemi, VT 2012 ORGANISMERS METABOLISM 218-223 (sid. 187-191) Metabolismen katabolism anabolism - oxidation av kolatomer - reduktion av kolatomer - exergona processer - frigör energi - endergona processer - kräver energi energi Kemi B, Biokemi, VT 2012 Reaktioner kan kopplas om de har en gemensam intermediär G = Gibbs fria energi Spontan process om ΔG är negativ Summan av reaktionerna är negativ. Hela processen är exergon. A! B+C ∆G0 +21 kJ/mol! B! D # ∆G0 -34 kJ/mol! A! C+D # ∆G0 -13 kJ/mol! Kemi B, Biokemi, VT 2012 ATP – CELLENS VIKTIGASTE ENERGIFORM Gemensam intermediär för energigivande och energikrävande processer Adenosintrifosfat (ATP) Kemi B, Biokemi, VT 2012 Hydrolys av ATP När fosfat-bindingen i ATP hydrolyseras frigörs energi, som cellen kan utnyttja - donera en fosfatgrupp - ATP (adenosintrifosfat) +! H! ADP (adenosindifosfat) - Pi (fosfat) frigörs 30 kJ/mol Kemi B, Biokemi, VT 2012 Cellen använder energin från hydrolysen av ATP för att driva energikrävande reaktioner Reaktionen #A B# kräver 20 kJ/mol! I cellen kan denna rx katalyseras av ett enzym, som också katalyserar hydrolys av ATP (frigörs 30 kJ/mol).! Reaktionen ATP ADP + Pi frigör 30 kJ/mol! Kemi B, Biokemi, VT 2012 ATP som “energibärare” ATP + glukos ADP + glukos-6-fosfat Fosfat (Pi) är gemensam intermediär. ATP ADP + fosfat glukos + fosfat glukos-6-fosfat ATP “ger” energi genom att donera sin fosfatgrupp. GLÖM EJ !!!! Varje kemisk reaktion i en cell behöver enzymer - lägre aktiveringsenergi. Kemi B, Biokemi, VT 2012 Cellen använder energin från reaktioner, som frigör energi, för att syntetisera ATP, som kräver energi Reaktionen Reaktionen #C ADP + Pi D ATP #frigör 40 kJ/mol! kräver 30 kJ/mol! Givetvis kan då reaktioner, som frigör energi kopplas till syntes av ATP! Kemi B, Biokemi, VT 2012 VAR BILDAS ATP ? I djurceller produceras ATP i mitokondrier medan i växtceller sker den mesta ATP syntesen mha ljusenergi i kloroplasterna. kloroplast mitokondrie Mitokondrier kallas oftast cellens “kraftstationer” Det finns ca: 1000 mitokondrier i en muskel cell och 100 kloroplaster i en lövcell. Kemi B, Biokemi, VT 2012 Oxidation och reduktion De kataboliska processerna innebär att kolatomer oxideras. glukos 6 CO2 Många av de anaboliska processerna innebär att kolatomer reduceras. 6 CO2 glukos Föreningarna NAD, NADP och sk flaviner fungerar, som elektronbärare. De kan fungera som oxidationsmedel i katabolismen och som reduktionsmedel i anabolismen. Kemi B, Biokemi, VT 2012 NAD, NADP, FMN OCH FAD – cellens oxidations och reduktionsmedel Reducerad form Oxiderad form Redoxreaktionen för den aktiva delen i NAD+ och NADP+ kofaktorer koenzym niacin R NAD+ Redox-reaktionen för den aktiva delen i FMN och FAD NADH prostetisk grupp 2e2H+ riboflavin R FMN FMNH2 Kemi B, Biokemi, VT 2012 kolhydrater! KATABOLISM! glukos! lipider! proteiner! Fettsyror! glycerol! aminosyror! steg 2! acetyl-CoA! citron! syra ! cykeln! 8 e -! ATP! steg 1! steg 3! 2 CO2! O2! andningskedjan! H2O! Kemi B, Biokemi, VT 2012 ANABOLISM - biosyntes! kolhydrater! glukos! lipider! proteiner! Fettsyror! glycerol! aminosyror! pyruvat! acetyl-CoA! citron! syra ! cykeln! 8 e -! ATP! CO2! O2! andningskedjan! H2O! Kemi B, Biokemi, VT 2012 TACK FÖR I DAG! Kemi B, Biokemi, VT 2012