Året som gått inom Bakteriologi
Martin Sundqvist
Överläkare, MD
Laboratoriemedicinska länskliniken
Mikrobiologi
Universitetssjukhuset
Örebro
Vårmötet, Östersund, 2015
Disclosures
• Föreläsningar för
– Abbott Diagnostics (Sweden)
– Astra Zeneca (Sweden)
• Forskningsprojekt tillsammans med
– BD, Qlinea, Luminex, Biofire/BioMerieux, Bruker
Daltonics
GENOMIK
”Helgenom”
• Metagenomik
– Karakterisering av bakterieflorans fördelning med
massiv parallellsekvensering av 16srRNA-DNA
• Helgenomsekvensering
– Sekvensering av en hel organisms DNA
– Med eller utan mobila genetiska element
• NGS (Next generation sequencing)
– Enkelt sagt metoden bakom som gör det möjligt att
utföra de två ovanstående
Metagenomik
• Utveckling av bioinformatiken
– Nya mjukvaror för analys av sekvenser (Albanese
Scientific Reports 2015, Park Genome Research 2015, Uchiyama PLoS One
2015, Silva Peer J 2014)
– Beskrivning av teknisk variation (Schirmer Nucleic Acid
Research 2015)
• Metoden för val av bibliotekspreparationen och val av primrar
orsakar störst variation
• Man kan via lämpliga mjukvaror överbrygga dessa skillnader till
mycket stor del
Metagenomik
• Studier för att beskriva utveckling av
bakterieflora
– över tid (Bäckhed Cell Host
Microbe 2015,
Voigt Genome Biology 2015)
Bäckhed Cell Host Microbe 2015
Metagenomik
• Studier för att beskriva utveckling av bakterieflora
– över tid (Bäckhed Cell Host Microbe 2015, Voigt Genome Biology 2015)
– Under antibiotika behandling
• Nitrofurantoin, mycket liten effekt på tarmflora (Vervoort JAC
2015)
• Minskar diversiteten (Holler Biol Bone Marrow Transpl 2014)
– I relation till sjukdom
• Låg diversitet associerad med GVH (Holler Biol Bone Marrow Transpl
2014)
Helgenomsekvensering (WGS)
• Standardisering
– Överbrygga skillnaderna mellan olika tekniska
plattformar (Kaas PLoS One 2014)
• Överföra ”gammal” typning till WGS
– Spa-typning, S.aureus (Damkjaer Bartels JCM 2014)
– MLVA, C.difficile (Eyre JCM 2013)
– Serotypning (O:H) E.coli (Joensen JCM 2015)
• Utbrottsdiagnostik och övervakning
– K.pneumoniae (Chung EMBO Mol Med 2015)
– EHEC, Tyskland (Dallman CID 2015)
(Dallman CID 2015)
Matrix Assisted Laser Desorption Ionization- Time of Flight
MALDI-TOF
MALDI och typning
• Artbestämning
– Bättre diskriminering av E.coli och Shigella spp.
med en separat databas (94.4% korrekt)
(Paauw Int J Med Microb 2015)
• Typning
– C.difficile (HMW-typning) (Rizzardi PloS One 2015)
– HiB vs NTHI (Månsson JCM 2015)
MALDI och resistens
• Carbapenemasdetektion
– Tillägg av Bikarbonat ökar chansen till detektion av
OXA-48 (Studentova Folia Microbiol 2015)
• Känslighetsbestämning
– Med inkorporering av ”tunga” aminosyror
(Jung EJCMID 2014)
– Kvantitativ MALDI-TOF (Lange JCM 2014)
(Lange JCM 2014)
ANTIBIOTIKARESISTENS
Karbapenemaser, karbapenemaser,
karbapenemaser….
• Epidemiologi
– Nya utbrott, fler fall, nya mekanismer, Förekomst av flera olika
Karbapenemas-gener samtidigt.
• Detektion
– Förbättrad detektion med MALDI
– Carba NP-test: Problem med OXA 48 och några till
– Diskdiffusion (med rätt algoritm känsligt www.eucast.org)
• Kombinationsbehandling som inkluderar en karbapenem
blir allt mer etablerat
– Associerat med högre överlevnad om KPC och MIC ≤ 8
(Tumbarello JAC 2015)
Kontroverser inom fenotypisk
resistensbestämning
• Amoxi/clav och Piperacillin/tazobactam vid ESBLproduktion (Maurer JCM 2014)
• Hur ska man testa effekten av clavulansyra?
(Diez-Aguilar JAC 2015)
– Fixed concentration (EUCAST)
• Karbapenemer (inocolum effect) (Adler AAC 2015)
MOLEKYLÄRBIOLOGISK
DIAGNOSTIK
Paneler, paneler, paneler…
• Gastroenterit
– Är paneler viktiga?
• 20.2% av negativa var positiva med bredare panel varav
60% skulle fått vårdhygienisk konsekvens.
• 20.2% av de med negativt resultat hade man kunnat
släppa isoleringen på (Rand Diagn. Microbiol. Infect. Dis 2015)
– Är de kostnadsbesparande?
• 8 månader (800 sjukhusvårdade patienter). Trots
kostnad på ca 22000£ kostnadsbesparing på ca 67000£.
(Goldenberg J.Infect 2005)
Paneler, paneler, paneler…
• Respiratoriska agens
– Inhouse-panel för nedre luftvägsprover med god
kvantiterbarhet och likvärdig känslighet med
odling. Vinst snabbhet. (Gadsby CMI 2015)
• Meningit
– Multiplex panel känsligare än odling vid neonatal
meningit (Wang BMC Pediatr 2014)
Paneler, paneler, paneler…
• Viktigt med fler studier avseende betydelsen
av
– Multipla fynd
– Ovanliga fynd
– Hur kommer olika targets att amplifieras vid
förekomst av olika patogener
– Vilken detektionsnivå är kliniskt relevant
Mina egna kommentarer
Prediktivitet
• S.pneumoniae hos CF-patienter 1978-2013,
Canada
– 15 av 318 vuxna hittades ha transient positivitet
någon gång
– Många serotyper
– Ingen effekt på kliniken!
(Thornton BMC Pulm Med 2015)
Automation/visualisering
• Tredimensionell struktur av mikrokolonier
mängd i kolonin hur tidigt kan man plocka den
till MALDI? (Drazek JMM 2015)
• Anaeroba bakterier kan växa aerobt med hjälp av
antioxidanter och även resistensbestämmas
(Dione Int J Antimicrob Agents 2015)
• Elektronisk näsa eNose kunde urskilja negativa
urinprover med 95% sens och 97% spec.
(Roine PLoS ONE 2014)
Om 10 (5) år?
• Metabolomiska undersökningar rutin för diagnostik
(Nacaache Genome research 2015) och prediktion av sjukdom
• Helgenomsekvensering standard för all genotypning
med väl anpassade pipeline för olika bakterier
• Full automation av delar av odlingsdiagnostiken
• Nya snabba Resistensbestämningsmetoder
Tack!
