Vår arvsmassa finns lagrad på kromosomer
Concepts: Genome and chromosomes
•
•
•
3300 Mbp DNA
~25 000 gener
n=23
•
•
•
130 Mbp DNA
~15 000 gener
n=4
Arvsmassa är en lång kod
Concepts: DNA code, double helix and position
2L:10 450 231
X
X
2L
2L
2R 3L
2R 3L
3R
3R
4
4
Kromosomernas funktioner
I.
Organisera arvsmassan
II. Bibehålla all genetisk information vid
celldelning
III. Ge förutsättningar för att nya
kombinationer uppkommer
Kromosomen innehåller våra gener
Concepts: genes and transcription
2L:210400..210800 + elm
Olika expressionsprogram ger
olika celltyper
Epigenetik = cellminne
Concepts: Epigenetics, cellular memory
Proteiner binder till DNA och ”packar DNA”
Nucleosome
Packning av DNA beror på olika modifieringar
Histone acetylation
HAT
Histone deacetylation
HDAC
Histone methylation
HMT
Histone demethylation
HDM
Hur hänger allt ihop?
Concept: Genome-wide studies
ChIP-seq – Binding profiles for histone marks or
chromatin associated proteins genome wide
Chromatin immunoprecipitation I
?
Chromatin immunoprecipitation II,
Crosslink and sonicate
Chromatin immunoprecipitation III,
Precipitation
ChIP-on-chip
Purify DNA
Purify INPUT
DNA
SEQUENCE
SEQUENCE
Analys av resultaten
Concept: mapping ”reads”
Visualisering av resultat
Bindningsprofiler
CG32000
Johansson et al. (2007) PLoS Genet
Medelbindningsprofiler
Genome-wide expression and
chromatin structure data
