Charting a Course

MIKROBIOLOGI
BAKTERIER & ANTIBIOTIKA
CAROLINE RÖNNBERG
ST-LÄKARE
KLINISK MIKROBIOLOGI
DISPOSITION
Mikrobiologisk provtagning
och diagnostik
Genomgång av antibiotika
Genomgång av vanliga
bakterier
THE PHYLOGENETIC TREE OF LIFE
MIKROBIOLOGISK PROVTAGNING
Blododling
 Tas alltid vid feber innan insättning av antibiotika
 Viktigt att sprita innan provtagning
 Volym: 30-40 ml i varje flaska
 Både från central och perifer infart
 Ange provtagningsställe och tidpunkt
 Bättre utbyte vid begynnande frossa
 Upprepa odling vid fortsatt feber efter 72 tim
MIKROBIOLOGISK PROVTAGNING
 Urin
 Sputum
 Svalg
 Nasofarynx
 Sår
 IV-infarter
 CVK
 Faeces
 Intraoperativa biopsier
 Likvor
KLASSIFIKATION AV BAKTERIER
Grampositiva
Gramnegativa
Kocker
Kocker
Stavar
Stavar
Anaeroba
Atypiska
MIKROBIOLOGISK DIAGNOSTIK BLODODLING
Provtagning
Inkubation
Utodling
• Perifert
• Centralt
• Aerobt
• Anaerobt
• Artbestämning
• Resistensbestämning
GRAMFÄRGNING
För att skilja G+ från G- bakterier
 Fixering av bakterien på glasplatta
 Infärgning med gentiana
 Sköljning med jod
 Sköljning med vatten och därefter alkohol
 Sköljning med motfärgningsvätska, till exempel
safranin
MIKROSKOPERING
 Grampositiva kocker i långa kedjor – streptokocker
Ex. Streptococcus pyogenes (GAS)
Streptococcus agalactiae (GBS)
Alfastreptokocker
MIKROSKOPERING
 Grampositiva kocker i diplo – pneumokocker
Streptococcus pneumoniae
MIKROSKOPERING
 Grampositiva kocker i korta kedjor – enterokocker
Ex. Enterococcus faecalis
Enterococcus faecium
MIKROSKOPERING
 Grampositiva kocker i hopar – stafylokocker
Ex. Staphylococcus aureus
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus saprophyticus
MIKROSKOPERING
 Gramnegativa kocker
Ex. Neisseria meningitidis (meningokocker)
Neisseria gonorrhea (gonokocker)
Moraxella catharralis
MIKROSKOPERING
 Gramnegativa stavar (enterobacteriaceae)
Ex. Escherichia coli
Klebsiella pneumoniae
Enterobacter aerogenes
MIKROSKOPERING
 Gramnegativa stavar (icke-fermentativa)
Ex. Haemophilus influenzae
Pseudomonas aeruginosa
Brucella suis
MIKROSKOPERING
 Grampositiva stavar
Ex. Bacillus anthracis
Listeria monocytogenes
Clostridium difficile
ARTIDENTIFIERING
 Phenotypiska metoder – Biokemi
 Genotypiska metoder – PCR
 Proteomik – MALDI-TOF
RESISTENSBESTÄMNING
Disk diffusion - SIR
Etest - MIC
 S = Känslig Infektionen kan förväntas
svara på behandling med detta
antibiotikum vid dosering
rekommenderad för denna typ av
infektion. Bakterien har inga påvisade
resistensmekanismer mot medlet.
SIR
Klassificering av
bakteriernas
känslighet för
antibiotika
 I = Intermediär Behandlingseffekten
med detta medel är osäker. Bakterien
har förvärvat låggradig resistens mot
medlet eller har naturligt lägre
känslighet för medlet. Bakterien kan
förväntas svara på behandling med
doser som är högre än normaldosering.
 R = Resistent Behandlingseffekt med
detta medel är osannolik. Bakterien har
förvärvat betydelsefulla
resistensmekanismer eller är naturligt
resistent mot medlet.
MIC
Minimum
Inhibitory
Concentration
(mg/L)
 Etest är en plastremsa som har en
antibiotikagradient, med låg
koncentration av läkemedlet i ena
änden, och hög koncentration i den
andra änden. Denna remsa läggs på en
agarplatta som inokulerats med en
bakteriesuspension. Efter inkubering
kan MIC-värdet avläsas där
bakterietillväxten har hämmats av
aktuellt antibiotikum.
 MIC-bestämning med gradienttest är en
kvantitativ metod, ett komplement till
resistensbestämning med lappdiffusion
och har i de flesta fall god
överensstämmelse med
buljongspädning.
FARMKOKINETISKA/FARMAKODYNAMISKA INDEX:
CMAX/MIC, AUC/MIC SAMT T > MIC
GRUNDPRINCIPEN VID
ANTIMIKROBIELL TERAPI
EMPIRISK BEHANDLING
BREDSPEKTRUM ANTIBIOTIKA
MIKROBIOLOGISKT
VERIFIERAD
INFEKTION
DEFINITIV
BEHANDLING
SMALSPEKTRUM ANTIBIOTIKA
VERKNINGSMEKANISMER FÖR ANTIBIOTIKA
• Betalaktamer
• Glykopeptider
• Trimetoprim
• Sulfonamid
• Rifampicin
• Aminoglykosider
• Tetracykliner
• Makrolider
• Linkosamider
• Kloramfenikol
Hämmare av
cellväggssyntes
Proteinsynteshämmare
Nukleinsyrasynteshämmare
Hämmare av
DNA replikation
• Kinoloner
• Metronidazol
Hämmare av
cellväggssyntes
Penicilliner
BETALAKTAMER
Cefalosporiner
PENICILLINASKÄNSLIGA
PERORALA
PENICILLINASSTABILA
PARENTERALA
Karbapenemer
Monobaktam
PENICILLINASKÄNSLIGA
PENICILLINER
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Fenoksymetyl PC (Kåvepenin) po
Bensyl PC iv
Streptokocker och pneumokocker,
meningokocker, gonokocker,
Propionibacterium, Clostridium
perfringens, Clostridium tetani,
Actinomyces, Borrelia, Leptospira
interrogans, Treponema pallidum.
Ampicillin (Doktacillin) iv
Amoxicillin (Amimox) po
Pneumokocker, streptokocker,
enterokocker, Listeria monocytogenes,
meningokocker, Haemophilus influenzae,
Proteus mirabilis, Helicobacter pylori
Pivmecillinam (Selexid) po
Citrobacter spp. Enterobacter spp.
Escherichia coli, Klebsiella spp.
Proteus mirabilis, Staphylococcus
saprophyticus*
PENICILLINASSTABILA
PENICILLINER
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Amoxicillin/Klavulansyra (Spektramox) po Som Amoxicillin plus Moraxella
catharralis, betalaktamasbildande H.
influenzae och meticillinkänsliga S .aureus
Isoxazolyl PC
Flucloxacillin (Heracillin) po
Kloxacillin (Ekvacillin) iv
Staphylococcus aureus och
koagulasnegativa stafylokocker inklusive
betalaktamasproducerande stammar,
Streptokocker och pneumokocker
Piperacillin/Tazobactam (Tazocin) iv
Effekt mot flertalet grampositiva och
gramnegativa bakterier inklusive
Pseudomonas dock ej ESBL*, MRSA,
Mycoplasma, Chlamydophila, Legionella
PERORALA CEFALOSPORINER
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Cefadroxil (Cefamox) I
Streptokocker och pneumokocker
Staphylococcus aureus och
koagulasnegativa stafylokocker inklusive
betalaktamasproducerande stammar.
Staphylococcus saprophyticus
Ceftibuten (Cedax) III
Betahemolytiska streptokocker grupp A, C
och G, Moraxella catarrhalis,
Haemophilus influenzae inkl
betalaktamasproducerande stammar,
E coli, Klebsiella, Proteus, Enterobacter,
Citrobacter
PARENTERALA CEFALOSPORINER
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Cefuroxim (Zinacef) II
Sämre täckning av G- än III
Streptokocker, pneumokocker
Staphylococcus aureus och
koagulasnegativa stafylokocker inklusive
betalaktamasproducerande stammar
Staphylococcus saprophyticus
Clostridium perfringens
Gonokocker och meningokocker
Haemophilus influenzae
Moraxella catarrhalis
E coli, Proteus, Enterobacter, Klebsiella,
Citrobacter och Morganella
Salmonella och Shigella
Cefotaxim (Claforan) III
Har i stor utsträckning ersatt Cefuroxim.
Ceftriaxon (Rocephalin) III
Lång halveringstid möjliggör dosering en
gång per dygn.
Ceftazidim (Fortum) III
God effekt mot Pseudomonas aeruginosa.
Nedsatt effekt mot S. aureus.
KARBAPENEMER
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Imipenem + Cilastatin (Tienam) iv
Bredspektrumantibiotika med effekt mot
gramnegativa och grampositiva bakterier
samt anaerober. Pseudomonas,
Stenotrophomonas maltophilia, ESBL,
Enterococcus faecalis, ej E. faecium.
Meropenem (Meronem) iv
Som imipenem frånsett att det har dålig
effekt mot enterokocker. Bredare
gramnegativt spektrum än imipenem.
Ertapenem (Invanz) iv
Lång halveringstid möjliggör dosering 1
gång/dygn
Smalare gramnegativt spektrum än
imipenem och meropenem, ingen
effekt mot Pseudomonas aeruginosa,
enterokocker eller Acinetobacterspp .
MONOBAKTAM
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Aztreonam (Azactam) iv
Gonokocker
Moraxella catarrhalis inklusive
betalaktamasproducerande stammar
Haemophilus influenzae inklusive
betalaktamasproducerande stammar
Citrobacter, E coli, Enterobacter,
Klebsiella, Morganella morganii, Proteus,
Providencia, Serratia
Aeromonas
BETALACTAM PITFALLS IN THE PROCESS OF
CAUSING BACTERIA TO PERISH – THE SIX P:S
Penetration – poor intracellular human cells
Porins – Gramnegatives outer cell membrane
Pumps – efflux from periplasmic space
Penicillinases – betalactamases degrade betalactams
PBPs – low affinity
Peptidoglycan - absent
Hämmare av
cellväggssyntes
GLYKOPEPTIDER
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Vankomycin
(Vancomycin) iv
(Vankocin) po
Grampositiva. Enterococcus faecalis och
faecium, Staphylococcus aureus inklusive
MRSA, koagulasnegativa stafylokocker,
Streptococcus spp., Streptococcus
pneumoniae, Clostridium spp.
Teikoplanin (Targocid) iv
Stafylokocker, streptokocker,
pneumokocker, mikrokocker och
enterokocker, Corynebakterier,
Propionibacterium acnes
Proteinsynteshämmare
AMINOGLYKOSIDER
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Gentamicin (Gensumycin) iv
Staphylococcus aureus och
koagulasnegativa
stafylokocker, Haemophilus influenzae,
E. coli, Klebsiella, Enterobacter, Serratia,
Citrobacter,
Proteus, Acinetobacter, Pseudomonas, S
almonella och Shigella
Tobramycin
(Nebcina) iv
(Tobrex) ögondr
Amikacin (Biklin) iv
Proteinsynteshämmare
TETRACYKLINER
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Tetracyklin (Tetracyklin) po
Doxycyklin (Doxyferm) po, iv
Betahemolytiska streptokocker grupp A, C
och G. Pneumokocker. Staphylococcus
aureus. Moraxella catarrhalis.
Haemophilus influenzae. Pasteurella
multocida. Fransicella tularensis och
Brucella. Borrelia burgdorferi.
Mycoplasma pneumoniae. Ureaplasma
urealyticum. Chlamydia trachomatis,
psittaci och pneumoniae. Rickettsia,
Coxiella burnetii
Glycylcyklin
Tigecyklin (Tygacil) iv
Brett grampositivt och gramnegativt
spektrum, oftast även mot ESBLCARBAVRE och MRSA. Ej pseudomonas.
Proteinsynteshämmare
MAKROLIDER
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Erytromycin
(Ery-Max) po
(Abboticin) iv
Streptokocker och pneumokocker,
Staphylococcus aureus och
koagulasnegativa stafylokocker,
Arcanobacterium
haemolyticum,Corynebacterium
diphteriae, Moraxella catarrhalis,
Bordetella pertussis, campylobacter,
Chlamydia trachomatis, pneumoniae och
psittaci, Mykoplasma pneumoniae,
Ureaplasma urealyticum, Clostridium
perfringens. (Haemophilus influenzae)
Azitromycin
(Azithromycin, Azitromax) po, iv
(Azyter) ögondr
Proteinsynteshämmare
LINKOSAMIDER
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Klindamycin
(Clindamycin, Dalacin) po, iv, vag, kutan
Effekt på grampositiva aeroba och
anaeroba bakterier och gramnegativa
anaeroba bakterier inklusive
streptokocker, stafylokocker och
bacteroides.
Obs! Risk för clostridieorsakad
diarré både under och efter avslutad
behandling.
Upp till 10 % resistens hos streptokocker
och stafylokocker.
Proteinsynteshämmare
KLORAMFENIKOL
PREPARAT
SPEKTRUM
Chloromycetin (ögonsalva)
Verksamt mot de flesta grampositiva och
gramnegativa bakterier
Kloramfenikol (ögondr)
Avregistrerat för systemiskt bruk i Sverige
Nukleinsyrasynteshämmare
FOLSYREANTAGONISTER &
RNA-SYNTESHÄMMARE
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Folsyreantagonister
Trimetoprim (Idotrim) po
Sulfonamid
Trimetoprim/Sulfametoxazol
(Bactrim, Eusaprim) po, iv
Effekt på både grampositiva och
gramnegativa bakterier inklusive
streptokocker, pneumokocker (båda dessa
upp till 10 % resistens), upp till 25 %
resistens mot gramnegativa
tarmbakterier. Även verksamt mot
Pneumocystis jirovecii.
RNA-synteshämmare
Rifampicin (Rimactan) po
Medel mot mykobakterier
Inducerar Cyt P-450
Används även för att bryta biofilm vid
protesinfektioner
Hämmare av
DNA
replikation
KINOLONER
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Ciprofloxacin
Effekt mot gramnegativa aeroba bakterier
Även mykobakterier
Levofloxacin
Gramnegativa infektioner samt atypisk
pneumoni, legionella
Moxifloxacin
Mer grampositivt spektrum,
pneumokocker med nedsatt känslighet för
penicillin, legionella och mykoplasma.
Hämmare av
DNA
replikation
METRONIDAZOL
ANTIBIOTIKA
SPEKTRUM
Imidazolderivat
Metronidazol
(Metronidazol) po, iv
(Flagyl) po, iv, vag
(Rosazol, Rozex) kräm, gel
Anaeroba bakterier inklusive Clostridium
difficile.
Protozoer såsom Giardia lamblia och
Entamoeba histolytica.
ÖVRIGA ANTIBAKTERIELLA MEDEL
 Fucidinsyra
Proteisynteshämmare
 Nitrofurantoin
Urinvägsantisepticum
 Linezolid
Proteinsynteshämmare
 Fosfomycin
Hämmare av cellväggssyntes, licenspreparat
 Colistin
Destruktion av cellmembran via bindning till LPS
GRAMPOSITIVA BAKTERIER
Kocker & Stavar
 Staphylococcus aureus
 Koagulasnegativa stafylokocker
 Streptococcus pneumoniae
 Streptococcus pyogenes
 Streptococcus agalactiae
 Enterokocker
 Listeria monocytogenes
 Bacillus anthracis
Grampositiva
kocker
STAPHYLOCOCCUS AUREUS
 Normalhabitat: Hud, slemhinnor, nasofarynx
 Virulensfaktorer: Strukturella komponenter/Toxiner/Enzymer
 Typ av infektioner: Hudinfektioner, sepsis, endokardit, septisk artrit,
pneumoni, SSSS, TSS, matförgiftning
 OBS! MRSA
Grampositiva
kocker
KOAGULASNEGATIVA STAFYLOKOCKER
 Staphylococcus epidermidis
 Staphylococcus lugdunensis
 Staphylococcus saprophyticus
Grampositiva
kocker
STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
 Normalhabitat: hals, nasofarynx
 Virulensfaktorer: polysackaridkapsel, kolonisering – migrering, vävnadsdestruktion
 Typ av infektioner: Pneumoni, sinusit, otit, sepsis, meningit
 OBS! Ökande penicillinresistens
Grampositiva
kocker
STREPTOCOCCUS PYOGENES (GAS)
 Normalhabitat: Orofarynx, hud
 Virulensfaktorer: hyaluronsyrekapsel, M protein, toxiner
 Typ av infektioner: tonsillit, nekrotiserande fasciit, TSS, scharlakansfeber,
impetigo, erysipelas, cellulit, sepsis
 OBS! Snabb progress och hög dödlighet vid nekrotiserande fasciit
Grampositiva
kocker
STREPTOCOCCUS AGALACTIAE (GBS)
 Normalhabitat: urogenitaltrakt
 Virulensfaktorer: polysackaridkapsel
 Typ av infektioner: sepsis, meningit (ffa hos nyfödda)
 OBS! Bärarskap under graviditet
Grampositiva
kocker
ENTEROKOCKER
 Normalhabitat: tarm, urogenitaltrakt
 Virulensfaktorer: ytproteiner, sekretionsproteiner
 Typ av infektioner: sepsis, endokardit, (KAD)-UVI
 OBS! Inneboende & förvärvad resistens  VRE
Grampositiva
stavar
LISTERIA MONOCYTOGENES
 Normalhabitat: djurspillning, jord
 Virulensfaktorer: fakultativt intracellulär, stress-respons gener, toxin
 Typ av infektioner: meningit, sepsis, gastroenterit
 OBS! nyfödda, gravida, äldre
Grampositiva
stavar
BACILLUS ANTHRACIS
 Normalhabitat: växtätare (djurhud, ull, jord)
 Virulensfaktorer: kapsel, edema toxin, lethal toxin, sporulering
 Typ av infektioner: inokulering, intag, inhalation (100% dödligt obeh)
 OBS! bioterrorism
GRAMNEGATIVA BAKTERIER
Kocker & Stavar
 Enterobacteriaceae
Ex. Escherichia coli & Klebsiella spp.
 Pseudomonas
 Neisseria
 Andra gramnegativer
Gramnegativa
stavar
ENTEROBACTERIACEAE
 Normalhabitat: tarm, jord, vatten, vegetation
 Virulensfaktorer: fakultativa anaerober, snabbväxande, flagell, kapsel, LPS antigen,
antigen variation, typ III sekretion, sekvestrering av tillväxtfaktorer, plasmidöverföring
 Typ av infektioner: UVI, sepsis, gastroenterit, pneumoni, meningit
 OBS! ESBL
 Exempel:
Escherichia coli
Salmonella spp.
Klebsiella oxytoca
Shigella spp.
Proteus mirabilis
Enterobacter spp.
Gramnegativa
stavar
PSEUDOMONAS AERUGINOSA
 Normalhabitat: jord, vegetation, vatten (duschar, desinf, respiratorer)
 Virulensfaktorer: kapsel, adhesion, exotoxiner, enzymer, resistens
 Typ av infektioner: pneumoni, (brännskadad) hud, UVI, otit,
hornhinneinfektion, sepsis
 OBS! resistensutveckling
Gramnegativa
kocker
NEISSERIA SPP.
 N. meningitidis
 Kan kolonisera nasopharynx
 Orsakar meningit, septikemi, pneumoni
 OBS! Potential för epidemier
 N. gonorrhoeae
 Genitalt bärarskap förekommer
 Orsakar gonorre (genital, rektal, faryngeal), konjunktivit hos nyfödda
 OBS! Resistensutveckling
Gramnegativa
stavar
ANDRA GRAMNEGATIVA STAVAR
(NI BÖR KÄNNA TILL)
 Campylobacter jejuni – gastroenterit (zoonos)
 Helicobacter pylori – magsår, adenocarcinom (koloniserar magsäcken)
 Vibrio cholerae – gastroenterit (vattenburna kolerautbrott)
 Haemophilus influenza – sinusit, otit, epiglottit, pneumoni, meningit
 Bordetella pertussis – kikhosta (smittar mellan individer)
 Acinetobacter – resistent omgivningsbakterie (IVA-pat, ventilatorbeh)
Anaeroba
bakterier
CLOSTRIDIER – GRAMPOSITIVA STAVAR
 Clostridium perfringens – gas gangrän (finns i tarm & jord)
 Clostridium tetani – tetanus (finns i jord, ibland tarm)
 Clostridium botulinum – botulism (matburen, spädbarn, sår, inhalation)
 Clostridium difficile – antibiotika-associerad diarre (finns hos vissa i tarm)
Anaeroba
bakterier
ANAEROBA GRAMNEGATIVA STAVAR
 Bacteroides fragilis gr.
Intraabdominella infektioner
Gynekologiska infektioner
Hudinfektioner
Septikemi
 Prevotella spp.
Ffa gynekologiska infektioner
Kronisk ÖLI
Tandinfektioner
(SOM KAN VARA BRA ATT KÄNNA TILL)
Atypiska
bakterier
 Chlamydia/Chlamydophila – klamydia, TWAR, ornitos (papegojsjuka)
 Mycoplasma – pneumoni, genitouretrala inf
 Legionella – legionärssjuka & Pontiac feber, finns i vattendrag/ledningar
 Rickettsia – tyfus/spotted fever, vectorburen zoonos
 Francisella tularensis – tularemi (harpest), vektorburen zoonos
OBS! Klass 3 organism
 Brucella spp. – brucellos (undulatfeber), zoonos förknippad med ost
OBS! Klass 3 organism
BAKTERIER I EN KLASS FÖR SIG SJÄLV
 Spirocheter
Treponema pallidum - syfilis
Borrelia burgdorferi - borrelia
Leptospira - leptospiros
 Mycobakterier
Mycobacterium tuberculosis - tuberkulos
Mycobacterium leprae - lepra
Mycobacterium avium complex
TACK
[email protected]