Biokemi KT 5 hp
2010
1
Biokemi 5 hp, 2010
Målbeskrivning
Efter kursen skall den studerande kunna
beskriva prokaryota och eukaryota cellers organisation
identifiera olika klasser av biomolekyler och redogöra för grundläggande samband mellan
deras struktur och funktion
beskriva principerna för enzymers katalytiska förmåga samt experimentellt analysera
grundläggande enzymkinetik
beskriva biologiska membraners strukturella uppbyggnad samt redogöra för deras roll i
signalöverföring och transport
redogöra i allmänna termer för hur energi omsätts i levande system
redogöra för de vanligaste metoderna för rening och analys av proteiner, samt planera och
utföra en proteinrening där de vanligaste metoderna utnyttjas
planera och utföra laboratoriearbete på ett korrekt och säkert sätt samt utföra enklare riskoch säkerhetsbedömningar
dokumentera laborativt arbete i laborationsjournal samt muntligt/skriftligt redogöra för
laborationens resultat
förklara den kemiska/biokemiska bakgrunden till vardagliga biologiska fenomen samt
beskriva hur kursinnehållet har betydelse för människan, miljön och samhället
Kursen omfattar följande områden:
Struktur och funktion hos biomolekyler:
kemisk uppbyggnad och molekylär organisation av biologiska system: aminosyror, nukleotider,
enkla sockerarter och lipider
proteiner, polysackarider och nukleinsyror
membranuppbyggnad, organeller
Enzymer:
kemiska reaktioner i biologiska system
enzymkinetik och enzymmekanismer
coenzymer
Metabolism och bioenergetik:
bioenergetik (ATP, Gibbs fria energi, kopplade reaktioner)
Experimentell metodik:
analytiska och preparativa separationstekniker
enzymkinetik under steady state
Litteratur
Lehninger – Principles of Biochemistry, 5:e upplagan, Nelson & Cox, 2008, WH Freeman
2
.
Undervisningen
Undervisningen sker i form av föreläsningar, övningar och laborationer.
Föreläsningarna ger en översiktlig presentation av ett ämne. Kursboken skall sedan användas för
att befästa, komplettera och fördjupa de kunskaper som inhämtats på föreläsningarna.
Laborationerna illustrerar viktiga praktiska eller teoretiska moment samt ger en introduktion till
biokemisk metodik. Varje student måste läsa in labhandledningen före laborationen. Deltagande är
obligatoriskt liksom inlämnande av labrapporter. Alla laborationer äger rum i kurslabbet i A9, plan
1. Frånvaro anmäls till kursassistent Lilian Forsberg (471 44 38).
Lektionsövningarnaövningarna är till för att bearbeta kunskaper och för att ge tillfälle till interaktiv
färdighetsträning av lösandet av biokemiska frågeställningar. De är frivilliga, men ett aktivt
deltagande i diskussionerna ger "bonuspoäng" (se nedan).
Examination
Tentamen (skriftlig) omfattar samtliga laborations- och teorimoment, dvs föreläsningar och
motsvarande avsnitt i kursboken, dessutom de delar av teorin som tränats i samband med
laborationer och övningar.
Grunderna i proteinstruktur har stor betydelse för senare moment av kursen och examineras tidigt
med en separat dugga. För godkänt på duggan krävs 70%. Tillfällen för omdugga kommer att ges
efter överenskommelse.
Betygsättning
a) Laborationer: Fr.o.m. ht07 betygssätt laborationsdelen på kurser. Det innebär att större vikt läggs
vid de laborativa momenten vid sammanvägningen av slutbetyget. Moment som bedöms är:
hur väl förberedd man är inför labbtillfällena
dokumentation av laborerandet (labjournal)
genomförande (arbeta säkert, samarbeta, tidspassning etc.)
rapportering (labbrapporter i tid enl. schema)
Om alla bedömningskriterier för labkursen klaras får studenten 5 % tillgodo på sluttentan.
b) Sluttentamen: Skriftlig tentamen där 50 % av poängen ger godkänt.
c) Övningar: Studenter som deltar aktivt (!) vid alla övningstillfällen får 5 % tillgodo på sluttentan.
d) Dugga: Godkänt resultat krävs, men den ger ingen ytterligare påverkan på slutbetyget.
d) Sammanvägning av betyget: På kursen ges betygen U, 3, 4 och 5. Betygsgränserna är 50, 70 och
85 % på det sammavägda betyget. För betyget 3 (godkänt) krävs minst 50 % poäng på sluttentamen.
För betygsgränserna 70 % (4) och 85 % (5) vägs övriga moment in, maximalt 5+5=10 %. (Således
ger ett sammanvägt betyg med 60 % på slutentamen och samtliga övriga moment uppfyllda
60+10=70 % vilket motsvarar betyget 4.)
3
Kursansvarig
Gunnar Johansson (GJ), B7:412b; tel. 471 4477, [email protected]
Övriga lärare
Initialer
SS
EL
OM
Namn
Sofia Svahn Gustafsson
Emilia Larsson
Olof Modén
e-post
[email protected]
[email protected]
[email protected]
4
Litteraturlista Biokemi KT5 hp VT2010
Lärobok: Lehninger: Principles in Biochemistry, 5th ed
Teorimoment
5:e upplagan
Kap. 1, 2
Översikt av biokemi:
Celler, organeller, vatten som lösningsmedel, krafter mellan
molekyler,
Bioenergetik:
kemisk potential, högeneriföreningar, reversibilitet, emf,
pmf
Kap. 13
Proteiner: aminosyrornas egenskaper
Kap. 3.1, 3.2
Proteiner: strukturnivåer
Kap 4: sid 113-125 (Fibrous
Proteins... kursivt), 129-131, 135136, 138-147.
Proteiner: rening, analys och strukturbestämning
Kap. 3.3, (sid 94-98, Box 4-5
kursivt)
Intro till molekylär-genetik
Sid. 945-946
Funktionellagrupper, transition state-teorin
Kap. 6.2
Kolhydrater: struktur, nomenklatur, egenskaper och
funktion
Kap. 7.1-7.3 (Box 7-1, sid 249-251,
7.4 kursivt)
Nukleinsyror: struktur, egenskaper, roller som
informationsbärare
Kap. 8.1-8.2, 8.4 (8.3 kursivt), s
1069
Enzymer: Katalytiska mekanismer (kymotrypsin, LDH)
Kap. 6: sid 205-209, Kap. 14: Fig.
14-4, sid. 534
Enzymer: cofaktorer
Kap. 6.1, sid. 297, 517-520
Enzymer: Kinetik, Michaelis Mentens ekvation, steady
state kcat, KM och kcat/KM
Kap. 6.3: sid. 194-199 (200-201)
kursivt)
Enzyminhibition
Kap. 6.3: sid. 201-204
Lipider: Egenskaper, klasser, membranlipider, kolesterol
Kap. 10.1-10.2
Biologiska membraner: arkitektur, egenskaper
Kap. 11.1-11.2
Biologiska membraner: Diffusion, riktade transportsystem Kap. 11.3: sid 389-399 (400-412
kursivt)
Enzymer: Reglering av aktivitet, allosteri, kovalent
modifiering, reglering på gennivå
Kap. 6.5
Signaltransduktion: introduktion
Kap. 12.1
Kemiska reaktioner i cellen, översikt av
ämnesomsättningen
Sid. 485-488
5
6
Laborationer:
Storleksseparation och laddningsbaserad separation med kromatografi
Separation med elektrofores
Kinetiska studier av ett enzym
7
