Metodutveckling av DNAextraktion och kvantifiering av Chlamydia trachomatis med kvantitativ PCR Fredrik Jönsson Vårterminen 2014 Examensarbete, 15 hp Biomedicinska analytikerprogrammet, 180 hp 1 Institutionen för Klinisk mikrobiologi Biomedicinsk laboratorievetenskap Biomedicinska analytikerprogrammet Examensarbete, 15 hp Kursansvarig lärare: Ylva Hedberg Fransson [email protected] Examensarbetets engelska titel: Method Development of DNA Extraction and Quantification of Chlamydia trachomatis with Quantitative PCR Handledare: Åsa Gylfe, Institutionen för klinisk mikrobiologi Läraropponent: Mari Norgren Examinator: Ylva Hedberg Fransson Datum för godkännande: 2014 – 06 – 17 2 Abstrakt Chlamydia trachomatis orsakar den vanligaste sexuellt överförda sjukdomen i Sverige och är den viktigaste infektiösa orsaken till blindhet i utvecklingsländer. N-acylerade sulfonamider är sulfaliknande substanser med antiklamydiell effekt men med okänd verkningsmekanism. Mutanter av C. trachomatis resistenta mot N-acylerade sulfonamider har tidigare selekterats fram genom odling vid subinhibitoriska nivåer av kandidatsubstansen och isolerats genom plaque assay. Syftet med arbetet var att etablera en metod för DNA-extraktion och kvantifiering av C. trachomatis med kvantitativ PCR riktad mot omcB för att karaktärisera de resistenta isolatens tillväxtförmåga. DNA extraherades med 1-Step DNA Isolation Kit for Bacteria och som standardkurva användes C. trachomatis DNA tillsatt till icke-infekterade cellodlingar som extraherades på samma sätt. Kvantifiering med realtids-PCR kunde påvisa signifikanta skillnader i tillväxt mellan de resistenta isolaten och vildtypen vid högre koncentrationer av kandidatsubstansen samt även mellan vissa av de resistenta isolaten. Konklusionen var att den utprövade metoden kunde användas för kvantifiering, men att den höga biologiska variationen kan vara problematisk vid analys av skillnader i tillväxt mellan isolaten. Nyckelord DNA-extraktion, kvantitativ PCR, Chlamydia trachomatis, läkemedelsutveckling, antibiotika 3