Välkommen till kursen Multivariat dataanalys och
försöksplanering !
31 augusti – 15 oktober 2009
Denna kurs ges inom Bioinformatikprogrammet, men baserar sig till stor del på en
motsvarande kurs för Kemiteknik-programmet (Kemometri II). Begreppet ”kemometri”
står för tillämpning av matematiska och statistiska generella metoder för att generera
och behandla kemiska mätdata, och detta begrepp har behållits i kursmaterialet.
Utgångspunkten är förstås att metoderna kan tillämpas även för biologiskt inriktade
problemställningar där informationen utgörs av mätdata (som många gånger är av
analytisk-kemisk natur). De flesta exemplen på tillämpningar som ges under kursen
är av allmän kemisk natur, men förhoppningsvis kan ni själva dra paralleller till mer
specifikt biologiska tillämpningar!
I kursmaterialet förekommer också referenser till en kursbok som används inom
Kemiteknikprogrammet (Miller&Miller: Statistics and Chemometrics for Analytical
Chemistry). Dessa referenser har behållits även om boken inte är att betrakta som
kurslitteratur, den behandlar på ett lättfattligt tillämpningar av statistiska metoder
(konfidensintervall, t-tester, ANOVA m m) och ger en introduktion till multivariat
dataanalys och försöksplanering.
Kurslitteratur:
Kurspärm med kopior av föreläsningsmaterialet samt övningsmaterial
Låneböcker under kursen:
”Multivariate Data Analysis – in practice”
Till boken hör en CD med en begränsad version av programmet ”Unscrambler” som kan
användas för de medföljande dataseten. Utvalda avsnitt och övningar går ni igenom på
egen hand med gemensam uppföljning och redovisning.
"Anvendelse av kjemometri innen forskning og industri"
Låneboken ger en orientering om kemometrin och dess användning, samt en läsövning i
danska och norska! Botanisera, men alla bör läsa följande avsnitt:
1.1 Historik och filosofi (Svante Wold)
1.2 Fra data til informasjon (Olav Kvalheim)
1.4 Försöksplanering och optimering för experimentalisten (Bernt Thelin m fl)
1.6 Det matematiske grunnlaget for latent variabelmetoder (Björn Grung)
1.8 Prinsipal komponent analyse (Tomas Isaksson og Tormod Naes)
1.10 Multivariabel kalibrering (Harald Martens m fl)
Lektioner (22 tim), formellt ej obligatoriska, men tänk på att kursinformation och
kompletterande kursmaterial kan lämnas ut vid dessa tillfällen!
Övningar (4 st heldagar, obligatoriska; demonstration och tillämpning av olika
beräkningsmetoder med hjälp av datorer. Individuell redovisning i form av en
”labreflektion”; ungefär ”vad gick den här laborationen ut på?”. C:a 3-4 sidor, gärna
med illustrerande material från laborationen (tabell, figur) men ingen detaljerad
resultatredovisning! Meningen är att ni skall tänka igenom vad ni gjort under
övningen och ge en beskrivning som kan förstås även av någon som inte utfört
laborationen.
Miniprojekt (obligatoriskt) som kan genomföras individuellt eller i grupp; analys av
egna data eller litteraturdata med redovisning.
Examination: Inlämnade individuella ”labreflektioner” och inlämningsuppgifter (kan
alltså betraktas som hemtenta!), redovisning av miniprojektet samt en kort skrivning
(”krysstenta”). Resultaten för dessa moment graderas och vägs samman till ett
slutbetyg.
Kursansvarig lärare: Rolf Danielsson, Analytisk kemi, Kemiska institutionen.
Mailadress: [email protected], tel 018-4713678 (arb), 018-355903 (hem)
Prel schema med lektionsplanering enl. kompendierna
Mån 31/8 10.15-12
Tis 1/9 10.15-12
Ons 2/9 10.15-12
Tor 3/9
9.15-17
Fre 4/9
9.15-17
D1:419
C8:317
D1:419
D1:411
D1:411
Lektion 1-2
Lektion 3-4
Lektion 5-6
Dataövning 1A
Dataövning 1B
Komp A1-A4
Komp A5-A6 OBS lokal!
Komp A7
(ANOVA, MLR)
(ANOVA, MLR)
Mån 7/9
Tis 8/9
Ons 9/9
Tor 10/9
D1:415
D1:415
D1:419
D5:401
Lektion 7-8
Lektion 9-10
Dataövning 2A
Dataövning 2B
Komp B8-B9.1
Komp B9.2
(Försöksplanering)
(Försöksplanering)
10.15-12
10.15-12
9.15-17
9.15-17
OBS lokal!
-------------------------
( Inlämningsuppgifter 1-6, labreflektioner )
Mån
Tis
Ons
Tor
Fre
21/9 10.15-12
22/9 10.15-12
23/9 8.15-10
24/9 9.15-17
25/9 9.15-17
D1:415
D1:415
D1:415
D1:415
B8:001
Lektion 11-12
Lektion 13-14
Lektion 15-16
Dataövning 3A
Dataövning 3B
Komp C3-C3.1.3
Komp C3.1.4-C3.3
Komp C.NIPALS, CAMO:1-22
(PCA, PLS)
(PCA, PLS)
Mån
Tis
Ons
Tor
28/9 10.15-12
29/9 10.15-12
30/9 9.15-17
1/10 9.15-17
D1:415
D1:415
D1:415
D5:401
Lektion 17-18
Lektion 19-20
Dataövning 4A
Dataövning 4B
CAMO:23-47
CAMO:48-70
(Tillämpningar)
(Tillämpningar)
Mån 5/10 13.15-10
C2:305 Lektion 21-22
Genomgång av miniprojekten
---------------------------
( Miniprojekt, inlämningsuppgift 7, labreflektioner )
Tor 15/10 8.15-12
D1:419 Avslutning, redovisning, m.m.
