SLUs strategiska satsning på agrikulturell funktionell genomik (AgriFunGen)
Johan Meijer
Institutionen för Växtbiologi, Sveriges Lantbruksuniversitet
750 07 Uppsala
018 673325
[email protected]
Vad är funktionell genomik?
Funktionell genomik avser att lista ut funktionen hos arvsanlagen i en organism och är ett oerhört dynamiskt
och snabbt växande kunskapsområde. De möjligheter som öppnas inom biologi, biomedicin och bioteknologi
har lett till att 2000-talet redan kommit att omtalas som "biologins århundrande". För de agrara näringarna
kommer funktionell genomik att få mycket stor betydelse, genom bättre möjligheter att påverka t.ex.
sjukdomsresistens, tillväxtförhållanden, produktkvalitet och produktkvantitet, för ett hållbart jordbruk. Alla
livsprocesser är resultatet av ett sinnrikt samspel mellan arvsanlag (gener) och deras produkter, främst
proteiner. Informationsinnehållet i en gen är lagrad i arvsmassan (DNA), som i sin tur är uppbyggd av ett
fåtal byggstenar. Byggstenarnas ordningsföljd avgör vilka proteiner som bildas från generna. Under det
senaste decenniet har man bestämt ordningsföljden hos hela arvsmassan för ett antal organismer. Bland dessa
finns enklare organismer som jäst och bakterier, men även mer komplext uppbyggda varelser som nematod,
bananfluga och människa. Hos växter har man bestämt arvsmassan hos backtrav (Arabidopsis thaliana) och
ris (Oryza sativa). Hos husdjur pågår omfattande analys av arvsmassan från bl.a. gris och kyckling.
Informationen finns i databaser tillgängliga för forskare över hela världen. Nästa steg är att med storskaliga
metoder analysera funktionen hos de många nya gener som upptäckts. Detta framväxande vetenskapsområde
innefattar studier på DNA/RNA-nivå (funktionell genomik), proteinnivå (proteomik) och
ämnesomsättningprodukter (metabolomik).
Funktionell genomik vid SLU
Vid SLU finns flera forskningsprojekt med direkt anknytning till funktionell genomik. Exempel är studier
som syftar till att identifiera gener; som orsakar resistens mot skadegörare hos växter, reglerar blombildning,
styr kvalitet av stärkelse eller växtoljor, skyddar växter mot kyla eller för hög ljusintensitet. Forskare vid
SLU har också spelat en framträdande roll inom kartläggningen av arvsmassan hos gris, vilket lett till att
gener som styr tillväxt, hudfärg och utveckling av muskel- och fettvävnad kunnat identifieras. En liknande
forskningsinsats görs nu för kycklingar. Studier av bakteriers genuttryck i syfte att utveckla nya strategier för
bekämpning av patogener och för att optimera valet av nyttiga bakteriestammar till produkter inom "Functional Food", probiotika och djurhälsa utgör ytterligare exempel där den funktionella genomiken har stor
betydelse. Denna forskning är viktiga beståndsdelar i flera av SLUs ansvarsområden. SLUs goda
utgångsposition inom funktionell genomik har lett till att forskare vid SLU nu deltar i den stora satsning på
funktionell genomik som Wallenbergstiftelsen finansierar via WCN programmet. Medel från stiftelsen
används för att bygga upp en avancerad maskinpark som används gemensamt av SLU och Uppsala
Universitet. Förutsättningarna för att SLU framgångsrikt skall bidra till kunskapsutvecklingen inom detta
viktiga område är därför mycket goda. En strategisk satsning på funktionell genomik inom SLU är i detta
läge ett mycket välkommet och passande svar på omvärldens förväntningar på vårt universitet.
AgriFunGen - programmet för agrikulturell funktionell genomik vid SLU
SLUs satsning inom området funktionell genomik (Agrikulturell Funktionell Genomik eller AgriFunGen) är
en integrerad satsning som omfattar alla verksamhetsgrenar: forskarutbildning, forskning, information och
grundutbildning. Satsningen omfattar 48 miljoner kronor under åren 2001-2005 vid JLT- och V-fakulteten.
Programmet består av tre huvudaktiviteter: forskarskola, tjänster för yngre disputerade forskare, samt
teknikplattformar som gemensamt resurscentrum. Forskarskolan omfattar 13 forskarstuderande och en
studierektor som organiserar programverksamhet. Doktoranderna är knutna till handledare vid olika
institutioner, inom forskningsprojekt som har anknytning till funktionell genomik. Tjänster för yngre
forskare består i fem forskarassistenter och tre postdocpositioner där SLU kan rekrytera yngre disputerade
forskare och etablera nya forskningsområden. Dessutom finns tre teknikplattformar som ett gemensamt
resurscentrum med en avancerad maskinpark och personal som sköter instrumenten och vidareutvecklar
metodik. För mer information och kontaktpersoner se AgriFunGens hemsida (http://www.agrifungen.slu.se).
181
