Provtagningsanvisningar Norovirus (Calicivirus)

Provtagningsanvisningar
Norovirus (Calicivirus)
Dokumentnummer: PA4040-R1
Utgiven av: Cecilia Leitet
Godkänd av: Annika Wistedt
Datum: 2012-11-29
Sidan 1 av 5
Avgränsning/Bakgrund
Calicivirus är en vanlig orsak till infektiös gastroenterit både hos
barn och vuxna, särskilt under vintersäsongen. Calicivirus
indelas i norovirus och sapovirus vilka är icke-höljeförsedda,
enkelsträngade RNA-virus som inte kan odlas och är relativt
resistenta mot upphettning och desinfektionsmedel. Norovirus
svarar för majoriteten av gastroenterit i vårdmiljö och på senare
år främst genotyp GII.4.
Norovirusdiagnostik med antigentest kan användas för
konfirmering vid misstänkta utbrott av norovirusorsakad viral
gastroenterit hos 2-3 individer med typiska symptom (hastigt
isättande kräkningar och/eller diarréer med positiv
epidemiologi). Analysen har dock begränsad känslighet och kan
inte detektera sapovirus. Prov med negativa resultat
vidarebefordras därför för PCR-undersökning till annat
laboratorium
Observera att det är typisk symptombild och INTE mikrobiologisk
diagnostik som avgör om patienten skall isoleras (v.g. se
vårdhygieniska riktlinjer) och norovirusdiagnostik skall inte
användas för att sortera patienter för barriärvård under
pågående epidemi utan är en diagnostik främst för att virologiskt
bekräfta misstänkta utbrott.
Provtagning
Faecesprov tas i faecesrör med sked (pinnprov kan INTE
användas). Provmängden skall vara minst 1 ml (en full sked).
Provtagning bör ske så tidigt som möjligt i sjukdomsförloppet,
helst inom första dygnet.
Faecesrör med sked.
Används vid frågeställning Norovirus
antigentest.
Förrådsartikel, artikelnr: 1368.
Ange på remissen
- Hastigt insättande kräkningar >2/dygn eller diarréer >5/dygn
och symptomduration mindre än 3 dygn? JA/NEJ
- Andra misstänkta fall av gastroenterit i omgivningen? JA/NEJ
Klinisk mikrobiologi och vårdhygien, Länssjukhuset, 391 85 Kalmar, tel. 0480-814 41,
www.ltkalmar.se/dc/mikrobiologen
Elektroniskt dokument – Utskrift gäller endast med stämpel ”Registrerad kopia” och signatur.
Provtagningsanvisningar
Norovirus (Calicivirus)
Dokumentnummer: PA4040-R1
Utgiven av: Cecilia Leitet
Godkänd av: Annika Wistedt
Datum: 2012-11-29
Sidan 2 av 5
- Provvolym mer än 1 mL i skedrör JA/NEJ
I avvaktan på transport
Provet skall förvaras i kylskåp. Kyltransport är inte nödvändig.
Provet bör nå laboratoriet inom ett dygn. Provet transporteras
snart så möjligt till Mikrobiologen. Om det tar längre tid än en
dag bör provet transporteras vid 4-8 °C och skall då vara
laboratoriet tillhanda inom 72 timmar.
Svar och bedömning
Antigentest för norovirus analyseras en gång dagligen på
vardagar på prov inkomna innan 12.00 och positiva prov svaras
ut samma dag. Kopia på positiva prover skickas till
hygiensektionen. Antigen-negativa prover vidarebefordras av
laboratoriet för analys med norovirus+sapovirus-PCR (annat
laboratorium) vilket är en metod med högre analytisk känslighet.
Liksom tidigare kommer denna externa del av diagnostiken att
debiteras avsändaren.
Faktorer som påverkar svarets kvalitet
•
Mängden virus och typ av virus är avgörande för
känsligheten. Provtagning tidigt i förloppet förbättrar
känsligheten
Bakgrund/Tolkningsstöd
Smittsamheten för calicivirus från patienter med akuta symptom
är hög och virus sprids via fekal-oral smittväg. Spridning kan ske
via direkt eller indirekt kontakt med smittade personer samt via
dricksvatten, råa skaldjur eller grönsaker som förorenats med
avloppsvatten samt via livsmedel som hanteras och förorenats
av en person som är eller nyligen har varit sjuk. Epidemiska
utbrott på sjukhus och ute i samhället som livsmedels och
vattenburen smitta förekommer under hela året, men är
vanligaste vintertid.
Inkubationstiden är kort (1-2 dygn) och patienten insjuknar som
regel akut med illamående, kräkningar och/eller diarré vilket
vanligen varar i 1-2 dygn (sk vinterkräksjuka).
Klinisk mikrobiologi och vårdhygien, Länssjukhuset, 391 85 Kalmar, tel. 0480-814 41,
www.ltkalmar.se/dc/mikrobiologen
Elektroniskt dokument – Utskrift gäller endast med stämpel ”Registrerad kopia” och signatur.
Provtagningsanvisningar
Norovirus (Calicivirus)
Dokumentnummer: PA4040-R1
Utgiven av: Cecilia Leitet
Godkänd av: Annika Wistedt
Datum: 2012-11-29
Sidan 3 av 5
Trots att norovirus är en mycket vanlig orsak till akut isättande
kräkningar och diarréer är det av stor vikt för den medicinska
säkerheten att man inte glömmer bort andra orsaker till diarré
såsom sepsis, läkemedelsbiverkan och kirurgiska åkommor. I fall
där vårdpersonal drabbas, man har pågående epidemi i
samhället och sekundärfall inträffar med 2 dygns inkubationstid
rör det sig så gott som alltid om virusorsakad gastroenterit.
I en mindre studie i Kalmar har antigentesten för norovirus en
analytisk känslighet på 60 % och specificitet kring 90 % om
norovirus-PCR används som referensmetod. Om typisk klinisk
bild används är känsligheten för antigentestet högre och
motsvarar generellt prestanda för elektronmikroskopisk
undersökning vilket tidigare använts inom landstinget i Kalmar
för att bekräfta norovirusutbrott.
Att använda norovirus-PCR som referens för diagnostik innebär
ett problem om proverna inte är tagna på strikt klinisk
misstanke och symptom förenliga med gastroenterit då
asymptomatiskt bärarskap förekommer upp till 20 %. Vid
sjukhusutbrott av USA hade 26-33 % asymptomatiska patienter
och personal positiv Norovirus-PCR. Vidare visar studier av
Phillips et al att upp till 12 % av asymptomatiska individer är
positiva för Norovirus med PCR i en studie från England och
asymptomatiskt bärarskap är vanligast vintertid och hos barn.
Detta visar vikten av att prover skickas endast på strikt
indikation enligt ovan angivet användningsområde.
Enligt rekommendationer för norovirusdiagnostik
rekommenderas PCR i första hand för att bekräfta fall med
typisk klinisk bild men samtidigt konstateras att PCR inte alltid
är specifik för pågående norovirussjukdom pga möjligheter att
detektera mycket låga nivåer av virus eller höga sk Ct-värden.
Höga Ct-värden skall tolkas med försiktighet i frånvaro av typisk
klinisk bild. Det anges att norovirusantigentest kan användas
för verifiering av utbrott och att känsligheten ökar till omkring
75 % när man testar flera prover från ett utbrott (4-5 st,) men
rekommenderas inte för diagnostik på individnivå pga för låg
känslighet. Man rekommenderar att negativa Ag-test skall
konfirmeras med PCR vilket är den strategi som används vid
mikrobiologen i Kalmar.
Hittills finns inget norovirustest som kan avgöra smittsamhet vid
långvarig virusutsöndring hos immunsupprimerade men mycket
talar för att norovirus är höginfektiöst främst tidigt under den
Klinisk mikrobiologi och vårdhygien, Länssjukhuset, 391 85 Kalmar, tel. 0480-814 41,
www.ltkalmar.se/dc/mikrobiologen
Elektroniskt dokument – Utskrift gäller endast med stämpel ”Registrerad kopia” och signatur.
Provtagningsanvisningar
Norovirus (Calicivirus)
Dokumentnummer: PA4040-R1
Utgiven av: Cecilia Leitet
Godkänd av: Annika Wistedt
Datum: 2012-11-29
Sidan 4 av 5
mest symptomatiska fasen. Efter genomgången infektion hos
vuxna och barn kan norovirus med PCR detekteras i uppemot 46 veckor.
Andra virala agens som orsakar gastroenterier är den till
norovirusgruppen tillörande sapovirus vilken främst drabbar barn
och äldre. Sapovirus tillhör också calicivirus familjen och ger
utbrott som mycket liknar vinterkräksjukan, dock med ett något
mildare men långvarigare förlopp. Sapovirus förekommer
vanligtvis på institutioner; exempelvis i vården och på daghem
och orsakar inte smittspridning via mat på samma sätt som
Norovirus gör. Övriga agens är rotavirus (drabbar vanligen barn
och äldre och kan ge uttalad dehydrering, vaccin finns och
diagnostik utförs med antigentest eller PCR på annat
laboratorium), Astrovirus (drabbar ssk barn<2 år och
immunsupprimerade), Adenovirus 40 och 41 (antigentest finns)
samt mer ovanligt parechovirus, coronavirus och enterovirus.
Multiplex PCR-diagnostik för detektion av flera agens till viral
gastroenterit finns tillgängligt på flera ställen i landet. Var god
kontakta laboratoriet om sådan diagnostik skulle vara aktuell
(tex hos immunsupprimerade eller vid misstänkt utbrott där
calicivirusdiagnostik utfaller negativt).
Hos vissa individer sk non-secretors finns ett genetiskt betingat
skydd vilket utgörs av en mutation i FUT2-genen vilket påverkar
uttryck av det blodgruppsantigen som norovirus binder till.
REFERENSER/FÖRDJUPNING
Division of Viral Diseases, National Center for Immunization and
Respiratory Diseases, Centers for Disease Control and
Prevention. Updated norovirus outbreak management and
disease prevention guidelines. MMWR Recomm Rep. 2011 Mar
4;60(RR-3):1-18.
NICE guidelines for the management of norovirus outbreaks.
http://www.hpa.org.uk/))
Phillips G, Lopman B, Tam CC, Iturriza-Gomara M, Brown D,
Gray J.Diagnosing norovirus-associated infectious intestinal
disease using viral load. BMC Infect Dis. 2009 May 14;9:63.
Phillips G, Tam CC, Conti S, Rodrigues LC, Brown D, IturrizaGomara M, Gray J, Lopman B.Community incidence of norovirus-
Klinisk mikrobiologi och vårdhygien, Länssjukhuset, 391 85 Kalmar, tel. 0480-814 41,
www.ltkalmar.se/dc/mikrobiologen
Elektroniskt dokument – Utskrift gäller endast med stämpel ”Registrerad kopia” och signatur.
Provtagningsanvisningar
Norovirus (Calicivirus)
Dokumentnummer: PA4040-R1
Utgiven av: Cecilia Leitet
Godkänd av: Annika Wistedt
Datum: 2012-11-29
Sidan 5 av 5
associated infectious intestinal disease in England: improved
estimates using viral load for norovirus diagnosis. Am J
Epidemiol. 2010 May 1;171(9):1014-22. Epub 2010 Apr 1.
Phillips G, Tam CC, Rodrigues LC, Lopman B.Prevalence and
characteristics of asymptomatic norovirus infection in the
community in England. Epidemiol Infect. 2010
Oct;138(10):1454-8. Epub 2010 Mar 3.
Atmar RL, Opekun AR, Gilger MA, Estes MK, Crawford SE, Neill
FH, Graham DY.Norwalk virus shedding after experimental
human infection. Emerg Infect Dis. 2008 Oct;14(10):1553-7.
Rydell GE, Kindberg E, Larson G, Svensson L. Susceptibility to
winter vomiting disease: a sweet matter. Rev Med Virol. 2011
Nov;21(6):370-82.
Gallimore CI, Cubitt D, du Plessis N, Gray JJ. Asymptomatic and
symptomatic excretion of noroviruses during a hospital outbreak
of gastroenteritis. J Clin Microbiol. 2004 May;42(5):2271-4.
Klinisk mikrobiologi och vårdhygien, Länssjukhuset, 391 85 Kalmar, tel. 0480-814 41,
www.ltkalmar.se/dc/mikrobiologen
Elektroniskt dokument – Utskrift gäller endast med stämpel ”Registrerad kopia” och signatur.