Biokemi MNXA10/12
Hans-Erik Åkerlund
Proteiner
Aminosyror
Enklaste
Aminogrupp -NH3+
Karboxylsyragrupp -COOVäte
Variabel sidogrupp 20 olika
Primärstruktur
Vilka aminosyror och vilken ordning
Peptidbindning
Aminosyror
Dipeptid
Kovalent bindning
Specialfall av Amidbindning
Riktning
Amminoterminal / N-terminal
Karboxyterminal / C-terminal
Stommen N - C - C
a-helix (Sekundärstruktur)er
Vätebindningar
Vätebindning
Vätebindning
b-veckstruktur (Sekundärstruktur)
Utsträckt struktur
Vätebindnigar mellan kedjor
Antiparalella eller paralella
R-grupper upp och ner
Tertiärstruktur
Trediminsionell veckning
Opolära grupper inne
Polära grupper på ytan
FA binding
protein
Lysozym
Ferritin
Den hydrofoba effekten
Störande molekyler
opolära
Vattenstruktur
Cysteinbryggor = SS Bryggor = Disulfidbryggor
Stabiliserar tertiärstrukturen
Kvartärstruktur
Antal och arrangeman av subenheter
Ex. Hemoglobin från människa
fyra subenheter
Enzymer, Katalys och Kinetik
Hastighet
Påskyndar reaktioner utan att själv förbrukas.
Kan ingå i delreaktioner men återbildas alltid
Påverkar inte jämvikten, K lika som utan enzym.
Påskyndar att jämvikten ställer in sig
Specificitet
Reglerbarhet
Varför påskyndas reaktioner?
Aktiveringsenergi
Enzymer
-gör att det krävs mindre
aktiveringsenergi.
-påverkar inte energiskillnaden
mellan substrat och produkt
Enzymkatalyserad reaktion
Upvisar mättnad
Karaktäristiskt för enzymkatalyserad reaktion.
Michaelis-Menten
Avsätt v0 som funktion av [S]
v = Vmax*[S]/(KM+[S])
Ex. Karboanhydras
Zn2+ prostetisk grupp
Metalljonkatalys
Aktivering av vatten
pKa=7 (jfrt med 15.7 för fritt vatten)
ca 7 miljoner ggr
snabbare än utan katalys
Nukleinsyror:
DNA och RNA
Nukleotider som byggstenar
Fosfat – Socker -Kvävebas
Sockret
R i RNA
D i DNA
Syre saknas
Deoxy
Kvävebaser:
Adenin
Guanin
Cytosin
Uracil (i RNA)/Thymin (i DNA)
DNA struktur.
1) polynukleotid, kvävebaser A,G,C,T
2) har polaritet: 5´ o 3´ ändar
3) basparning mellan två antiparella strängar
4) H-bindingar, 2 st mellan A o T, 3 st mellan G o C
3´
A
G
C
T
C
T
C
G
A
G
5´
3´
5´
5´
3´
3´
5´
DNA dubbelhelix
5´
3´
10 nukleotider
Stor fåra (major groove)
eller
Liten fåra (minor groove)
Baspar (bp)
Mörk färg: fosfodiester o socker
(huvudkedja)
Ljus färg: basparade kvävebaser
3´
5´
Cellulära processer
Replikation
DNA
Transkription
RNA
Translation
PROTEIN
Process
Huvudsaklig funktionell enhet/ enzym
Replikation
DNA polymeras. (DNA templat, mall)
Transkription RNA polymeras. (DNA templat eller )
Translation
Ribosom, består av rRNA, protein. (mRNA templat)
