KI Biobank
Tjänstekatalog
Version: 1, 2011
KI Biobank är en core facilitet som erbjuder service för
provinsamling, provförvaring och provdistribution.
Innehåll
KI Biobank............................................................................................................................................4
Kontakt............................................................................................................................................................4
Öppettider...........................................................................................................................................4
Tjänster...........................................................................................................................................................5
Start av ny studie / provinsamling................................................................................5
Provhantering...........................................................................................................................................6
Manuell hantering.................................................................................................................6
Automatiserad hantering......................................................................................... 10
SCARAB-LIMS.....................................................................................................................13
Systemfunktioner............................................................................................................................. 13
Säkerhet och drift............................................................................................................................ 13
BBMRI.se.............................................................................................................................................14
KI Biobank – Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
3
KI Biobank
KI Biobank tillhandahåller infrastruktur för preanalytisk hantering, förvaring och distribution
av humanbiologiska prov. Vi erbjuder provhantering såsom plasma- och serumalikvotering,
DNA-extraktion, normalisering av DNA och pipettering av DNA till platta. Vi bistår forskare
med rådgivning kring frågor om hur man startar en provinsamling, hur prov ska tas och
vara märkta och vilka lagliga krav som ställs för att få samla in prov från människa. Vi hjälper
till att upprätta de avtal som krävs enligt biobankslagen som t.ex. utlämningsavtal, multicenteravtal och MTA (Material Transfer Agreement).
KI Biobanks registreringsnummer hos Socialstyrelsen: 222
Biobanksansvarig: Mark Divers
Kontakt
E-post: [email protected]
Webbplats: ki.se/kibiobank
Telefon: 08-524 839 78
Öppettider
Provmottagningen är öppen 8:00–16:30 måndag t.o.m. fredag.
För att prov ska hanteras samma dag måste leverans till KI Biobank ske senast:
• 15:30 (vid leverans till manuell process)
• 12:00 (vid leverans till automatiserad process)
Provmottagningen ska kontaktas på telefon 08-524 823 77 om leverans sker på
andra tider än överrenskommet.
4
KI Biobank – Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
Tjänster
Nedan presenteras de tjänster KI Biobank erbjuder. Kontakta oss gärna för att
diskutera önskemål om andra tjänster.
Start av ny studie / provinsamling
Ref.
Tjänst
Beskrivning
101 Studieintegrering
Inför start av ny studie/provinsamling lägger vi
tillsammans med forskargruppen upp en plan för
hur samarbetet mellan studien och KI Biobank ska
se ut. Rutiner kring provlogistik, provprocessning och provförvaring sätts upp. Detta dokumenteras i en överenskommelse som ansvarig
forskare och biobanksansvarig skriver under.
102 Biobanksavtal
Vid provinsamling inom sjukvården krävs avtal
mellan sjukvårdsbiobank, studien och mottagande biobank. Vi ser till att upprätta det avtal
som är aktuellt (multicenteravtal, avtal om
utlämning och särskilda föreskrifter).
103 Provgivarinformation och samtycke
Rådgivning kring utformning av provgivarinformation och samtycke. Vi tillhandahåller mallar
och säkerställer att provgivaren får den information som denne har rätt till enligt gällande
lagstiftning.
KI Biobank – Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
5
Provhantering
Manuell hantering
Prov registreras och centrifugeras manuellt. Alikvotering och DNA-extraktion sker
robotiserat. Robotkapacitet för alikvotering och för DNA-extraktion är totalt 128 prov
per dag och process.
FÖLJANDE PROCESSER FINNS TILLÄNGLIGA
Ref.
Tjänst
Beskrivning
201 Pappersremiss för
provtagning
Pappersremiss med förtryckta etiketter för unik
märkning av rör trycks upp i ett standardiserat format
av KI Biobank. Kräver separat inrapportering till
KI Biobank av provgivarens personnummer och samtycke.
202 Streckkodsetiketter och web-
baserad provregistrering
Förtryckta streckkodsetiketter för unik märkning av
rör trycks upp av KI Biobank. Prov registreras av
kund via en webbapplikation innan leverans av prov
till KI Biobank. Kräver separat inrapportering till
KI Biobank av provgivarens personnummer och samtycke.
203 Ankomstregistrering Prov packas upp och sorteras efter studie och
provtyp. Streckkoden på provet läses och provet
registreras som mottaget i LIMS. Detta utförs
manuellt för ett prov i taget.
204 Centrifugering
Prov som ska alikvoteras centrifugeras för att
separera plasma och serum från blodceller.
205 Alikvotering
Uppdelning av prov i mindre volymer. Slutprodukt
700µL eller 1000 µL i 1.8 mL kryorör.
206 Förvaring
Förvaring av prov vid +4 °C, -20 °C, -80 °C,
-186 °C.
207 DNA-extraktion DNA-extraktion sker från 1 – 10 mL helblod eller
från 4 mL saliv. Protokoll baseras på saltutfällning
och sker på en Autopure LS®-robot (Qiagen).
6
KI Biobank – Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
Ref.
Tjänst
207 (forts.)
Beskrivning
DNA löses i 200 – 1000 µL 10mM Tris buffert
innehållande 1mM EDTA, pH 7.0 - 8.0. Särskilt komplicerade prov (t.ex. gamla prov och navelsträngsblod) extraheras manuellt.
208 DNA-koncentrationsmätning DNA-koncentration mäts med UV-absorbans vid
(ingår alltid vid DNA-extraktion) 260 nm och 280 nm där absorbanskvoten
260/280 nm, som är ett mått på renheten, skall
ligga i intervallet 1.7 - 2.3. Medelutbytet av DNA
är 20 µg per ml blod och DNA-koncentrationen
varierar mellan 20 - 500 ng/µl. Provet kan efter
mätning behöva renas ytterligare och/eller spädas.
Provåtgång: 20 µL.
209 Picogreen, alternativ DNA-koncentrationsmätning
PicoGreen är en alternativ kvantifieringsmetod
för att mäta DNA-koncentration. Metoden
används i de fall mottagande analyslaboratorium
ställer höga krav på precision. Provåtgång: 5 µL.
210 Backuprör för DNA-extraktion
Förvaring av ett extra helblodsrör som backup.
Backuprör extraheras om DNA-extraktion misslyckats eller om utbytet blir lägre än 20–50 µg/mL.
Annan gräns efter överenskommelse.
211 DNA normalisering
Spädning av DNA till 50 ng/µL. Annan koncentration efter överenskommelse.
212 Uttag av individuella rör
Plockning av prov och hjälp med leverans till
önskat analyslaboratorium.
213 Uttag av DNA
Pipettering av DNA till platta och hjälp med
leverans till önskat analyslaboratorium.
214 Uttag av normaliserat DNA
Pipettering av normaliserat DNA till platta och
hjälp med leverans till önskat analyslaboratorium.
KI Biobank – Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
7
PROVTYPER
Följande provtyper kan processas manuellt alternativt endast registreras och förvaras. Vi ser helst
att man använder rör från BD (Becton, Dickinson and Company). Endast plaströr tas emot.
Ref. Inkommande Tjänst/processning
provtyp
Erhållen
produkt
215 EDTA helblod
4, 6, 9 mL
Provregistrering, centrifugering,
alikvotering
Alikvoter av
EDTA plasma
-80°C
216 EDTA helblod
4, 6, 9 mL
DNA-extraktion
DNA
-20°C
Alikvoter av citrat
plasma -80°C
217 Citrat helblod 4 mL Provregistrering,centrifugering,
rumstemperatur
alikvotering
Förvaring
218 Citrat helblod Provregistrering, centrifugering, Alikvoter av citrat
4 mL 4 °C
alikvotering
plasma
219 Litium heparin hel- Provregistrering, centrifugering, Alikvoter av LiHep
blod med gel 8 mL alikvotering
plasma
-80°C
-80°C
220 Helblod med gel
(för serum) 10 mL
Provregistrering, centrifugering, alikvotering
Alikvoter av serum -80°C
221 Helblod utan gel (för serum) 10 mL
Provregistrering, centrifugering, alikvotering
Alikvoter av serum -80°C
222 Serum i avhällningsrör
Provregistrering, centrifugering, alikvotering
Alikvoter av serum -80°C
223 WBC (white blood Provregistrering, lagring
cells), Buffy Coat från EDTA-rör
Inkommande
provtyp
-80°C
224 PAXgene rör för Provregistrering, lagring
RNA-extraktion
Inkommande
provtyp
-80°C
225 CSF (cerebro-
Provregistrering, alikvotering
spinal fluid)
Alikvoter av CSF
-80°C
8
KI Biobank – Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
Ref. Inkommande Tjänst/processning
provtyp
Erhållen
produkt
226 DNA i 1.8 mL kryorör
Provregistrering, DNA-
koncentrationsmätning
Inkommande
provtyp
227 Saliv (Oragene®) 4 mL
Provregistrering, DNA-extraktion DNA
-20°C
228 Saliv (Salivette®)
Provregistrering, lagring
Alikvoter av urin
-80°C
229 Sputum
Provregistrering, lagring
Inkommande
provtyp
-80°C
230 Nasalsekret
Provregistrering, lagring
Inkommande
provtyp
-80°C
231 Urin 4 mL
Alikvoter av urin
-80°C
232 Feces
Provregistrering, lagring
Inkommande
provtyp
-80°C
233 Placenta
Provregistrering, lagring Inkommande provtyp
-80°C
234 Navelsträngsblod
DNA
-20°C
Provregistrering, alikvotering, lagring
Provregistrering, lagring
KI Biobank – Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
Förvaring
-20°C
9
Automatiserad hantering
KI Biobank erbjuder ett automatiserat arbetsflöde från mottagning av remisser och prov till
leverans av alikvoter i 2D-märkta rör. Prov processas i olika automatiserade system som inkluderar registrering, volymbestämning, sortering med avseende på provtyp, centrifugering,
avkorkning, alikvotering och DNA-extraktion.
Plasma, serum och urin alikvoteras till multipla 225 µL alikvoter som lagras i 2D-streckkodsmärkta REMP-rör i -80 °C. DNA extraheras med hjälp av ett protokoll baserat på ”magnetic
bead separation” och lagras i 2D-streckkodsmärkta REMP-rör i -20 °C.
En robust IT-infrastruktur och robotiserad provhantering säkerställer full spårbarhet och
jämn kvalitet på prov. Alikvoteringsprocessen har en kapacitet på ca 2400 prov per dag och
DNA-extraktionsprocessen 768 (8 x 96) prov per dag. Arbetsflödet beskrivs i figur nedan.
Figur 1. Översikt av automatiserad provhantering.
10
KI Biobank – Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
FÖLJANDE PROCESSER FINNS TILLÄNGLIGA
Ref.
Tjänst
Beskrivning
301 Elektronisk remiss
Webbtjänst för mottagande av elektronisk remissinformation enligt ett standardiserat XML-format. Data
som samlas in via remiss: samtycke ( ja/nej), personnummer, provtagningsdatum, provtagningstid.
Kunden behöver ett eget system för att generera den
elektroniska remissen.
302 Pappersremiss
Pappersremiss med förtryckta etiketter för unik
märkning av rör trycks upp i ett standardiserat format
av KI Biobank. Remissen scannas vid ankomst till
KI Biobank. Data som samlas in via remiss: samtycke
( ja/nej), personnummer, provtagningsdatum, provtagningstid. Scannad bild levereras i PDF-format.
303 Sortering
Inkommande rör sorteras efter provtyp och ankomstregistreras och volymbestäms.
304 Centrifugering
Prov som ska alikvoteras och är ocentrifugerade eller
saknar gel centrifugeras.
305 Alikvotering
Uppdelning i åtta multipla prov med en volym om
225 µL i 2D-märkta REMP rör.
306 DNA-extraktion och alikvotering till backuprör. Koncentrationsmätning.
DNA-extraktion sker från 400 µL helblod på en
Chemagic Star®-robot (Hamilton). Metodiken baseras
på ”magnetic bead separation”. DNA löses i 150 µL
10 mM Tris-HCl buffert, pH 8.0. Backup helblod
alikvoteras till två st alikvoter om 650 µL. Mängd och
renhet av DNA bestäms med UV-absorbans.
Provåtgång: 3 µL.
307 Förvaring
Alla prov förvaras i -80 °C utom DNA som förvaras
i -20 °C.
KI Biobank – Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
11
PROVTYPER
Följande provtyper kan hanteras automatiserat. Av kvalitetsskäl rekommenderas rör med gel vilket
ökar säkerheten vid detektion av separationslagren. En mindre exakt volymdetektion kan leda till att
blodceller (röda blodkroppar) pipetteras med plasman/serumet, vilket kan påverka den analytiska
processen.
Ref. Inkommande Tjänst/processning
provtyp
Erhållen
produkt
308
8 x 225 µL EDTA
plasma
EDTA helblod utan gel Centrifugering och alikvotering
10 mL (BD367525) 309 EDTA helblod utan gel DNA-extraktion och alikvotering 4 mL (BD368861)
till backuprör
1 x 150 µL DNA
2 x 650 µL
backuprör
310
EDTA helblod med gel 8.5 mL (PPT – BD362799)
Alikvotering
8 x 225 µL EDTA
311
Litium heparin helblod
Alikvotering
med gel 8 mL (BD367378)
8 x 225 µL LiHep
plasma
312
Helblod med gel (för Alikvotering
serum) 8.5 mL (BD 367953)
8 x 225 µL serum
313
Plasma/serum/annan
provtyp i avhällningsrör
(Sarstedt 55.525 5 mL,
75x13 mm) + röd kork
LABOOTH från Terumo
Alikvotering
8 x 225 µL serum
314
Urin 4 mL (BD368500)
Centrifugering och alikvotering 8 x 225 µL urin
12
KI Biobank – Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
SCARAB-LIMS
KI Biobank erbjuder IT-stöd i form av SCARAB-LIMS till forskare som väljer att lagra prov
i egna frysar. SCARAB-LIMS är ett system som hanterar data om prov och provgivare för
att säkra kvalitet och spårbarhet. Systemet är ett kommersiellt labdatasystem utvecklat av
företaget LabWare Lims Solutions och består av moduler som kan anpassas utifrån olika
verksamheters behov.
Systemfunktioner
Exempel på funktioner som systemet innehåller är:
•
Provgivarhantering
•
Provhantering
•
Lagringshantering
•
Etiketthantering
•
Uttag – söka prov
•
Analysdata
•
Rapporter
Säkerhet och drift
Karolinska Institutets centrala IT-avdelning ansvarar för säkerhet, drift och underhåll av de
databaser som lagrar information och de servrar där LIMS applikationen finns. Backuper tas
regelbundet vilket innebär att information kan återställas till en given tidpunkt vid behov.
KI Biobank – Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
13
BBMRI.se
BBMRI.se (BioBanking & Molecular Resource Infrastructure of Sweden; på svenska “Svensk
Nationell Forskningsinfrastruktur för Biobankning och Analys av Biologiska Prover”) är en
omfattande nationell forskningsinfrastruktur som inrättats av Vetenskapsrådet. BBMRI.se är
svensk part i den europeiska biobanksplattformen BBMRI, bedriver FoU inom biobanksvetenskap
och ger service till nationella biobanksbaserade forskningsprojekt. KI Biobank har ett nära samarbete med BBMRI.se och förmedlar biobanksservice för studier anslutna till BBMRI.se. För mer
information se bbmri.se eller kontakta föreståndare Joakim Dillner ( [email protected]).
Innehållsansvariga:
Tove Rylander Rudqvist
[email protected]
Carita Rask
[email protected]
Design och produtkion: Super
Tryck: LTAB
Foto: Adam Gault / Getty Images
KI Biobank
Karolinska Institutet
Institutionen för Medicinsk Epidemiologi och Biostatistik
Nobels väg 12 A
171 77 Stockholm
Tfn: 08-524 839 78
[email protected]
Mer information hittar du på
ki.se/kibiobank
ki.se/scarab
bbmri.se
