Strategi och utveckling
Jon Jonasson har varit
med och byggt upp
NGS-laboratoriet.
Genetisk analys för
individualiserad vård
Ärftliga sjukdomar upptäcks innan de bryter ut, och rätt cancer­
behandling bestäms utifrån arvsmassa. Det högteknologiska
­genlabbet på Universitetssjukhuset i Linköping har hittills gjort
drygt 200 patientanalyser och utökas nu med fler diagnoser.
TEXT: MARIA CARLQVIST – FOTO: KAJSA JUSLIN
N
GS-labbet som togs i
drift i
höstas har hittills analyserat
lungtumörpatienter och koloncancerpatienter. Under våren
utökas verksamheten till analyser av bland annat bröst- och äggstockscancer och genetiska kopplingar till hjärt- och
kärlsjukdomar. NGS står för ”next generation sequencing”, en metod för att inhämta
stora mängder genetisk information på ett
snabbt sätt.
– Vi kan nu se fler gener än tidigare
och få en mer detaljerad information om
genetiska förändringar. Denna information
är direkt vägledande för vilken behandling som fungerar vid vissa cancertyper
20
FORSKNING OCH UTVECKLING #1—2017
och blir ett viktigt komplement till den
information som våra vanliga mikroskopiska analyser ger, säger Martin Hallbeck,
verksamhetschef för patologiska kliniken på
Universitets­sjukhuset i Linköping.
Ärftliga sjukdomar orsakas av genetiska
fel eller mutationer som ofta kan spåras
i DNA med NGS-teknik. Med det nya
labbet har man fått möjlighet att analysera
hela arvsmassan, vilket ger goda chanser att
finna sjukdomsorsaken men också extremt
stora informationsmängder. I de flesta fall
begränsas därför frågeställningen till de gener man vet kan orsaka sjukdomen och bara
en liten del av arvsmassan kartläggs.
– Nu kan 6 000–7 000 sjukdomar
upptäckas genom genetisk analys. Men
ännu måste vi fokusera på ett fåtal gener i
taget och göra analyser som tekniken til�låter och det finns fog för, säger Katarina
­Nyhammar, verksamhetschef för klinisk
genetik i sydöstra sjukvårdsregionen.
En av sjukdomarna som
analyseras på NGSlabbet är Familjär hyperkolesterolemi, en
vanlig ärftlig sjukdom. Den ger ett extremt
högt kolesterol som täpper till hjärtats kärl,
och om den inte behandlas kan den leda
till hjärtinfarkt i unga år. Det finns en stor
vinst i att låta personer i sådana släkter testa
sig och få läkemedel om de bär på anlaget.
Då slipper de insjukna och kan leva ett
långt, friskt liv.
Jon Jonasson, överläkare, klinisk genetiker och klinisk bakteriolog, har varit
med och byggt upp NGS-laboratoriet. På
en dataskärm visar han hur arvsanlagen
kommer upp bioinformatiskt som extremt
långa ord med bokstäverna A, C, G och T i
Foto: Maria Carlqvist
Strategi och utveckling
NGS-PROCESSEN
– DET HÄR HÄNDER
STEG 1
Birgitta Holmlund,
biomedicinsk analytiker,
kör ett blodprov från en patient i
en DNA-extraktionsrobot. Det är
det första steget i NGS-processen.
Utrustningen tar sönder de vita
och röda blodkropparna och fiskar
ut DNA med hjälp av magnetiska
kulor. Därefter slängs alla cellrester, kulorna tvättas och DNA lossas
från kulorna.
Biologer inom genetik och patologi, laboratorieingenjörer, och biomedicinska analytiker
samarbetar över klinikgränserna med analysen
på ett helt nytt sätt. Anneli Kraft, Malin Rehnberg, Hanna Årstrand, Catarina Trofast och Linda
Aronsson vid NGS-sekvenseringsmaskinen.
omväxlande ordning. Ur koden tolkar han
mönster som visar vilket arvsanlag det rör
sig om och om det finns någon variation
i mönstret som talar för att patienten har
den sjukdom man misstänker. Som stöd
för analysen kan man söka i internationella
databaser hur mönstren ser ut hos andra
som drabbats av sjukdomen. Man kan även
studera vävnader från avlidna släktingar för
att bekräfta diagnosen.
– I dag kan vi göra det som vi bara
drömde om på 70-talet. Nu har vi tekniken
för att både se vilken sjukdom du har och
vad du kan förväntas att drabbas av i framtiden. Nu vet vi också mer om vilka genetiska förändringar vi ska leta efter, exempelvis
i tumörcellerna, säger Jon Jonasson.
För personer med Familjär
hyperkolesterolemi verkar testet bara innebära fördelar
eftersom en effektiv behandling finns. Vid
den ärftliga Huntingtons sjukdom är det
ett svårare val. Om man bär på anlaget
kommer man förr eller senare att insjukna i
sjukdomen, men ännu finns ingen bot.
– Vid anlag för cancersjukdomar ger
utredningen bara en procentuell risk för
tumörsjukdom, eftersom inte alla som har
sjukdomsanlaget kommer att drabbas av
cancer. Man får veta att man har ett sjukdomsorsakande anlag, och kan få ta ställning till en förebyggande behandling mot en
sjukdom som man inte kan vara helt säker
Ur koden tolkas mönster som visar arvsanlag
och om det finns någon variation i mönstret
som talar för att patienten har den sjukdom
som misstänks.
på att den bryter ut, säger Jon Jonasson.
Det finns många etiska aspekter vid testning för ärftliga sjukdomar och det är alltid
frivilligt att göra analysen. Först går man
på ett läkarsamtal eller genetiskt vägledarsamtal och sedan får man gå hem och tänka
igenom beslutet om man vill testa sig eller
inte och vad det skulle innebära att få veta
en sjukdomsrisk. Först därefter får man
lämna prov.
Efterfrågan på genlabbets tjänster ökar
snabbt med analysmöjligheterna. Många
verksamheter knackar på dörren. Men det
finns också begränsningar i både resurser,
tid och teknisk infrastruktur. Därför finns
i dag en handfull diagnoser på laboratoriets
meny, men troligen banar de väg för framtidens mer individanpassade behandlingar.
– Det här är framtidens sjukvård och
att vi bygger den i Östergötland i stället
för att skicka proverna utomlands är också
en satsning på framtiden, säger Katarina
Nyhammar.
STEG 2
NGS-sekvenseringsmaskinen bygger steg för
steg upp en DNA-sträng som liknar
det DNA man isolerat ur patientprovet. Byggstenarna som tillförs i
processen är märkta med fluorescerande färger. Varje steg i processen fotas i realtid och maskinen
får fram sekvenserna genom att
jämföra alla foton. En enda körning
skapar miljontals sekvenser.
STEG 3
Resultatet kommer ut
som en bioinformatisk
sekvens på dataskärmen där det
tolkas av genetiska experter med
stöd av avancerade datorprogram.
FORSKNING OCH UTVECKLING #1—2017
21
