Betydelsen av CpG shores och deras DNA-metylering för långtidsprognos vid cancer
Bilaga 1 Figur 1. Pågående metodutveckling för RASSF1A genen.
Streckad oval = metod som publicerats (Löf‐Öhlin&Nilsson, 2009), heldragna ovaler = CpG sites belägna i CpG Shores, för vilka metoder ska designas och optimeras. Figur 2. Pågående metodutveckling för p14ARF genen.
Streckad oval = metod som publicerats (Löf‐Öhlin&Nilsson, 2009), heldragna ovaler = CpG sites belägna i CpG Shores, för vilka metoder ska designas och optimeras. Figur 3. Pågående metodutveckling för O6MGMT genen.
Streckad oval = metod som publicerats (Löf‐Öhlin&Nilsson, 2009), heldragna ovaler = CpG sites belägna i CpG Shores, för vilka metoder ska designas och optimeras Figur 4. Pågående metodutveckling för APC1A genen
Streckad oval = metod som publicerats (Löf‐Öhlin&Nilsson, 2009), heldragna ovaler = CpG sites belägna i CpG Shores, för vilka metoder ska designas och optimeras.
CpG 22‐24
CpG 28‐30
CpG 31‐32
CpG 44‐45
CpG 64‐67 CpG 58‐69
CpG 48‐49
CpG 80‐81
CpG 54‐59 CpG 85‐87
CpG 88‐90 CpG 93‐98 CpG 167‐171
CpG 172‐176 CpG 193‐195
CpG 197‐198
CpG 201‐202 Figur 5. Pågående metodutveckling för SLC25A43 genen. Figur 6. Exempel på resultat från metodutveckligen för de olika metylerings assays placerade
i CpG ön och ”shore” områden i SLC25A43 genen.
Specifika band av förväntad storlek har erhållits i PCR av bisultifbehandlat DNA, dvs designerna har fångat upp rätt sekvenser i target‐genen (Fig.5) utan störande ospecifika amplifieringsprodukter. Fig. 7 – Distant recurrence-free survival rate in 109 cervical cancer patients according to
APC1A gene promoter methylation status. Distant Recurrence-Free Survival Rate
Cumulative Proportion Surviving
1.0
APC1A gene unmethylated (N = 100)
0.9
0.8
0.7
0.6
0.5
APC1A gene methylated (N = 9)
0.4
0.3
0.2
Log-rank test = 3.389;
P = 0.0007
0.1
0.0
0
1
2
3
4
Time (years)
5
6
7
8
