Membranproteiner
Membranproteiner
Perifera membranproteiner
Integrala membranproteiner
Colicin A
Paradox: Membranprotein
Som är lösligt både i vatten och
instopppat i membran
Alternativ Konformation i
lösning jämfört med i
membran
Bakterierhodopsin
Bakterierhodopsin
Retinal, ljusabsorberande pigment
Rhodopsin
Retinal
Blå= grundtillstånd
Röd=exciterat tillstånd
Porin
Trimer av porin
K+-kanalen
K+-kanalen
K+-kanalen
K+-kanalen
K+-kanalen
”från sidan”
”uppifrån”
Fotosyntetiska reaktionscentrat
Hydropathy plot
• Beräkna utgående från ett ”fönster” (19
aa) hydrofobiciteten och plottar mot
sekvensen
• Kan förutsäga vilka delar av en
transmembranhelix som är inbäddad i
membranet
• Kan även användas för cytosoliska
proteiner, vilken information får man då?
Hydropathy plot
Hur beräknas dessa skalor?
Signaltransduktion
Topologi cH-rasp21
Topologisk brytpunkt
Bindning av GTP till aktiva ytan
Inbindning av GTP till transducin
Komformationsändringar hos transducin
Transducin
Komformationsändringar hos transducin
G protein, Transducin, heterotrimer
G protein, Transducin, heterotrimer
G protein, Transducin, β-subenheten
Phosducin, regulator av GTPase aktivitet
Phosducin bindning till transducin dimer
Phosducin, blockerar bindning
Till α-subenheten
Human growth hormone
Four-helix bundle
Human growth hormone receptor
Bindningsyta för HGH
Immunoglobulinfold
Bindning av HGH till HGH receptor 1:2 komplex
Osymmetrisk bindning av HGH
Bindning av Prolactin receptor till HGH 1:1 komplex
Hormon receptor interaktion
Hormon receptor interaktion
Tyrosinkinas familjen
Src Tyrosinkinas
• Signalprotein som kontrollerar celltillväxt
• Signalering sker med hjälp av fosforylering
av tyrosiner
• Hundratals olika Tyrosinkinaser som är
närbesläktade, ”Knock-out” ofta ingen
effekt
• Onkogen, genen alltid aktiv ger ohämmad
celltillväxt, utveckling av cancer
Src Tyrosinkinas, SH2 domänen
Src Tyrosinkinas, aktiv och inaktiv form
Från: PDB, ”molecule of the month”
From: Time Magazine 28 May 2001
Tyrosinkinas med inbunden Gleevec (Cancermedicin)
Några exempel från PDB
• Transducin
• G protein trimer
• Inbinding av GTP/GDP kolla konformationsändring
