Synopsis för kapitel 3

Synopsis för kapitel 3
Läs inte: I, J, och K (119 – 125)
Fel i Fershtboken:
Sid 128 rad 5 under schema 3.80 Kapp(highpH) skall vara Kapp(lowpH)
Sid 128 schema 3.82 samt schema 3.83 K+ skall vara K’
Sid 129 rad 3 uppifrån K+ skall vara K’
Ks
kcat
ES → E + P
E+S
1. Beskriv och förklara ekvationen för hastigheten av reaktionen ovan enligt
Michaelis-Mentens mekanism.
k1
kcat
ES → E + P
E+S
k-1
2. Beskriv och förklara ekvationen för hastigheten av reaktion ovan med hjälp av
Briggs-Haldane kinetik. Förklara hur steady-state approximationen påverkar!
Ks
E+S
K’
K
ES
ES’
k4
ES’’ → E + P
Slow
3. Beskriv och förklara hur KM och kcat uttrycks för ovanstående reaktion då det
bildas flera intermediat under reaktionen.
4. Beskriv innebörden av kcat, KM samt kcat/KM
5. Förklara skillnaden mellan kompetitiv och non-kompetitiv inhibering, hur
påverkas kcat, och KM i de båda fallen.
6. Vad händer med kcat vid en icke produktiv binding? (då ett substrat kan binda till
enzymets aktiva yta på ett alternativt och oreaktivt sätt). Hur förändras kcat/KM?
7. Om två substrat tävlar om aktiva ytan på ett enzym är dessa kompetetiva substrat.
Vilka faktorer bestämmer specificiteten (i.e. diskrimineringen mellan två substrat
som binder till samma enzym) mellan två kompetetiva substrat?
8. Beskriv och förklara hur ett enzym påverkar jämvikten (den övergripande
jämvikten och den inre jämvikten) för en katalyserad reaktion från S → P.
9. Visa förhållandet mellan jämviktskonstanterna KB/A, KC/B, KD/A, KC/D i den
thermodynamiska cykeln A till B till C till D till A (se schema 1 sid 125)
10. Två ligander (A och B) kan binda in till samma enzym enl E till EA (KA) till EAB
(K´B) till EB (K´A) till E (KB) (se schema 2 sid 126). Visa sambanden mellan
jämviktkonstanterna om a) inbindning av A är ej beroende av inbindning av B och
b) då det finns ett beroende mellan inbindning av A och B.
11. Studera schema 3 på sidan 127: På vilket sätt är värdet på Kapp beroende av pH?
12. Hur kan KA(app) påverkas vid sammankopplade jämvikter?
13. Beskriv och förklara hur det går att detektera om två sidokedjor i ett protein
interagerar med varandra.
Ovanstående frågor kommer att behandlas och diskuteras vid seminariet
fredag 31/8 10.15 sal BL33
Med vänlig hälsning Anki