Aminosyror och proteiner Aminosyror Aminosyror Peptidbindning

Aminosyror
—
—
—
—
—
—
H2C
–
O
CH 2
CH 2
NH
— —
O
—
—
—
—
+
H3N — C — C
–
O
CH 2
—
CH2
—
—
—
—
—
—
—
+
H3N — C — C
–
O
—
CH 2
H
O
—
—
+
H3N — C — C
–
O
CH 2
CH3
Isoleucin (Ile)(I)
Leucin (Leu)(L)
H
O
—
—
—
H
—
—
—
—
+
H3N — C — C
Valin (Val)(V)
Alanin (Ala)(A)
O
—
—
H
—
—
CH2
CH
CH3 CH3
Glycin (Gly)(G)
–
O
H3C—CH
—
CH3 CH3
O
—
—
—
+
H3N — C — C
–
O
CH2
—
H
O
—
—
+
H3N — C — C
–
O
CH
Opolära
sidokedjor
Ip mellan
pH 5,8 - 6,3
—
—
—
—
—
—
—
CH3
H
O
—
—
+
H3N — C — C
–
O
—
H
H
O
—
—
—
—
+
H3N — C — C
–
O
—
—
H
O
—
—
H
+
H3N — C — C
—
Aminosyror och proteiner
S
CH3
H
O
CH 2
CH2
+
NH3
Asparaginsyra (Asp)(D)
Ip = 3,0
Aminosyror
q
,
q
q
q
³
q
ÊÊ
Ó ÊqÊ
ÊqÊ
""
,
q
ÊÊ
Î ÊqÊ
ÊqÊ
""ÊÊÊÊÊr ÊÊ
Ó ÊqÊ
ÊqÊ
""
«> Ó
ÜiiŽÌÀˆÃŽ>ʫ՘ŽÌi˜
«ÊrÊ«Êrʜ>``>`
«ÊÊ«ÊrÊ«œÃˆÌˆÛ
«Ê€Ê«Êrʘi}>̈Û
³
q
,
³
q
,
³
q
ÊÊ
Î ÊqÊ
ÊqÊ
""ÊÊÊr ÊÊ
Î ÊqÊ
ÊqÊ
""
ÊÊ
Î ÊqÊ
ÊqÊ
""
peptid <10
polypeptid >10
protein >50
q
,
q
ÊÊ
Î ÊqÊ
ÊqÊ
""
q
«> £
,
³
Lysin (Lys)(K)
Ip = 9,1
̈Ã>ÌÌÊ"
—
—
—
—
O
—
—
—
+
–
H3N — C — C
CH 2
NH
–
O
—
O
CH2
+
NH
CH 2
+
C = NH 2
NH2
Arginin (Arg)(R)
Ip = 10,8
Peptidbindning
«
,
Glutaminsyra (Glu)(E)
Ip = 3,1
—
—
—
—
C
—
CH2
—
O
CH 2
H
O
H3N — C — C
— —
–
+
–
O
C
—
NH 2 O
Glutamin (Gln)(Q)
—
O
—
—
—
—
CH2
CH 2
H
O
H3N — C — C
—
—
— — —
—
+
–
O
—
—
—
— —
CH2
CH2
—
—
O
D-aminosyra
H
O
H3N — C — C
Asparagin (Asn)(N)
—
—
–
L-aminosyra
+
–
O
Tyrosin (Tyr)(Y)
—
—
CH2
C
—
H
O
—
—
+
H3N — C — C
—
—
H
Elektriskt
laddade
sidokedjor
Cystein (Cys)(C)
— —
Treonin (Thr)(T)
–
O
CH2
—
—
OH
Serin (Ser)(S)
H3N — C — C
—
—
C
—
NH 2 O
O
—
CH2
+
–
O
— — —
—
H3N — C — C
–
O
—
SH
—
—
+
O
— —
—
—
CH 2
H
O
H3N — C — C
–
O
—
—
—
—
CH 2
OH CH3
OH
—
—
—
—
—
—
—
CH
+
—
—
H3N — C — C
–
O
Prolin (Pro)(P)
Tryptofan (Trp)(W)
H
O
—
—
+
—
—
CH3
H3N — C — C
–
O
H
O
—
—
H3N — C — C
+
—
Ip mellan
pH 5,0 - 5,7
+
—
—
Polära
sidokedjor
Fenylalanin (Phe)(F)
H
O
—
—
H
—
Metionin (Met)(M)
Histidin (His)(H)
Ip = 7,7
Proteiner
Primär struktur
&ÛiÀȎÌʟÛiÀÊ«ÀœÌiˆ˜iÀ˜>ÃÊv՘ŽÌˆœ˜
£ä ££
/Þ«Ê>ÛÊ«ÀœÌiˆ˜
՘ŽÌˆœ˜
Ýi“«i
-ÌÀՎÌÕÀ«ÀœÌiˆ˜iÀ
-̟`
˜ÃiŽÌiÀʜV…Ê눘`>ÀÊ>˜ÛB˜`iÀÊȏŽiÃvˆLÀiÀÊvŸÀÊ>ÌÌÊLÞ}}>ʎœŽœ˜}iÀÊÀiëiŽÌˆÛiʘBÌ°
œ>}i˜ÊœV…Êi>Ã̈˜Ê}iÀÊÃ̟`ʈÊ`ÕÀi˜ÃÊÛBۘ>`iÀ°ÊiÀ>̈˜ÊBÀÊ`iÌÊÕ««LÞ}}>˜`iÊ«ÀœÌiˆ˜iÌʈÊ
…FÀ]ʅœÀ˜]ÊvB`À>ÀʜV…Ê>˜`À>ÊÕÌΜÌÌÊvÀF˜Ê…Õ`i˜°
"Û>LՓˆ˜ÊBÀÊ«ÀœÌiˆ˜iÌʈÊB}}ۈÌ>]ʜV…Ê>˜ÛB˜`ÃÊܓʎB>ÊvŸÀÊ>“ˆ˜œÃÞÀœÀÊۈ`Ê
Õ««LÞ}}˜>`i˜Ê>ÛÊi“LÀޜ̰Ê>Ãiˆ˜Ê…>ÀʓœÌÃÛ>À>˜`iÊv՘ŽÌˆœ˜ÊˆÊ“ŸŽ°Ê6BÝÌiÀ
…>ÀʜˆŽ>ʏ>}Àˆ˜}ëÀœÌiˆ˜iÀʈÊȘ>ÊvÀŸ˜°
>}Àˆ˜}ëÀœÌiˆ˜iÀ
ŸÀÛ>Àˆ˜}Ê>ÛÊ
>“ˆ˜œÃÞÀœÀ
/À>˜Ã«œÀÌ«ÀœÌiˆ˜iÀ
/À>˜Ã«œÀÌÊ>ÛÊ>˜`À>Ê
ÃÕLÃÌ>˜ÃiÀ
i“œ}œLˆ˜ÊÌÀ>˜Ã«œÀÌiÀ>ÀÊÃÞÀiʈÊLœ`ḭʘ`À>ÊÌÀ>˜Ã«œÀÌ«ÀœÌiˆ˜iÀÊÌÀ>˜Ã«œÀÌiÀ>ÀʓœÞŽÞiÀÊ
}i˜œ“ÊVi“i“LÀ>˜°
,i}Տ>̜ÀˆÃŽ>
❖
«ÀœÌiˆ˜iÀ
­…œÀ“œ˜iÀ®
œœÀ`ˆ˜>̈œ˜Ê>ÛÊ
˜ÃՏˆ˜ÊÀi}iÀ>ÀÊÜVŽiÀ…>Ìi˜ÊˆÊÀÞ}}À>`Ã`ÕÀi˜ÃÊLœ`
,iVi«ÌœÀiÀ
ii˜ÃÊÃÛ>ÀÊ«FÊ
Ži“ˆÃŽÊÃ̈“Տˆ
,iVi«ÌœÀiÀʈʘiÀÛVii˜Ãʓi“LÀ>˜ÊÀi>}iÀ>ÀÊ«Fʎi“ˆÃŽ>ÊÈ}˜>iÀÊvÀF˜Ê>˜`À>ʘiÀÛViiÀ
->““>˜`À>}>˜`iÊ
«ÀœÌiˆ˜iÀ
,ŸÀiÃi
ŽÌˆ˜ÊœV…ʓޜȘÊÃÛ>À>ÀÊvŸÀÊÃ>““>˜`À}˜ˆ˜}i˜ÊˆÊ“ÕΏiÀ˜>°Ê˜`À>Ê«ÀœÌiˆ˜iÀ}iÀÊÀŸÀiÃiÀʈÊ
VˆˆiÀʜV…Êv>}iiÀ°
ŸÀÃÛ>ÀëÀœÌiˆ˜iÀ
-ŽÞ``ʓœÌÊ
ÍՎ`œ“>À
˜ÌˆŽÀœ««>ÀÊvŸÀÃÛ>À>ÀʜÃÃʓœÌÊL>ŽÌiÀˆiÀʜV…ÊۈÀÕÃ
˜âޓiÀ
-iiŽÌˆÛÊvŸÀ…Ÿ˜ˆ˜}Ê>ÛÊ
…>Ã̈}…iÌi˜ÊvŸÀÊ
Ži“ˆÃŽ>ÊÀi>ŽÌˆœ˜iÀ
˜âޓiÀʈʓiÌ>LœˆÃ“i˜ÊŽ>Ì>ÞÃiÀ>ÀʅÞ`ÀœÞÃi˜Ê>ÛÊ`iÊ«œÞ“iÀiÀÊܓʓ>Ìi˜ÊLiÃÌFÀÊ>Û
6>
-iÀ
*…i
™
6>
>
n
Ø
˜
ÞÃ
/ÞÀ
iÕ
˜
ÞÃ
Îä
Õ
>
Ø
Õ
6>
i
-iÀ
ˆÃ
6>
Ø
ÞÃ
6>
/ÞÀ
Þ
Õ
À}
Þ
*…i
iÕ
iÕ
£ä
Îä
Փ>˜Ìʈ˜ÃՏˆ˜Ê /…ÀÊ -iÀÊ iÊ
™
/…À
*œÀVˆ˜Ìʈ˜ÃՏˆ˜Ê
/…ÀÊ -iÀÊ iÊ
>
œÛˆ˜Ìʈ˜ÃՏˆ˜Ê
>Ê
>
/…À
£™
>
iÕ
n
*Àœ
Óä ÞÃ
Õ
Þ
ÞÃ
/ÞÀ
Þ
È
ÞÃ
Ç
ˆÃ
iÕ
£
ÞÃ
Ç
˜
iÕ
-iÀ
*…i
-iÀÊ 6>Ê
/ÞÀ
œÀ}>˜ˆÃ“i˜ÃÊ uppgifter
Proteinernas
>ŽÌˆÛˆÌiÌ
£ä–“
6>
Sekundär struktur
❖
ˆÃ
iÕ
/…À
*Àœ Õ
Õ
ÞÃ
œÀ“>>ÊÀŸ`>ÊLœ`ŽÀœ««>ÀʜV…Ê«Àˆ“BÀ‡
ÃÌÀՎÌÕÀi˜Ê…œÃʘœÀ“>Ìʅi“œ}œLˆ˜
Vätebindningar
mellan närliggande
peptidbindningar ger
regelbundet mönster
ˆÃ
iÕ
/…À
*Àœ
Tertiär struktur
❖
Protein
Vätebindningar
α-struktur
6>
β-struktur
Veckning till en
bestämd
tredimensionell
form
6>
Õ
ÞÃ
-ˆVŽi‡ViÊLœ`ŽÀœ««>ÀʜV…Ê«Àˆ“BÀ‡
ÃÌÀՎÌÕÀi˜Ê…œÃÊÈVŽi‡ViÊ…i“œ}œLˆ˜
Kvartär struktur
Flera polypeptinkedjor bygger upp proteinet – ofta med
en eller flera prostetiska grupper
ÛLŸ`>ÊÀŸ˜}i˜ÃÌÀF>À
-ÌÀF˜ˆ˜}Ç
ŽB>
Hemoglobin
,Ÿ˜Ì}i˜ÃÌÀFi
ÀˆÃÌ>
b-struktur
œÌœ}À>vˆÃŽÊvˆ“
Ê,Ÿ˜Ì}i˜ŽÀˆÃÌ>œ}À>vˆ
Polypeptidkedjor
Järnatom
Hemgrupp
a-struktur
ʏiŽÌÀœ˜`i˜ÃˆÌiÌÎ>ÀÌ>
Kollagen
Sekvensbestämning
Ê,Ÿ˜Ì}i˜Lˆ`Ê>ÛÊ«ÀœÌiˆ˜ŽÀˆÃÌ>i˜
Ê>̜À“œ`iÊ>ÛÊ«ÀœÌiˆ˜iÌÊÀˆLœ˜ÕVi>ÃiÊ­ˆ>®Ê
ÊÊÊÊÊL՘`i˜Ê̈Êi˜Ê>“ˆ˜œÃÞÀ>Ži`>Ê­}ÀŸ˜®
Sammanfattning
«ˆ˜}ۈ˜
̜˜vˆÃŽ
ëÞvÕ}>
ȏŽiÓ>Î
™Ê
nÊ
ÈÊ
{Ê
£ÎÊ
£ÓÊ
££Ê
™Ê
£ÎÊ £{Ê
£ÓÊ £xÊ
£ÓÊ ÓÓÊ
£äÊ ÓäÊ
£xÊ £nÊ
£{Ê £ÇÊ
££Ê £{Ê
™Ê ££Ê
Ó£Ê
Ó£Ê
£™Ê
£ÇÊ
ÓÇÊ
ÓÈÊ
ÓÓÊ
ÓÓÊ
Î£Ê {ÎÊ {nÊ
ÎäÊ {ÎÊ {ÇÊ
Ó™Ê {ÈÊ {ÈÊ
ÓÇÊ {xÊ {ÈÊ
{x
{xÊ
{È
{x
…BÃÌ
vFÀ
…Õ˜`
Ž>˜ˆ˜
ÊÊ
ÊÊ
ÊÊ
ÊÊ
ÊÊ
ÊÊ
ÊÊ
ÊÊ
ÊÊ
ÊÊ
ÊÊ
ÊÊ
ÊÊ
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
xÊ
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
£äÊ
nÊ
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
£äÊ
nÊ
ÓÊ
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
™Ê £ÓÊ
™Ê ££Ê
nÊ ££Ê
nÊ £ÓÊ
ÓÓÊ Ó{Ê
Ê
£äÊ
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
£nÊ
£ÇÊ
£ÇÊ
£nÊ
ÓÈÊ
£nÊ
£xÊ
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ó£Ê
Ó£Ê
ÓÎÊ
Ó{Ê
әÊ
Ó{Ê
ÓÓÊ
Ó{Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
ÓxÊ
ÓÈÊ
ÓnÊ
ÓÇÊ
ΣÊ
ÓnÊ
әÊ
ÎÓÊ
£{Ê
Ê
Ê
Ê
{x
{x
{È
{x
{Ç
{™
{Ç
{Ç
{xÊ
{Ç
{Ç
{£Ê
Ž>Žœ˜
«ˆ˜}ۈ˜
Î>iÀœÀ“
Ϗ`«>``>
œÝ}Àœ`>
̜˜vˆÃŽ
ëÞvÕ}>
ȏŽiÓ>Î
ÛiÌi
LÀŸ`“Ÿ}i
Ó£Ê
£nÊ
£™Ê
ÓäÊ
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
Ê
{{Ê
{{Ê
{ÈÊ
{ÈÊ
{ÈÊ
{ÈÊ
{nÊ
{™Ê
{xÊ
{xÊ
Ê
Ê
{ÈÊ
{ÈÊ
{ÇÊ
{nÊ
{ÇÊ
{™Ê
{™Ê
{nÊ
{£Ê
{ÇÊ
x{Ê
Ê
L>}iÀˆBÃÌ
Ž>Žœ˜
££Ê
£äÊ
ÈÊ
ÎÊ
LÀŸ`“Ÿ}i
Ž>˜ˆ˜
£äÊ
™Ê
ÎÊ
Ê
ÛiÌi
…Õ˜`
£ÓÊ
££Ê
Ê
Ê
œÝ}Àœ`>
vFÀ
ÊÊ
£
ÊÊ
ÊÊ
ÊÊ
Î>iÀœÀ“
…BÃÌ
“B˜˜ˆÃŽ>
>«>
Ϗ`«>``>
-Žˆ˜>`iÀʈÊ>“ˆ˜œÃÞÀ>ÃiŽÛi˜Ãi˜ÊvŸÀÊVÞ̜ŽÀœ“ÊV
>«>
❖
Strukturbestämning
❖
Vi har nu gått igenom de viktigaste begreppen för
aminosyror och proteiner:
❖
❖
❖
❖
❖
❖
❖
❖
❖
Aminosyra
Isoelektrisk punkt
Peptidbindning
Proteinernas funktion
Primär stuktur
Sekundär struktur
Tertiär struktur
Kvartär struktur
Bestämning av proteinernas struktur och sekvens