Statistiska metoder i genetik - Kursplan - Umeå universitet
1 av 2
http://www.umu.se/utbildning/program-kurser/kurser/kursplanesok/kur...
Statistics in Genetics, 7.5 Credits
Högskolepoäng: 7.5 hp
Kurskod: 5MS011
Ansvarig institution: Matematik och Matematisk statistik
Datum för fastställande: 2007-12-27
Beslutad av: teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
Reviderad: 2010-12-13
Giltig från: 2012-01-16
Nivå: Avancerad nivå
Huvudområden och successiv fördjupning:
Matematisk statistik: Avancerad nivå, har endast kurs/er på grundnivå som
förkunskapskrav
Betygsgrader: För denna kurs ges betygen 5 Med beröm godkänd, 4 Icke utan beröm
godkänd, 3 Godkänd, VG Väl godkänd, G Godkänd, U Underkänd
Innehåll
Kursen innehåller tekniker för analys av genomiska data. Första delen behandlar metoder
för att annotera genomiska sekvenser, dvs att beskriva egenskaper och strukturer hos ett
genom. Här behandlas metoder för att hitta gener och bestämma likhet mellan sekvenser.
Gömda Markovmodeller ligger till grund för flera av de metoder som beskrivs. Den andra
delen behandlar olika typer av genetisk evolution. Kursen behandlar metoder för att studera
genetisk variation inom och mellan arter, evolution och rekonstruering av evolutionära
mekanismer. I kursens tredje del behandlas metoder för analys av microarraydata, både för
cDNA och short-oligo (Affymetrix) arrayer. Den fjärde delen behandlar kopplingsanalys; en
statistisk metod för att identifiera regioner på kromosomer associerade med genetiska
sjukdomar. Kursen är uppbyggd kring ett antal biologiska exempel. Under kursen analyseras
data med hjälp av olika programpaket (t.ex. BLAST och bioconductor). En viktig del av
kursen är att göra studenterna förtrogna med dessa programpaket.
Förväntade studieresultat
Efter avslutad kurs ska studenten kunna:
- ta fram sekvensdata med hjälp av GenBank, EMBL och DDBJ samt använda multinomiala
modeller och Markovmodeller på dessa data.
- använda ab inito-metoder för att identifiera potentiella gener
- beräkna p-värden för ORFs (open reading frames)
- testa global och lokal sekvenslikhet mellan två sekvenser
- redogöra för de grundläggande principerna bakom gömda Markovkedjor, samt kunna
använda Viterbi- och Framåtalgoritmen och redogöra för de grundläggande principerna
bakom EM-algoritmen
- skatta genetisk distans med hjälp av Jukes-Cantors approximation samt skatta kvoten
mellan antalet ”icke-synonyma” och ”synonyma” mutationer mellan två sekvenser mha Nei
och Gojoboris algoritm
- konstruera fylogenetiska träd mha ”the neighbor-joining algorithm”
2012-11-11 16:17
Statistiska metoder i genetik - Kursplan - Umeå universitet
http://www.umu.se/utbildning/program-kurser/kurser/kursplanesok/kur...
- redogöra för de olika stegen vid ”låg-nivå analys” av microarraydata och använda
biconductor för att analysera microarraydata.
- redogöra för principerna bakom ett antal kluster- och klassificeringsalgoritmer och
använda dessa på microarraydata.
- redogöra för statistiska modeller för genetiska sjukdomar och använda parametriska och
icke-parametriska metoder för att identifiera potentiella sjukdomsgener
Behörighetskrav
Univ: För tillträde till kursen krävs Sannolikhetsteori 2, 7,5 hp (5MS016) eller motsvarande
kunskaper, alternativt Genetik och Genteknik, 7,5 hp (5MO018) och Statistik för teknologer
(5MS008) eller motsvarande kunskaper. En A och svenska för grundläggande behörighet för
högskolestudier (om kursen ges på svenska).
Undervisningens upplägg
Undervisningen bedrivs i huvudsak i form av föreläsningar och datorlaborationer.
Examination
Kunskapsredovisningen sker dels i form av skriftliga prov, dels i form av skriftlig och
muntlig redovisning av grupparbeten. Vid all skriftlig tentamen ges något av betygen
Underkänd (U), Godkänd (3), Icke utan beröm godkänd (4) eller Med beröm godkänd (5).
Vid övriga former av examination ges något av betygen Underkänd (U) eller Godkänd (G).
På hela kursen ges något av betygen Underkänd (U), Godkänd (3), Icke utan beröm godkänd
(4) eller Med beröm godkänd (5). För att bli godkänd på kursen krävs att prov och
obligatoriska moment är godkända. Betyget utgör en sammanfattande bedömning av
resultaten vid examinationens olika delar och sätts först när alla obligatoriska moment är
godkända. Den som erhållit betyget godkänt på kursen kan ej examineras för högre betyg.
En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en
kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6
kap. 11b §). Begäran om ny examinator ställs till styrelsen för institutionen för matematik
och matematisk statistik.
Examination baserad på denna kursplan garanteras under minst två år efter studentens
förstagångsregistrering på kursen. TILLGODORÄKNANDE Tillgodoräknande prövas alltid
individuellt (se universitetets regelsamling och tillgodoräknandeordning).
Övriga föreskrifter
Litteratur
Litteraturlistan är inte tillgänglig via den webbaserade utbildningskatalogen. Kontakta
aktuell institution.
| Umeå universitet | Postadress: 901 87 Umeå | Tel: 090-786 50 00 |
2 av 2
2012-11-11 16:17
