Bioteknologi, KTH Martinelle Tentamen i Biokemi, 28 maj 2010 Kurs: BB1080, BB2380 Tid: 08.00-13.00 Salar: FB52-54 Skriv namn och personnummer på alla blad Använd separat papper för varje fråga Maxpoäng 60 p Godkänt (E) 30 p Komplettering (Fx) 28 p Lägsta poäng på tentamen för att erhålla Fx eller E mha KS-poäng är 25 p Komplettering av betyg Fx sker muntligt efter överenskommelse mellan student och kursansvarig. 1. Rita i figur hur aktiviteten beror av substratkoncentrationen för ett enzym som visar substratkooperativitet samt beskriv mekanismen till detta. Ge ett specifikt exempel. 3p 2. Du har isolerat ett litet protein X (31 aminosyror) med intressanta egenskaper. Proteinet har följande aminosyrasammansättning: Gly 4, Ala 3, Arg 2, Leu 3, Val 4, His 1, Phe 4, Trp 1, Ser 3, Gln 1, Glu 2 och Asp 3. Beskriv de metoder och betingelser du valde att använda för att separera proteinet från blandningen innehållande ett protein Y (pI 9) med liknande molekylvikt som X samt från protein Z (300 aminosyror) med samma pI som X. Illustrera med figur. 4p 3. a) Rita fosfolipiden fosfatidylserin med strukturformel. b) Beskriv översiktligt aktiv och passiv transport av molekyler över ett membran i en cell. 5p c) Beskriv mekanismen för Ca2+-ATPas. 4. Hur många NADPH kan erhållas vid oxidation av två vattenmolekyler i fotosyntesens ljusreaktion? Motivera svaret med att beskriva elektrontransportkedjan i fotosyntesen med substrat, produkter och ingående elektrontransportkomponenter (Rita figur). Ange tydligt processens elektrondonator och elektronacceptor. (Namnge de ingående komponenterna). 6p 5. Beskriv syntesen av aminoacyl-tRNA med strukturformler (inkludera den aktiverade intermediären). Ange enzym samt beskriv även hur enzymet kan välja aminosyra med hög specificitet. 5p 6. Hur regleras flödet mellan fruktos-6-fosfat och fruktos-1,6-fosfat? Förklara vad de olika reglerande metaboliterna representerar i cellens metabolism. 5p 7. Beskriv de molekylära händelserna som adrenalin orsakar för att reglera flödet från fett (triacylglycerol) till fettsyror och glycerol. 5p Bioteknologi, KTH Martinelle 8. Kofaktorparen NADPH/NADP+ och NADH/NAD+ är strukturellt mycket lika, men i cellen har de olika metaboliska funktioner. Hur reduceras och oxideras dessa kofaktorer och vilka funktioner har de? 5p 9. Beskriv med strukturformler den mitokondriella process som oxiderar acetyl-CoA till koldioxid. Namnge ingående intermediärer och enzymer. Strukturformler på kofaktorerna krävs ej. 6p 10. Hur samverkar katabolismen med anabolismen i en cell? Vad överförs mellan dessa processer? 3p 11. Pyruvat har en strategisk position i metabolismen och kan delta (bildas eller utnyttjas) i ett flertal olika reaktioner. Ge med strukturformler exempel på fyra sådana reaktioner (första steget). Föklara vilka metaboliska sekvenser de deltar i samt vad cellen har för mål med dessa sekvenser. 4p 12. Beskriv i detalj reaktionsmekanismen för glyceraldehyd-3-fosfatdehydrogenas. 5p 13. I köket finner du att din burk med glutamat som du använt i matlagning har fått en bakterieinfektion. Som nyfiken biokemist funderar du på hur bakterien gör serin för att kunna överleva på enbart glutamat? Visa ditt förslag med översiktliga metaboliska sekvenser och nyckelintermediärer som gör det möjligt att följa kolatomerna och kvävet. 4p