Referensmetodik
för laboratoriediagnostik vid
kliniskt mikrobiologiska laboratorier
Redaktion:
Berndt Claesson
Hans Hallander
Anders Nyberg
Magnus Thore
Ralfh Wollin
1
2
Innehållsförteckning
Förord ................................................................................................................ 9
Gula böcker – ett konsensusprojekt............................................................... 11
Arbetsgrupp..................................................................................................... 11
Författare ......................................................................................................... 11
Gula böckernas status som Referensmetodik ............................................... 12
ALLMÄN DEL.............................................................. 13
Värd - mikroorganism .................................................................................... 15
Inledning....................................................................................................... 15
Värdfaktorer ................................................................................................. 15
Skadepanorama............................................................................................. 16
Mikroorganismer .......................................................................................... 17
Virulens ........................................................................................................ 18
KLINISK DEL .............................................................. 21
Definitioner ...................................................................................................... 23
Infektioner i hud och mjukdelar .................................................................... 24
Anatomi ........................................................................................................ 24
Hudens ordinära flora ................................................................................... 24
Ytliga infektioner i huden ............................................................................... 25
Erythrasma (L 08.1)...................................................................................... 25
Follikulit (L73.9) .......................................................................................... 25
Furunklar och karbunklar (L02.-) ................................................................. 25
Infekterad pilonidalcysta (L05.0) ................................................................. 26
Hidroadenitis suppurativa (L73.2)................................................................ 26
Impetigo (L01.0X)........................................................................................ 26
Bullös impetigo (L01.0 alt. L00) .................................................................. 27
Ritters sjukdom eller SSSS (Staphylococcal Scalded Skin Syndrome) (L00.9)
...................................................................................................................... 27
Ektyma (L08.0A).......................................................................................... 27
Erysipelas (A46.9)........................................................................................ 27
Cellulit (L03.-).............................................................................................. 28
Erysipeloid (A26.-)....................................................................................... 28
Nekrotiserande fasciit (M72.5)..................................................................... 29
Nekrotiserande fasciit Typ II ........................................................................ 29
3
Nekrotiserande fasciit Typ I (nekrotiserande mjukdelsinfektion). ................30
Myosit ...........................................................................................................30
Gasbrand (Clostridium-myosit) (A48.0) .......................................................31
Andra myositer (M60.0)................................................................................31
Infektioner i handen ........................................................................................32
Paronyki (L03.0B, L03.0C)...........................................................................32
Panaritium (L03.0X) .....................................................................................33
Ändfalangsosteit (M86.0D)...........................................................................33
Interfalangealledsartrit ((M00.9D). ...............................................................33
Tenosynovit (=tendovaginit, =senskideinflammation) (M65.0)....................33
Djupa interdigitala abscesser (L03.0X).........................................................33
Djupa volara abscesser (L03.0X) ..................................................................33
Djurbett och rivsår (T 79.3 W 53-56, 58-59)..................................................34
Människobett (T79.3 W 50).............................................................................35
Bensår (I83.2) ...................................................................................................36
Diabetiska fotsår (E10.5 eller E11.5) ..............................................................36
Trycksår (decubitus) (L89.9) ..........................................................................37
Mastit ................................................................................................................38
Puerperal mastit (O91.1A) ............................................................................38
Icke-puerperal mastit (N61.9) .......................................................................38
Infektioner i huvud-, halsregionen .................................................................39
Anatomi.........................................................................................................39
Peritonsillitabscess (J36.9) ............................................................................39
Parafaryngeal abscess (J39.0) .......................................................................39
Retrofaryngeal abscess (J39.0)......................................................................40
Munbotteninfektion (K12.2) .........................................................................40
Paramandibulära infektioner (K12.2)............................................................41
Övriga infektioner i huvud/halsområdet........................................................41
Cellulit (L03.2)..............................................................................................41
Dakryocystit (H04.3).....................................................................................41
Cervikal adenit (L04.0) .................................................................................42
Bakteriell parotit (K11.2 och K11.3).............................................................42
Cervikofacial aktinomykos (A42.2) ..............................................................42
Embryonalrestinfektion (L02.1) ....................................................................43
Infektioner i thorax..........................................................................................43
Endokardit (I33.0) .........................................................................................43
Purulent perikardit (I30.1A, I30.1B) .............................................................45
Mediastinit (J85.3) ........................................................................................45
Lungabscess (J85.1) ......................................................................................46
Pleuraempyem (J86.9)...................................................................................47
4
Intraabdominella infektioner ......................................................................... 48
Anatomi ........................................................................................................ 48
Endogen flora i magtarmkanalen.................................................................. 48
Peritonit (K65.0)........................................................................................... 50
Primär peritonit (K67.-*) .............................................................................. 50
Sekundär peritonit (K65.0) ........................................................................... 51
Tertiär peritonit............................................................................................. 51
Abscess (K65.0. ICD 10 kod beroende av primärlesionens lokalisation)..... 51
CAPD-infektion eller PD-infektion (K 65.0)................................................ 54
Infektioner i gallvägar och lever .................................................................... 56
Anatomi ........................................................................................................ 56
Akut kolecystit (K80.- och K81.-) ................................................................ 56
Kolangit (K80.3-K80.4-K83.0) .................................................................... 57
Leverabscess (K75.0) ................................................................................... 57
Infektioner i Pankreas (K85.9) ....................................................................... 58
Mjältabscess (D73.3) ....................................................................................... 59
Gynekologiska infektioner .............................................................................. 60
Endogen vaginalflora.................................................................................... 60
Vulvovaginit (N76.0).................................................................................... 61
Bakteriell vaginos (N76.8) ........................................................................... 61
Toxic shock syndrome (TSS) (A48.3) .......................................................... 61
Bartholinit (N75.8) ....................................................................................... 62
Infektioner i inre genitalia (N70, N71, N73) ................................................ 62
Obstetriska infektioner ................................................................................... 63
Intrauterina infektioner (O41.1).................................................................... 63
Postpartuminfektioner (O85, O86.-) ............................................................. 63
Endometrit efter abort (O08.0) ..................................................................... 64
Infektion efter ”klipp” (O86.0) ..................................................................... 64
Infektioner efter gynekologisk kirurgi (O86.0, N73.-) ................................. 65
Infektioner i manliga genitalia ....................................................................... 65
Infektioner i penis (N48.2) ........................................................................... 65
Prostatit......................................................................................................... 65
Akut bakteriell prostatit (N41.0)................................................................... 66
Kronisk bakteriell prostatit (N41.1).............................................................. 66
Icke-bakteriell prostatit (N41.9) ................................................................... 66
Prostataabscess (N41.2)................................................................................ 66
Epididymit (N45.-) ....................................................................................... 67
Bakteriell orkit (N45.-) ................................................................................. 67
Infektioner i normalt sterila områden ........................................................... 67
Septisk bursit (M71.0, M71.1)...................................................................... 67
5
Septisk artrit (M00.-).....................................................................................67
Övriga infektiösa artriter (M01*) ..................................................................69
Osteomyelit (M86.-)......................................................................................69
Infektioner efter proteser/implantat (T84.5, 84.6, 84.7) ................................70
Figur 2-6 ......................................................................................................73-77
Sammanfattande kliniskt tabellarium............................................................79
Systematik – Nomenklatur ..............................................................................89
Kort beskrivning av kliniskt intressanta bakterier .......................................92
SPECIELL DEL..........................................................117
Provtagning-allmänt ...................................................................................... 119
Märkning av prov och remiss...................................................................... 119
Analysbeställning/remiss ............................................................................ 120
Provtagning-klinisk del.................................................................................. 122
Provtagning-praktiskt utförande.................................................................. 127
I Allmän odling ....................................................................................... 127
II Speciell odling...................................................................................... 130
III Mikroskopi ........................................................................................... 131
Transport........................................................................................................ 132
Ankomstkontroll på laboratoriet.................................................................. 133
Provsättning ................................................................................................... 134
Provmaterialrelaterad beskrivning .............................................................. 139
Identifiering av bakterier i rutindiagnostik................................................. 142
Identifieringsbegrepp .................................................................................... 144
Grampositiva kocker........................................................................................ 146
Grampositiva stavar ......................................................................................... 150
Gramnegativa kocker ....................................................................................... 151
Gramnegativa stavar ........................................................................................ 151
Nonfermentativa gramnegativa stavar ............................................................. 153
Långsamväxande gramnegativa stavar............................................................. 154
Anaeroba bakterier........................................................................................... 155
Bedömning av prov ........................................................................................ 158
Resistensbestämning ...................................................................................... 160
Svarsrutiner.................................................................................................... 161
Övervakningsodlingar ................................................................................... 163
Agens associerade med specifika sjukdomstillstånd ................................... 165
Actinomyces ................................................................................................ 167
Bartonella ................................................................................................... 170
Borrelia – återfallsfeber ............................................................................. 175
6
Clostridium tetani....................................................................................... 180
Corynebacterium diphtheriae – huddifteri ................................................. 182
Leptospira................................................................................................... 186
Listeria monocytogenes .............................................................................. 191
Nocardia..................................................................................................... 195
Streptobacillus moniliformis....................................................................... 198
KLASS 3 organismer .................................................................................... 200
Bacillus anthracis....................................................................................... 200
Brucella ...................................................................................................... 205
Burkholderia mallei och pseudomallei ....................................................... 209
Francisella tularensis ................................................................................. 212
Rickettsia .................................................................................................... 215
Yersinia pestis............................................................................................. 219
Anmälningspliktiga sjukdomar.................................................................... 223
BILAGOR.................................................................... 225
BILAGA 1 ................................................................... 227
Substratrecept
1. Blodagar ............................................................................................... 230
2. Hematinagar (Chokladiserad blodagar) ............................................... 231
3. Andra beredningsformer av blod- och hematinagar.............................. 233
4. CLED-agar ........................................................................................... 234
5. Anaerob blodagar (FAA)...................................................................... 235
Kana- vankoagar................................................................................... 236
Neomycinagar....................................................................................... 236
6. Andra beredningsformer av anaerob blodagar...................................... 237
7. Anaerob anrikningsbuljong (FAB) ....................................................... 238
8. Aerob anrikningsbuljong (TSB) .......................................................... 240
9. Fenolmannitagar (FM-agar).................................................................. 241
10. Selektiv fenolmannitagar (MS-agar)..................................................... 242
11. GBS-buljong......................................................................................... 243
12. Selektiv anrikningsbuljong för VRE..................................................... 244
13. Transportsubstrat .................................................................................. 245
BILAGA 2 ................................................................... 247
Substratkontroll
7
BILAGA 3....................................................................253
Tabell 14. Rekommenderade referensstammar och växtkarakteristika för
vissa substrat
BILAGA 4....................................................................261
Extern kvalitetssäkring
8
Förord
Syftet med denna referensbok I 11 har varit att komplettera tidigare referensböcker
med en beskrivning av idag accepterade metoder för provtagning och diagnostik av
bakteriella infektioner i hud och mjukdelar, ortopediska infektioner, urogenitala
infektioner som ej berörts inom STI- eller UVI-böckerna, purulenta infektioner i
bukhålan, huvud/ halsområdet samt sådana infektioner inom thorax som ej berörts
inom området "nedre luftvägsinfektioner". I den första Allmänna och Kliniska
delen beskrivs översiktligt de ovannämnda infektionstyperna samt systematik och
nomenklatur med korta beskrivningar av kliniskt intressanta bakterier. Den
Speciella delen beskriver provtagning och minimikriterier för diagnostiken. Där
finns också beskrivning av ett antal agens associerade med specifika
sjukdomstillstånd. Infektioner orsakade av typiska och atypiska mykobakterier har
utelämnats liksom djupa mjukdelsinfektioner orsakade av svamp, vilka beskrivs i I
3 respektive I 10. Skriften berör inte heller parasit- och virusinfektioner.
I november 1997 gjorde arbetsgruppen ett utskick med olika blandfloror som är
vanliga i kliniska sårprov (EQUALIS 9742/115-119; se bilaga 4). Mot varje prov
ställdes fyra återkommande anamneser. Som framgår av kommentarerna till utskicket förekom en betydande variation i benämningar av bakterier, urval av antibiotika för resistensbestämning, val av inkubationsförhållanden och identifiering av
bakterier. En hög grad av subjektiv bedömning genomsyrar svarsutfallet. De
rekommendationer som ges i föreliggande gula bok (I 11) är ett försök att något
närma sig en internationell standard vad gäller provtagning, val av medier i primärodling, inkubationsförhållanden, identifiering och bedömning.
Vid merparten av patientkontakter i öppen och sluten vård klassificeras åkomman/symtomen i journalsystemet. Ambitionen har därför varit att länka klinisk
information i form av Socialstyrelsens klassifikation av sjukdomar mot lämplig
algoritm för omhändertagande av prov och utodling på laboratoriet. Den s.k. ICD
10 koden finns därför angiven i rubriken för varje klinisk entitet i den allmänna
delen. Detta försök till standardisering kan ses som en hjälpbrygga för att överföra
information elektroniskt från journalsystem i vården till den lokala IT-applikationen
på laboratoriet. Den ersätter naturligtvis inte den kliniska informationen eller
frågeställningen på remissen.
I de kliniska textavsnitten förekommer en del ”svåra ord”, som dock är medicinskt
9
etablerade uttryck och kan förekomma i remisstexter. Vi har i stort valt att avstå
från att använda de förkortningar av medicinarslang som snabbt ändras över tiden
och har många lokala dialekter.
Solna september 2003
Berndt Claesson
Hans Hallander
Magnus Thore
Ralfh Wollin
10
Anders Nyberg
Gula böcker – ett konsensusprojekt
Underlaget för de gula böckerna tas traditionsenligt fram av informellt sammansatta
expertgrupper. Materialet remissbehandlas dels genom ett utskick till de mikrobiologiska laboratoriernas verksamhetschefer dels via ett diskussionsforum på
nätet. Inkomna skriftliga synpunkter tillvaratas och inarbetas av arbetsgruppen. Då
en ny upplaga föreligger inbjuder SMI till en öppen konsensuskonferens. Denna
avslutas med en protokollförd konsensusdiskussion under ledning av neutral
ordförande.
En slutversion underställs ordföranden i Föreningen för Medicinsk Mikrobiologi
och Generaldirektören vid SMI. Dessa avgör om konsensusdiskussionens slutsatser
uppfylls och upprättar därefter ett gemensamt konsensusprokotoll vilket samtidigt
är ett klartecken för tryckning.
Arbetsgrupp
Berndt Claesson
Hans Hallander
Anders Nyberg
Magnus Thore
Ralfh Wollin
Författare
Allmän och klinisk del:
Berndt Claesson
Systematik-Nomenklatur:
Urban Forsum, Gunnar Kahlmeter, Peter Larsson
Speciell del:
Sven Bergström, Berndt Claesson, Hans Hallander, Anders Nyberg, Magnus
Thore, Ralfh Wollin
11
Gula böckernas status som Referensmetodik
-
Ett referenssystem omfattar referensmetod, referensmaterial och referenslaboratorium
-
En referensmetod är en spårbar del av referenssystemet och kan bestå av två
komponenter: en kvalitativ del (nominalskala) och en kvantitativ del (ordinalskala).
Kommentar: Begreppet referensmetodik har etablerats inom mikrobiologin för
metoder som anger givna resultat som observationer (nominalskala) eller som
kvantiteter (ordinalskala) och är spårbara till de “gula böckerna”.
-
Referensmetod är en sådan metod mot vilken nya metoder, lokala varianter och
alternativ diagnostik kan valideras- en referens eller fast valideringsgrund
-
Metoden ska vara så väl dokumenterad att den är kvalitativt och kvantitativt
reproducerbar
-
En referensmetod kan finnas på olika definierade nivåer, t.ex. referensmetodik
för identifiering av isolat i rutindiagnostiken och referensmetod för slutlig verifiering till speciesnivå
-
En referensmetod är inte stationär utan kan ändras med den tekniska utvecklingen
-
En referensmetod fastställs genom ett konsensusförfarande. Detta gör den dock
inte till en “konsensusmetod” rekommenderad för bruk vid det enskilda laboratoriet, även om den kan vara högst användbar.
Analogt kunde referenslaboratorium användas för ett laboratorium som utför undersökningar med angiven referensmetodik. Officiella standarder inom området
saknas och begreppet referensmetodik har ingen annan officiell konkurrerande
innebörd.
Däremot finns standarder för “Reference measurement procedure/ Reference measurement laboratory” för mätningar som anger givna resultat på en ratioskala, vilket
är ovanligt i klinisk bakteriologi.
Reference measurement laboratory: “laboratory that performs a reference measurement procedure and provides results with stated uncertainty” (prEN/ISO/DIS 15195
Laboratory medicine-requirements for reference measurements laboratories).
12
