Bioinformatiska analyser av Trypanosoma cruzis genom
Parasitsjukdomar är ett stort hälsoproblem i världen. Parasiten Trypanosoma cruzi orsakar
sjukdomen Chagas sjukdom, som drabbat 16 till 18 miljoner människor. Sjukdomen är främst
utbredd i Syd- och Centralamerika och har en 10% dödlighet.
De mediciner som finns mot sjukdomen är inte särskilt bra och har flera allvarliga bieffekter,
men genom att förstå mer av T. cruzis genom, hoppas man kunna få fram mer effektiva
mediciner och kanske även vaccin. 1994 startade WHO ett genomprojekt med laboratorier i bl
a Europa och Syd- och Nordamerika. Målet för mitt arbete var att ta del av detta projekt och
kunna bidra med resultat genom bioinformatiska analyser.
Ett genom är en organisms fullständiga uppsättning av gener. Dessa gener kodas av DNA och
generna kodar i sin tur för proteiner. Trypanosoma cruzi uttrycker flera olika ytproteiner som
på olika sätt interagerar med människokroppen för att kunna etablera en långvarig infektion.
Ytproteinerna används för att undvika kroppens immunförsvar. Till ytproteinerna hör transsialidas-familjen som har mer än 140 olika medlemmar.
För att kunna analysera T. cruzis genom med bioinformatiska metoder laddades datorprogram
med DNA-sekvenser från parasiten. Datorprogrammen letade sedan i sekvenserna för att hitta
bitar av DNA som kunde vara hela gener eller bitar av gener. Sedan jämfördes dessa
sekvenser med sekvenser i offentliga databaser. Efter jämförelsen kunde det konstateras att
flera av sekvenserna från T. cruzi tillhörde transsialidas-familjen. Eftersom flera av
gensekvenserna inte var så långa var de troligtvis pseudogener, vilket är gener som har
förlorat sin funktion. Pseudogener kan dock ibland ha en biologisk funktion t e x att bitar av
dem används för att sättas ihop till en hel gen. Det är emellertid svårt att veta hur
pseudogenerna används i Trypanosoma cruzi innan fler analyser av sekvenserna har gjorts.
Mycket är fortfarande ovisst om Trypanosoma cruzis genom men med nya och uppdaterade
bioinformatiska metoder kommer man allt närmare en lösning.
Josefin Borg
Examensarbete i biologi, 20 p, ht 01
Uppsala Universitet
Handledare: Björn Andersson
